Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

lnc-BMP6-106:146

Sequence Length

890 nt

GC Content

0.3944

AGGGUUCAAGAGAUCCUCCUGCCUCAGCCUUCCAAGUAGCUGGGAUUACAGGUGUCUUUGUGAAGCUUCCUAUCUUUGCUUUUCAACUAAGAUGAAACAGCAUUUAAAAGAAAAUGCCAUGUGAGAUGAGAUCAGGAGAAUGGAUUCUUUCUUUCAUCUGAAUAGAGAGCUGCUGUUCGAGAUUCUAACUCAAAUAGCUCAAAGGACACCUUCUCCGGGAAACCUUCCCUGACUUCCGACGCUGUUUCCUGUUUAACUUCAGAAACUGGGGGUGUCUAAUGUCUGCAACAUAACAGGACUAUUGUAGGAAAUUCUGAGACUCUAUAAGCACUUUUAAAUGUGAAAAUUAAGAAGGCAUCCCAGAAAUGAAUGGGUCCAGUGCUCUGAUUUAAGAGUGUGUGACCUGUCGUCAUUCAUCCAGCAGACCCAAGCAGGCUUAGAGAAAACCCAUGAUGUACAUUAGAACACAGCAACUAUUUGAGUGAAAUAAGUAUUUUUAUUUAUUUCAAGAGGAAAGCAAAGUCGAAGGGUGUUCAGGGCUACAGUUUUGCUUGACCAGAUGUUGCCAAGUUUCAAAGUCAAAUCGGUUCAUCUCCUGGCUAUCAGCUAAAGGGUGUUGUAUUUGUAAGCAUUGAGAACUUCUAUCUACUGCUAUUGUAUUUUGCAUAUUUGUAUUUUCUGAGUUCUAUUUGAGAGAGACGGAAUUACGCAUUUCCAUAUGGAUCAUCCUCUUCCCUAUGUAUGUUGCUUUAUUGCCUUUUGGAAGAAAAAAAGUGAGAGUUGCAGUCUGUAUUUAGGCCAUUUCUAUGUUCUUUAUUGGGUUACGUUUGAAUGCCCAAUUUGAUCUCAAUGGCACGUCCUUUGUAACAUAAAAUAAAACAUGGUGCUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-220 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -239.87

Frequency: 0.0000

Diversity: 208.97

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((.((((((((((...((((.((((((..........))))))....)))).)))))).)))).)).....(((((((((((((.......))))).)))).....))))....(((((((.((((((((...((((((....)))))).))))))))..((((((.(((((((((.((((((((..(((((((((((((..(((((((((.((.(((((...))))).))....((((..((((((((.((...((((((...))))))((((((((((((((........)))...((((((.((...(((((((.........((.(((((.(((......))).)))))))........((((((((((((((..(((((......))))).)).)))))))..)))))...((.((........)).)))))))))....)).)))))).))))))).))))....(((.....)))((((((((((....)))))))))))).))).)))))..)))).)))))))))..(((.(((..((((......))))))).)))(((((((((.((((((((((..(((((..(((((...)))))..)))))))).)))))...)).))))).))))........(((....)))...((((....)))).....))))..)))))))))..))..((((........))))....(((...)))((((((....(((...........))).....))))))...((((..((((.((..(((((....))))))).)))).....))))(((((((...........)))))))..))))))))))))).)).)))))).............))))))).....

Thermodynamic Ensemble Prediction

,((.((((((((((...((((.((((((.,........))))))....)))).)))))).)))).))}....,,,,(((((((((.......))))).)))).....}}}}...,(((((((.((((((((..{((((({....,})})},)))))))),,((((((,(((((((((.(((({(((..(((((((((((((..((((((({,.{(.(((({...})))).)},,{.((((..((((((((.(,...((((((...))))))(((((((((((,{({{.{,,.,|||....,||||.((...{((((((.,,,,....((.(((((.(((......))).)))))))......{{{(((({((((((((.{(((((......)))))})).))))))}..)))))}..{,.((........)).))))))))}....}).))),))}))))))),})))..,.,,....,,,,|((((((((((....)))))))))))).)))))))))..))))})))))))))..(((.(((.,{{{{......}}}}))).)))(((((((((.((((((({{,..(((((..(((((...)))))..))))),)}.)))))...)).))))})})))........,{{....))}...{(((....)))).....)))),.}))))))))..)),.((((........))))....(({...}))((((((..,.({{,,.......,,}))..,..))))))...,{{|..{(({.{{..(((((....)))))}}.})))..,.,}}}}{((((((...........)))))))..,)))))))))))).}).)))))).............))))))),....