Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-BMP6-106:152
Sequence Length
1505 nt
GC Content
0.4385
UGGUAAUCAGCUGGGGUUUCCUUAGGGAGGUUGGAAGGUUUGUUCUUUCUCUCUUUGCAGUAAAUCUUGCAGGUGUGUGUUUUUUGGGUUCAUGCUGCUUGUAUGAGCUGUGAUGAUUACCAUGAAAAUUUGCAGCUUCACUUUUAAAACCAGUGAGAGCACAAACCCACCGGGAGGAACAAGCAAUUCCAGACGUACUGCUUUAGGAGGUGUAACACUCACCGGCGAGGUUUGUAGCUUCACUCCUGAGCCAGUGAGACCACGAAUCCACCAGCAGGAAAAAAAGAUUCCAAACAUGUCUGAAUGUCAGAAGAAACAAUUUCCAAACACACUGCCUUUAAGAACUGUAACACUCCCUGUGAGGGUCUAUGGCUUCAUUCUUUAAGUCAGUGAGACUAAGACGCCACCAAUUCGGGGCACAUUGGGACUAUAGUUACUGCCACCAUGCACAUCUAAACAACGUUCUGGAAUAUCUUCUUGCUUUGGUCAACCACCAGGCAUGGGAAAAUGGCUUCAUCGGUUGUCUUUCCACAAACAAGAUUCUAACUCAAAUAGCUCAAAGGACACCUUCUCCGGGAAACCUUCCCUGACUUCCGACGCUGUUUCCUGUUGGCUACAGUUUUGCUUGACCAGAUGUUGCCAAGUUUCAAAGUCAAAUCGGUUCAUCUCCUGGCUAUCAGCUAAAGGGUGUUGUAUUUGUAAGCAUUGAGAACUUCUAUCUACUGCUAUUGUAUUUUGCAUAUUUGUAUUUUCUGAGUUCUAUUUGAGAGAGACGGAAUUACGCAUUUCCAUAUGGAUCAUCCUCUUCCCUAUGUAUGUUGCUUUAUUGCCUUUUGGAAGAAAAAAAGUGAGAGUUGCAGUCUGUAUUUAGGCCAUUUCUAUGUUCUUUAUUGGGUUACGUUUGAAUGCCCAAUUUGAUCUCAAUGGCACGUCCUUUGUAACAUAAAAUAAAACAUGGUGCUCAGGAAAAGUAACGACACACACAUCCAGGCCCUUUCAUAGCAGUUGGUAAAGCUUAAGCCUUGCCUCUCUGUGUGGUAGUUUCCCUUCCCUUUCUUUUCGUUCCCUGUGACAAGCAGCCAUUGUCCCCUUGGUGAGAUCUGCAAUAUUACUUUGACCCCAGCCCAUCAAUCUGCCUCAAUUGGAUAAUGAUCUGUAAUCACGUUCUUUCAGGGGAGUCUAUAAAUUUGCCAAGGCCCCAUUCUCUUCUGAAGGACUCCUUAUGUUCACUCCCAUUUGUGCAAAUGUGCUCUCUUUUACAGGGCUAAAUAGCCAUGCACAUGGUCCAUUCUGUGAGGAGGCACCGGGCGGUUCUCUGUUGAUUUUCCACGCUCUAGUCUCUUAAAGGAGACUAAGGCUGACAUGCAGGGACACAGUGGGGGGGUGGCCCGAGCCAGGCCACAUCACAGGCAGCCGCUUUUCUCAUUAAGACUGACCCAUCAUUAGGUCACUUUGUGCCAUCCUUGUAAUCAAUGAGCUUAAUGUUUAGUGCAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-399.8 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -434.06
Frequency: 0.0000
Diversity: 490.13
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((...(((((.((((((...((((((...((((((......))))))....(((((((...(((((.(((((((((((((((((((((((((.....)))))((((((((................))))))))(((((.........(((((.(((((((((((.(((((((......(((.(((((((.((...))))).)))).)))....))).)))).).))))))).))))))))........))))))))).))))..........((((.......)))).......(((((...))))).((((...)))).)))))))).)))).))))))))))))..))))))((...(((((.((((((........))))))...)))))...))(((.((.....))))).....)))))).)))))..)))))...(((((...((((((..((((.((((....))))....(((((.....)))))((((((((..(((((((...(((((((..((((((.........(((..(((((((((((((((((...)))).((.(((((...))))).))....(((.(((((..((....))..))))).))).......(((.(((..(((((((((((..(((.......(((((..(((((...)))))..))))))))..)))).)))).)))..))).)))......(((....)))...((((....)))).....))))..)))))))))..))).((((........))))....(((...)))((((((....(((...........))).....))))))......))).)))..)))).))).....))))))))))))))).....(((((((...........)))))))(((((..(((((((((....(((((........)))))....(((((...((((..(.(((.((.((((((...((((........(((..........)))........))))...)))))))).))).)..))))................(((((...((((.((((((((..((((..((((((((((.......)))....))).......))))..).)))..))))))))..))))..))))).(((((((((((((...........((....))......)))))))))))))((((((((........(((..((((((..((((........)))).((((....)))).)))))))))........)))))))))))))((((((((.(((((.(((((((((((((.((((((((....)))))))).))).................))))))).((((((.......)))))))))))))).)))))))).........(((.(((((........))))).))))))))))...))..))))).))))....)))))))))))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((((...{((((,(((({({,{(((((({..((((((.....,)))))}..,.{((((((...(((((.(((((((((((,.,((((,((((((.....))))}|(((((({.,,,{.........,.}})))))|{((({.........{((({{(((((((((((.(((((((......(((.(((((((.{,...}}}}}.)))).)))....))).)))).).))))))).)))))))|,{|,.,,.,|||}|,....,,,}}}},..,},||{,.......|}}}.......(((({...))))).,,,....,}}),)))))))).)))).)))))))))))},.)))))}|,|}}|{({,.{{{{{{,,,,,,,.}))})),,,})})},|,,.(((.((.....)))))....,}))))}.}}))}..}}}}}...{(({,..{((((({,.({{(,{{{{,.,.||||{(({{((((.....)))))|||,|(({{,((((((,.,.((({{{{,|{{||{{.........(((..(((((((((((((,({({,,||||.{{.(((({...})))).}}....{((.(((((..((....))..))))).))}...|,.,{{{|{,,|,{|{{{{{{{{,,,{{{,,.||..|{||{..(((((...))))).,)))))))}..}}}}.,|||,}}}{{|,}.,,,.,},..|||,...}}}...{(((....)))).....)))),.}))))))))..))}.((((........))))....(((...})){(((((..,.{{{,,..,,...,.})),....))))))...,,,)))}))),,)))).|}}....,))))}}|}},,}}}}|,...(((((((...........))))))),{({{..{{{{(((((,,..{,{((..,.....,,,,,.,}}|||||..,((({..{.(((.((.((((((...((((........(((..........)))........))))...)))))))).))).,..))}}..........,,,..,{(({{...|{{{,{{{||{{|,,{{||,|{{{|||{|||.......,,},,,,}}}|......,}}||||.|||..||}}},||,.}}||.,,}},|.(((((((((((((...........{{....)}......)))))))))))))|{,,|||||..,,...|{|.,|((({|..{((((,({{,.,{{{||(({,....}||},|}}}}}))),.....,))))))))))))),|{|{{{{(.{((({,{{{,{{{({{(((.((((((((....)))))))).))),|....}}}}},,,,},))))))),((((((.......)))))),}}})))).)))})))}..,,.....|||.(((((........))))).,,,))))))}..}))..)}))}.))))....)))))))))))............
Back