Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-BMP6-106:158
Sequence Length
2218 nt
GC Content
0.4319
UAAUCAGCUGGGGUUUCCUUAGGGAGGUUGGAAGGUUUGUUCUUUCUCUCUUUGCAGUAAAUCUUGCAGGUGUGUGUUUUUUGGGUUCAUGCUGCUUGUAUGAGCUGUGAUGAUUACCAUGAAAAUUUGCAGCUUCACUUUUAAAACCAGUGAGAGCACAAACCCACCGGGAGGAACAAGCAAUUCCAGACGUACUGCUUUAGGAGGUGUAACACUCACCGGCGAGGUUUGUAGCUUCACUCCUGAGCCAGUGAGACCACGAAUCCACCAGCAGGAAAAAAAGAUUCCAAACAUGUCUGAAUGUCAGAAGAAACAAUUUCCAAACACACUGCCUUUAAGAACUGUAACACUCCCUGUGAGGGUCUAUGGCUUCAUUCUUUAAGUCAGUGAGACUAAGACGCCACCAAUUCGGGGCACAUUGGGACUAUAGUUACUGCCACCAUGCACAUCUAAACAACGUUCUGGAAUAUCUUCUUGCUUUGGUCAACCACCAGGCAUGGGAAAAUGGCUUCAUCGGUUGUCUUUCCACAAACAAGAUUCUAACUCAAAUAGCUCAAAGGACACCUUCUCCGGGAAACCUUCCCUGACUUCCGACGCUGUUUCCUGUUUAACUUCAGAAACUGGGGGUGUCUAAUGUCUGCAACAUAACAGGACUAUUGUAGGAAAUUCUGAGACUCUAUAAGCACUUUUAAAUGUGAAAAUUAAGAAGGCAUCCCAGAAAUGAAUGGGUCCAGUGCUCUGAUUUAAGAGUGUGUGACCUGUCGUCAUUCAUCCAGCAGACCCAAGCAGGCUUAGAGAAAGUAAGACGGACCCAUGAUGUACAUUAGAACACAGCAACUAUUUGAGUGAAAUAAGUAUUUUUAUUUAUUUCAAGAGGAAAGCAAAGUCGAAGGGUGUUCAGGGCUACAGUUUUGCUUGACCAGAUGUUGCCAAGUUUCAAAGUCAAAUCGGUUCAUCUCCUGGCUAUCAGCUAAAGGGUGUUGUAUUUGUAAGCAUUGAGAACUUCUAUCUACUGCUAUUGUAUUUUGCAUAUUUGUAUUUUCUGAGUUCUAUUUGAGAGAGACGGAAUUACGCAUUUCCAUAUGGAUCAUCCUCUUCCCUAUGUAUGUUGCUUUAUUGCCUUUUGGAAGAAAAAAAGUGAGAGUUGCAGUCUGUAUUUAGGCCAUUUCUAUGUUCUUUAUUGGGUUACGUUUGAAUGCCCAAUUUGAUCUCAAUGGCACGUCCUUUGUAACAUAAAAUAAAACAUGGUGCUCAGGAAAAGUAACGACACACACAUCCAGGCCCUUUCAUAGCAGUUGGUAAAGCUUAAGCCUUGCCUCUCUGUGUGGUAGUUUCCCUUCCCUUUCUUUUCGUUCCCUGUGACAAGCAGCCAUUGUCCCCUUGGUGAGAUCUGCAAUAUUACUUUGACCCCAGCCCAUCAAUCUGCCUCAAUUGGAUAAUGAUCUGUAAUCACGUUCUUUCAGGGGAGUCUAUAAAUUUGCCAAGGCCCCAUUCUCUUCUGAAGGACUCCUUAUGUUCACUCCCAUUUGUGCAAAUGUGCUCUCUUUUACAGGGCUAAAUAGCCAUGCACAUGGUCCAUUCUGUGAGGAGGCACCGGGCGGUUCUCUGUUGAUUUUCCACGCUCUAGUCUCUUAAAGGAGACUAAGGCUGACAUGCAGGGACACAGUGGGGGGGUGGCCCGAGCCAGGCCACAUCACAGGCAGCCGCUUUUCUCAUUAAGACUGACCCAUCAUUAGGUCACUUUGUGCCAUCCUUGUAAUCAAUGAGCUUAAUGUUUAGUGCAAAAAAAAAAAAAGUUAUUUAAGGAAAGGAGCUGGGAGCUGGAAGAGGAAAAGAGGAAAGAAAAAUGGUAGGAAGCAUGGAGAAAUUCACCACUUCUAAAUCUUAGGGUUGGUUAUACUUUGCCCAAAGGGUAGGAUGAACUCAAAUAUGCUACAUGUGAUUCCUCAAACAACCGCUUCCAGUCCUGUUUGUUUUCUGUAAAACGUAAAUAUUCUUAGACGCAACAUUUCCCCCAGGGGCCCCGCACUUCUCAUGAAGUCAGAUGAAGUGCUCUGUCUAUAACCGAGGCUGAAUCUGCAUUUGCUGGGAACCCUGUAGUGGUGAAGAGAGAGGUGGUCAAAGUCCGUGAGCAAUUGGGGUGGUUUUGGAGGGGUAAUUGGAUUUUGUUUAUUGUUGGAUCCCAAAGAGUUUCAUGACCACAGCCAAAUACAGCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-608.2 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -657.79
Frequency: 0.0000
Diversity: 657.74
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((.((((..(((.(((((..(((((.(((((((((((((.....(((((......)))))(((((((((((((..(((((((((.....)))))((((((((................))))))))..........))))...)))))))))....)))))))))))))))))..)))))..)...(((((...(((..(((....(((((.(((.(((..((......))..)))..))).)))))...)))..)))...)))))...........(((((.((..(((((...)))))..((((((..(((((...(((((.(((.(((((..((......((((...))))......))....))))).))).)))))......((((..((((((...((((((....((((.....(..((((((((((............((((((.((((..........(((((.(((.....))))))))((((((.((((((.....)))))).))))))....((((.....((((....