Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-BMP6-106:141
Sequence Length
4004 nt
GC Content
0.3232
AUAUUUUAUAAUUUUUAAGAAACAAAUAUGUUCUUAAAUUUGUUUUUUAAGGAAAAUUAUUAUUGGUUGAAUGAUUACAUCAAAGGGAAAUGGAUUAUUUUCAUAUGUAAUUUCAUGCUACCUCCAACAAAGGUUUUAUCCUGAUUAUAUUGUAGACCUGAAUUCAUUUAAAUUUAUGCUGAUUUUUUUAACUUUAGAGACAUAUUGCUCAUAUUCAAGUACAUUUUAAUUCAUGUUAUAAGUAUAUGACAACAUAAACAUGUUUUGACAUCCUCUACUGAAUAUAUUCUUUUUACACCACUAAGCAUUUUUAAAAUUUAGUUUUUUAUAAAAAGGACAGAUAGGCAGGCAGGCAGAGAGAGACAGAGACAGAGAUGACAAGCAUAAACAAGGAAUUGUAGCUGUGGUCUAACAGAUUACACAUUUUUAAGCACCUAAAUUUAGAAAAUUAGGUGGUAUACUUUAUUAUUGAUCAUUUGGGGUCAAACUAGCUAAUCUGGCAACUUAAUUUUCCUAGGGAUUUAUUUGAUGUAAAAAUAUGGUCUGAUCGUUCUUCAGUGGUUCUUUCCUUUUAGGAGUCUUGCUCAUGAGAACCUGUCUUAAAACUUUUACUGCUUGAAAUAUGUAGAAAGUCCAAGGGUAAAGGAGAGUGGAAUUUGUUGUUGUUUACUAUGAAGAAUUAUCAUUGAGUCAGUUCACCUUUGGCUGGCAUCUGGGGAAAGUUUGCCUGCACGACAUGAUUAACAGCUAAAAUAUUCUUACGGCCUUUAUCUCAGCAGUCUAGAAGGUUCGAAUGAAAAGAACAUUAUCCAUAGAGGAAGUAGGAGGUAAACAUUCCUAACAAAAAUGGACACUCAAUAAAUACAUGUUAAAUAAAAGAAUAAACAAAUACGUUCAAGUCGAUUCUAGUUGUGCAGUGGUAACCCUUGUCGUAUUGGAACAGUAAUGCACAUGGACCAUGAGUCCUUGUAUUCUUCUUGAGCCAGCUUGGUGAACUUGGUCAAACCACUGACACUCAAUUGCUUCACUGGUAAAACAAAGCCAAUAGCAUCCGCUAUACUUAUCCAUUAGAUUUUUUAUCCAUUAGAUUUUUUAAUAUAUAUGAAUACAAUUUAUGAAAGUACUGUAUACUAUGUACUUAGUAUAUACUUAAUUAGUAUGAAAAUAAAGUAAAAAUACCAUAGAAAAUUAGAGGUUUAUGAAUUGCUAAUACAUGAGAUAUUUACUAGGGUGUAUAUUUACUAUGUCUUCUAAAAGUAUAAGUUUGGUAAGCAGAAAUCUCUUAGGGUUUAGCAUUUCUUUAACUGAUAGCAAAAAUUUUGAAUGUUAACUAUUUAAGUGUAUCUACAGUGACUUUCCUUUUCUUCAUGAUAUUGCCUUGUUUAUCCCUUUGAUUUAUCCUCAUGUCCCACUGAAGCAAGCUAUGCACCUUAAUGCCAUCUUGUUUAUGGGGACUAAUAAAAGAAAAUUGUCUGCAAUGGGAGAUCUGCUUUAUUUACAUGCAAAUUAAAACUAUAUUCCUUCGGUUACAGGCCAAAGAUUAUUAAUGCAUGAUGUGUAACAAUUUCAGGCAAAGCCUAGGAAGAGAGAGAAUGCCGAAAGACUUCUAAUGUAUGGAGUUUAAACAUCAGAUGGUGAUUGAUUGCUAUUAAUUUAUGUCAGCAAAGGAGGAGAAGAAAUACGUAAAACUGCCUCUGAAGAAUUUACAUUAAACACCAAAAGAAUCUGACUCUGAAAAUGAAGAAACAAGGAAUAUUGUUUGUUUUGGGAAUCAAAAAAAAAAAAAACUUCCCAUUUGAGUACACAAUUUCCUAAACAAGAUACAUGAUAAUUCCAUACACUAUGCUUUCCGAAGAAACUUUGUAAAACGUAUUUUCAUUAUUCAAAACUUGAAAACACAGAAACAAUAUGAUGCAAAAAAUUAUCUUUAGCAUUAUUCCACUAAGAUAAUUCAUUUUAACAUCCAUAUAUUCAUUAUUAUGUAAAAUACCUAUCAGUAUGUGGGUAUAUCUUUGUGUGUAUAUUUUAACAAAACAAAAUUCAAUAAAAAUUGAAAUACAGAAAUGACAAAAACACACAAAAAAUAUAAAUUAUUUCCAUUGUAGCAUAUAUUACCUUUUUCACCUAACAUUAUACUGUAGGAAUAUAUUCUUUCAUCAUUCAAUGCUUUUGAAAAUAUAAUAAUAUUCCAUUUUAAGGACAUGCUAUAAUUUAGUUCAUUAGUUUUUAAACUUUUAGAUUAUCUCAUUUUGUCAUCAUUUAAAAAAAGUGUUCCUGGAUGUCCUUUUGCAUAGACUUUUGAAUGUAUUUCUGACUAUUUUCUUAACCUGUCCUGUACUUCUGCAAGUAGAACUGCUUGAGCAGAGAUUAGGAGCAAUUUUAAGGUUUUUCAAAAAUCUUGACAAACUAUUCUGCAGGAAAAAUGUAUCUUGUUACCAUCAGCAUUUUUAAGUAACUAGUGACUAAUUGUAAAAAUAAUUGUGUUUCCUUGUAUUUAAGCCUUGCGCUAUAGAUUUUAAAAAUUUGUCCUUUUUUUUUUUUCAUUUGUAAAAAAAAGCCAUCUAAAAGACCUUAGAACCUGGUAUCAGCUGAAGCUUACUAAACCAUAUCAAGAAGAUCAUGUCAUUCUCAAGAAAAGCAUGUUUCAAAUAAAAAGGAAAUGUCAGCCCUGAGCGUUUUUAUUAACCAUCUCCCCAUCUGACUUCAGAGACAGCUUUAGCUGACCACUUCCUCUCUCGGGUUUAUUUGUAUUAGAAAUAAGUGGAUUCAUUAACUGUGCCACUUGGUGGUCAGGCCAGGCCUGCCAGUGUCCAAUAACAGGUAAUGGUUGUAUUUUUCACGGGGUGACUGAUGUUUACUUUGUUGAUGGCCCCAGGAGCUCAUGUAAUCUGAGAUAGGUCUUUGUUUACUUCUUGUUUUACUGAUAUGCUGACCCAUUUGAAACUAGCGAGAAAGAAAAAUAAACAUUCUGGAAUAUGGUACCUGAAGUCACUCUUCCUUAGUGGCUUUAUUGUAACCUCUUCAAAGGCUUUUGUUAACCCACUCUUUUCCCAGCAAAAAACCCUGAUCUGGUCUCUUUUCCAAUUAAACCAAAAGCAAUAUCACACCAAAUAAGCAAACAGAAAAUAUUGAAAUUACCACUUAAAGAGAGUUUUAUCUGGGGUUUAAUUGUGUGUGUACUCAAGCGUUUAGUGUAGGUCAUUUGCUAAUGACAUCUAGUAAUUUUUAAAAACUGGAUAAAACUGAUACUGAGCCUGUCUACAGCAAUUUAACUAUUUUGGGGGAGUAUAAAGUUAGAUUUGUCUAUACUGACUUGUUUGCUCCAUUUUAAAAACUGUGUUGGAAUGAUUUAUUAUGGAUGAUCCAAAAUAAACGUGAAGUGAGGAAACUAUUUUUUAAUUACCACUGGUAGCAUAUUUAAUGGAAUUGUGUUAUUGUGCCAGAAACCUUAUUGAGCUAUAUUUGUUCUAUUAUCUUACUCAUCAGCACAGCAAAAGUUCAUAUUUCAAGGGUGAAGGAAGUGAGGCAUAGAGAGGUUAAAUAAUUCCCCAAAGGCAGAGGGCCGCCAAUUGGUGAAUGUCAGACAUAAUCCCACGCCUGCCUGAGGCCGGAGUCCAUAUUCUUAACAGACAUCCUCUUUUGUCUCCUUAUUUCAUGAUGCCAAAUAUGCAUGACGCUGAUAUAAAGCGUAUAUAUUGGAAUCUGUAUAUUCAAAUGAGCGAUGUCCAUUCAGUCAAACUGGAAGUAUGCCAAUUACCUUCCUAUAUUCAACACUUAGCUCAGAGAUGAUGAGGCACUUCACAGUUGUUUAAUUGCACUGAGCACCCACCCCACAAGCCCAUUUUACUUCUGUUCAAACCAGGUUUGCUAUUCUAAUUUUGGAAUUAUGUUCAUUUGCAAUCUGAGUCACAAGAGUAAAUAAACUUUAUCAGUAUAUCUUUAAAAUUAUGUAUACAUUUAUAAUGUAUUUAUGUAUAGAAAUAUAUAAACACAUUUAUAUAAAC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-874.9 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -960.12
Frequency: 0.0000
Diversity: 1238.53
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...........((((((((((((((((.((....)).))))))))))))))))...........(((((((.((((((((.(((...(((((((((....((((((((((((.......((((.......))))........))))))).))).))....)))))))))...)))))).)))))..)))))))(((((((.((((((.((((((......((((........)))).......)))))).(((((....)))))..(((((((((...(((((((((((((((((....((((((...........))))))......)))))))))....(((((((((.(.((((...((..((.(((..(((((((((..(((((..(((((((((((((((......)))).))))).)))))).(.(((((((..........))))))).)....)))))..))).))))))...)))...))..))..)))).)...............(((((((((((.......)))))..((((((.(((((.((((((((((((((((((..((((((((......)))(((((((((((...((((((((.((((((((((((((((((((.