Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-BMP6-106:139
Sequence Length
1396 nt
GC Content
0.3424
GCAUCUCACCAUGUUGCUCAGGCUGUUCUCGAACUCCUGGGCUCAAGCAAUCCUCCUACCUCAGCCUCUCAAAGUGUUGGGAUUAUAGAUGUGAGCCACUGUACCCGGCCCUGGUUGCAUUCUUCAUUAUUAGGAACAUAAGAGUCUAGCCCUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCCAUGGUUUGAACUCUACUCACCGCAACCUCCACCUCCCAGGUUCAAAUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAAUAUCUGGGAUUACAGCUCAGGGGCACAGGUGCAGGAUGUGCAGCUUUGUUACAUAGGUAAAGGUGUGCCAUGGAGGUUUGCCGCACAAAUCAUCCCAUCCCCCAGCCUAGGAAGAGAGAGAAUGCCGAAAGACUUCUAAUGUAUGGAGUUUAAACAUCAGAUGGUGAUUGAUUGCUAUUAAUUUAUGUCAGCAAAGGAGGAGAAGAAAUACGUAAAACUGCCUCUGAAGAAUUUACAUUAAACACCAAAAGAAUCUGACUCUGAAAAUGAAGAAACAAGGAAUAUUGUUUGUUUUGGGAAUCAAAAAAAAAAAAAACUUCCCAUUUGAGUACACAAUUUCCUAAACAAGAUACAUGAUAAUUCCAUACACUAUGCUUUCCGAAGAAACUUUGUAAAACGUAUUUUCAUUAUUCAAAACUUGAAAACACAGAAACAAUAUGAUGCAAAAAAUUAUCUUUAGCAUUAUUCCACUAAGAUAAUUCAUUUUAACAUCCAUAUAUUCAUUAUUAUGUAAAAUACCUAUCAGUAUGUGGGUAUAUCUUUGUGUGUAUAUUUUAACAAAACAAAAUUCAAUAAAAAUUGAAAUACAGAAAUGACAAAAACACACAAAAAAUAUAAAUUAUUUCCAUUGUAGCAUAUAUUACCUUUUUCACCUAACAUUAUACUGUAGGAAUAUAUUCUUUCAUCAUUCAAUGCUUUUGAAAAUAUAAUAAUAUUCCAUUUUAAGGACAUGCUAUAAUUUAGUUCAUUAGUUUUUAAACUUUUAGAUUAUCUCAUUUUGUCAUCAUUUAAAAAAAGUGUUCCUGGAUGUCCUUUUGCAUAGACUUUUGAAUGUAUUUCUGACUAUUUUCUUAACCUGUCCUGUACUUCUGCAAGUAGAACUGCUUGAGCAGAGAUUAGGAGCAAUUUUAAGGUUUUUCAAAAAUCUUGACAAACUAUUCUGCAGGAAAAAUGUAUCUUGUUACCAUCAGCAUUUUUAAGUAACUAGUGACUAAUUGUAAAAAUAAUUGUGUUUCCUUGUAUUUAAGCCUUGCGCUAUAGAUUUUAAAAAUUUGUCCUUUUUUUUUUUUCAUUUGUAAAAAAAAGCCAUCUAAAAGACCUUAGAACCUGGUAUCAGCUGAAGCUUACUAAACCAUAUCAAGAAGAUCAUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-293.3 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -324.59
Frequency: 0.0000
Diversity: 372.98
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.(.......).)))((.(((.((((((...((((((((((...((((.((((((((((..((((..((((((((((((....((((.((((((((..((((((((((..(((.(((..((..(((.(((......))).)))..))...))).)))..)))))).))))..))))))..))))))....)).))))....((((...))))...........((((((((..(((.(((((....(((......))).))))))))...)).))))))......))))))......))))..)))))......))))).))))......................)))))))).))...)))))))))))..(((((((...((((((..........((((((((((.(((((((((((........)).))))..(((((((...............)).)))))...........))))).)))))......))))).(((........)))....(((((.(((((.(((((((((((.................))))))...))))).)))))))))).((((((((((((.....((((......((((.(((.(((((...))))).))).))))((((((............))))))..(((((((((....(((((((((((((((((.((..........))))))))))).......((((((((((((........)))))..((((((((......))))))))...(((((.(((........)))..))))).((((((....))))))........(((((((((.........(((((.....)))))..((((((((((...............((((.((......)))))).................(((((.....))))).............(((.......))).)))))))))).(((((.(..((((....))))..).))))).....)))))))))(((((.....)))))....)))))))..))))))))......)))......))))))........(((((..(((((((...(((((((((((....)))))..))))))..))))).))...)))))((((.((((.....)))).)))).........))))..))))))))))))....(((((.....((((((......((((((((((....))))))).)))......))))))(((.....)))((((((((...)))))))).....((((((((........))))))))(((((((((......)))))...))))....)))))...........))))))..))))).))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((.{.......}.))){{.(((.((((((...{(((((((((...((({.(((((,,,(({{((((.....||.|}||||....((((.{(((((((..((((((((((.,(((.(((..((..{{,.{{{......})}.}}}..}}...))).))),,)))))).))))..))))))..}}))))....,,{|{{(((..((({...}))},,....},...{(((((((..(((.(((((....(((......))).))))))))...)).)))))},(((({.{||}},,}},.}))),.)))))}}}...))))).))))......................))))))))}.}...)))))))))},..(((((((...((((((,{{,,.....((((((((((.((((((((({{........}}.)))}..((((({{...............)).)))))...........})))).))))}......))))}.{{(....,.,.}||....(((((.(((((.{{{{{((((((.................))))))...))}}}.)))))))))).((((((((((((.....{{{(......{(((.{((.(((((...}}}}}.}}}.}}}}{{((({....,,,.....))))}}.,({{{{.....{{((((,{(({(((((((({{((..........)))))))))))..,}},..}|||,(((((({{{...,{{{|{{,.{(((((({.....,)))))))}...(((((((((...{{{,..,,........((((((....)))))).........}}..}}},))))))))}{((((.....}}}}}..{{((((((((,,,,,.,........,,,.,({......}))}||{{{{{{{,.,,,,,...,{{{{.....,))))},,,,,...,}}}|||......||||.|}}}}}}}}}.((({{.,..((({....})))..}.))))}.....|||}}.}},|||,|.....,}))),...,||}}}}}},}}}))))}}..},,})))})}}},,,}}........{,,,,..{((((((...(((((((((((....)))))..))))))..))))).}}...||||{((((,{{{|}},}})))).}}},...,,},,.))))..))))))))))))....,|,(({..,{((((({.,.,{.((((((((((....))))))).)))..}}.})))))))|,..,}}}}.{(((((({...})))))))..,,,{(((({{{.,......)))))))}(((((((((......)))))...))))...,||,,,.)}}.,,,...)))))}..))))).))...
Back