((((((((.(...((((((...((((((((((((((((((((.......(((((((.((((((((...(((((((.((.((((((.(((..((((((((((....((((((.........(((((((..(((((((................((((.........)))).......)))))))..)))))))........(((..........)))...............)))))).....(((((..((............))..))))).))))))))).)..))).......((((((......))))))(((.((((.....)))).))).))))))..))))))))).))))))))..((((......)))))))))))..))))).))))))).......))))))))))))))...))))))).)).)))))))))((((((((((...........(((((((...))))))).......(((((((((......))))))))).((((((.(((((.((((((((((......((((...((((((((((...((((((.((.((((((((((....((((((((.(.(((((((..............)))))))).))))))))((..((((((....)))))).)).........((((.(((.......((((((((.....)))))))).....))))))).............)))))).))))))...)))))).))))))))))........(((((.(..(((((((....(((......)))...)))))))..)))))).......(((......)))...))))......)))))))))).))))).))))))..........(((.((((...)))).))).(((..(((((.(((((.(((((((((((((((...)))).))))....((((((((.(((((.(...((.(((((((((((......((((((((((.(((((((((((........)).))))..(((((((...............)).)))))...........))))).)))))......))))).(((........)))....(((((.(((((.(((((((((((.................))))))...))))).))))))))))................))))))))))).)).))))))(((((...)))))......))))))))....(((((...))))).((((.........((((((((((((((((((((.((..........))))))))))).........(((((((((((.((...(((.....)))...)).))))))))))).....(((((((((...((((..((........((((((....)))))).........))..)))))))))))))(((((.....)))))..((((((((((...............((((.((......)))))).................(((((.....))))).............(((.......))).)))))))))).(((((.(..((((....))))..).))))).....))))).)))))).........))))(((((.(......((((((.(((.(((((((.................((((((..(((((((...(((((((((((....)))))..))))))..))))).))...))))))...))))))).))))).))))......).)))))..........)))))))))))))))))..)))((.(((((((..((((((.(((((((.....(((((((........(((.....)))((((((((...)))))))).....((((((((........))))))))(((((((((......)))))...)))).((((((((((((..((............((((..(((((..(((....)))..)))))))))..........(((..(((((....(((.(((......)))...))).....))))))))..))..)))))))))))).((((((.......((((((.(((((....((((..(((((..((((((.((((.....(((((((.(((((...))))))))....))))..)))).))))))........(((..(((((.(.(((((.......))))).).)))))..)))((((.......))))..(((((((((.....((((((((........(((......)))........))))))))((((.........)))).......(((((.((((((((((.......))))))))))..)).)))....)))))))))........)))))..))))...)))))))))))((((.(((........)))))))..((((..(((....((((((((.(((((...((((......(((((((..(.......)..)))))))))))..))))).))).)))))..((((((.(((((((((((((((((....))))))(((((((...........)))))))....)).)))))))))(((....)))............))))))((((((..(((((((((......)).)))))))...))))))...........))).)))).(((.((((((.((((...)))).))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))).))..)))))))))).(((((((..((.(..(((.........((((.......)))).....)))..).))..)))))))........)))))))))))))))))))...))))))......))))).....)))))..))))).))))))))))....))).)))))))))))..))))))..)))))))))....((((.((((..........(((((........)))))............((((.......)))).(((((.......)))))......)))).))))))))))))...))).)))))).((((((...((((((((((..(((.((((.(((.(((...........)))....))).))))..)))))))).))))).....((((((.((((((.........((((((......((....))........))))))..((((((....))))))..))))))..))))))))))))....(((((......)))))..)))))).)))))))..(((((((.........(((((.(((((((((....))))))))).))))))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
....,{((((.((((((((((((((((.{{....}}.)))))))))))))))).,,,,,....,{{{,{,{{((((((((.....(((((((...}))))))..))))))}||||,,|,||}........(((,.....}}}.....,,.,||}}|}.}|},,...{(((((..(((((((((...{{{,{{{{{.({({{,..,{{|{{{{{,,{,,{{(({{..,,,...|||||||,.,,})}))),|{{{|..,.)))},,,(((((((((...((((((({({{((((((....((((({..,,.....,.})))))......)))))))||{,..,,(((((((,(((,({(((((..,({({({{(((({{({{{{,{{,{{{({{{,||||{|||||.}}},.,|||,|}}}}.,||||,.,.(((((((,((,...|||})))))).|......,,,..{(((((......)))))}.,,,{,|,...}|||,.|||..|||||||{(({{{|||,,{....,,,}}))},,|||||{.,((((,{(({{(((,,,(((((...}||||....}},..}))))}}|||||||,...|||||,|{|((((((((,{((((((((((.((((((((((...((((((..,((((((((((((((((((((.......(((((((,((((((((...(((((((.((.((((((.{.({(((((((((((..,.,{,{{,.........{(((({(,,((((({{,,..........}}}}|{{|,...,....}}}}....,{,|}}}}))..}|||||{,......}|||},......,}}}}...............}))),,.....{((((..((............))..))))}.)))))))),.))))),.......((((((......))))))(((.((((.....)))).))).})))))..))))))))).)))))))).}((((......))))))))))),,))))).)))))))})}}...)))))),,))))))...))))))).)}.)))))))))|{{{{{,{{,,,||||||,,,.{{{{{{.,.,,|||||.,,{{,.(((((((((......))))))))}.((((((.(((((.((((((((((......((((.{,((((((((((...{,(((,,(({((,,(,{((((,.{((((((((.(,((({(((,..........,,.)})))))}.))))))))|,..{,|||}}...,),,))}))}.}}}....||{{.{{{.,.....{|||{{||....,))})))))},}.,})))))),,.........,,,}}}}},||}}}}...}}}})}.))))))))))........(((((.(..(((((((....(((......)))...)))))))..)))))).......{{{......}}}.,.)))).,....)))))))))).))))).)))))}........,,(({.((({...,}}}.}}}|,|.,,.,{{|||,,,})))),.,})))}|})),..})))})))|||{{|||..|||}|..(((((((........))))))).....((((((((((.((({((((({{........}}.)))),.{((((((..,............}}.))))|,,,,,..,,,,|}}}}.}}}}}......}}))|,{{{,,,,,,{.|||....(((((.(((((.{{{{{((((((.................))))))...})}}}.)))))))))).((((((((((((.....{{{{......{{((.{((.(((((...}}))).}}}.}}}}{{((({....,,,.....))))}|.,{,{{{.....{{((((,{(({(((((((({{((..........)))))))))))..,}},..}|||,{((((({{{...,{{{|{{,.{(((((({.....,)))))))}...(((((((((...{{{,..,,........((((((....)))))).........}}..}}},))))))))}{((((.....}}}}}..{{((((((((,,,,,.,........,,,.,({......}))}||{{{{{{{,.,,,,,...,{{{{.....,))))},,,,,...,}}}|||......,}}|.|})))))}}}.{(({{.{..((({....})))..}.))))}...,.|||}}.}},|||,|.....,,))),...,||}}}}}},}}}))))}}..},,})))})}}},,,}}........|,,,,..{((((((...{((((((((((....)))))..))))))..))))).}}...||||(((((,{{{|}},}})))).}}},.....}},,)))}..))))))))))))....|},|||},||||{{{{,|,||,{(((((((((....))))))).)}),,|||})}}}))}},..,)}}},{{{{{{{{...,))))))).,,,,{(((({{{.,......)))))))}{((((((((......)))))...}))}.((((((((((((..,,............{{{{,.(((((..(((....)))..)))))}})).........{(({,{((((,...,||{}|||}},...,,,...,,,....,|||,,..)}))}..)))))))))))),,,.,..})}}}}}{{{{{{{{{{{{,,,,,|,}}})))))}}||,,,..((({{{{{{,,{||||,|||||,..)))))))}.}},}},|..}}}},|}}}}},,|}},,,,,,,.((((({,(((((({{{{{{..|{{{.{(((({((((.((.(((((..(((.(((...{{.{{{{(((.{((((((((....,.,.(((......))).,......)))))))),},.}}}}}}},.,))))))))))))).)))).,,,,,{({{.{{{{.|,||,,|{{{{,|{{{{{{|||,.,|||{{{,,||....,,,||||||||,,|,,,.,.,||||||,,{||||||||||||.......{{,,,.|{,,,,,{{{{{{{{.{{{{{...((({.....,{|{{{{{..,.....,,}.,)}))))))))).,))))).})),}}}||{{..,.,{.((((((((({(((((((....))))))(((((((...........)))))))....)).)))))))))})|..}})}}},.,.......,}}})),((((((..((((((({(......)}.)))))))...))))))..........((((((((,.,{{.((((((.((((...)))).)))))),||{,{((((({,,.......,.....,..,.({(((((((((|{{....})}.}))))},.,,})}}}}.......,,.((((.......)))).....,})}}}))}}))))))))........,}},}}},}}))))))))),,,})))))...})))))))}})}}).,)).,.)))).))))))))),}}}}.))}))))))))),),..}))))..||||}}},,}}}}.{(({{,...,,,,,....{((((,.,.,..,)))))...,.,..,,.{({,{{{{{{{{{,,,,(((((.......))))).}))})))).}))})))))))))...))).)))))).,,{{{{...((((((((({.,(((.((({.{{{.{{,...........}}}....))).))))..)))))))).))))),....{(((((.((((({.........((((((...{,.((....))..}},...))))))..((((((....))))))..})))))..))))))}))})),...|}}}}.,..,}),,,.)))))))))..)))))).,,|||,,,,}},,}}}|||((.(((((((((....))))))))).))}}},,))))},.
Back