((((((...(((((((((.((.(((((...))))).))....((((..((((((((.((...((((((...))))))(((((((((((((((((.............))))))....(((((.((........((.(((((.(((......))).))))))).)).)))))....((((((((.(((((((......)))))(.(((((.....))))).)..((.((........)).))((((.......)))))))))))))).....))))))).))))....(((.....)))((((((((((....)))))))))))).))).)))))..)))).))))))))).)))))).))))...)))).))))))))))..(((((((((.((((((((((..(((((..(((((...)))))..)))))))).)))))...)).))))).))))......((((((((.......((((....))))((((((((((.((((....((((..((......))..))))((((.(((.........))).))))((((((((.....((((..(((((((((........((((.((..(((((....))))))).))))...))))))(((((((...........))))))).......))).))))........)))))))).........)))).)))))))))).............................)))))))).(((((.((....)).)))))....)).))))))))..)...))))..............((((.....))))....)))))).)))))).).))).(((.......)))(((((...(((.....((((((((((((.....((((.....))))...(((((((((((((...........((....))......))))))))))))).............((((((((.(((.....((((.((((((.((((((.......(((((....)))))...))))))))))))))))........(((((((........((.(((.((((((((....)))))))).)))))....)))))))))))))))))).((((((.......)))))).((((.(((.((((((((((((........(((((........))))).(((((((...............(((((.....))))))))))))..........(((.((..((((((.((((.((((.(((((((.((....((((((..(....((((((((((..(((.((...)).))))))))........(((((.(((.((((((......)))))).))).))))).....)))))....)..))))))......)).))))))))))))))).))))))..))))).......................(((((((((((..((((((((((....)))))(((((..(((.(((.((.....)).))))))..))))).....)).)))..)))))..).)).)))))))))))))))....))).)))).))))))))))))...))).)))))..)))))..))))))..))))))))))).)))........)))).)))).............
Thermodynamic Ensemble Prediction
......(((({((((.{{,{(((((((..((((((.....,))}))},,},{{(((((...({(((,(((((((((({,.,{(((,{(((((.....}}}}||(({(({{,,,,{,.,,,,.....}|||||||(((((,,,......{((({{(((((((((((.(((((((......(((.(((({((.{,...}}}}}.)))).)))....))).)))).).))))))).)))))))},{{{.{{,,|||||{....,,,}|},,.,|||{{{{......,||||,,,,...(((((...})))}.{,,....,}}).}}}}}|||,|}||.}}||||}}|}},,.}}||||,.,}))|,,,.{{{{{{.,,,,,,.)))}))}}}|||||.,...{((,((,....||||},|,,|{|{{|,.,,{..,,(((,,,.,.|}|...,,,..,,{{|||{||||,,...,|||{((|,{(((....,)}}}||}},|((({.,((((,.{{{{||||||.,},,,,,,..((((,,...,{({....((((((...((((((({,.{(.(((({...})))).)},,,.((((..((((((((.(,...((((((...))))))((((((((((((((((,.....,,,.....}}})}},...{{{{{.{{.,,,....((.(((((.{((......))).))))))).}}.)))},.,..((((((((.,{(((((..,,,,||}}|(.(((((.....))))).},.{{.((........)).))||||,,...,,)},,,}))))))))..,,,))))))),})))..,.,,,...,,,,|((((((((((....)))))))))))).)))))))))..))))}))))))))).)))))).}))),,,}))),)),)))),,)}}|{(((((((.{{((({{,|,..(((((..(((({...)))))..))))),}}.}))))...)).}))|||}}}}......,,{{{,,..||,...||||....}))},{{{{{|||||||{,.||}||||,,{(,,,...}}..})))||,|,|||...,,,,|||||.}},|{{,{,,||...,.|}}|,,,,))},}}..,||||||||||}||}}{{(((....)))||{{{,.,,,,{.,,...(((((((...........))))))}..|}.,.}}}})))|,.,..,,|||,,}.,...,,,,,.}))))})}})}||||..{.{{{.{{.{{{{{{...{{({......,,{{{,,,.,,,,,.||}...,,.,,)))}...)))))))).)),.}..})))..........,,...,,||,}}|}}}))},,,))})))}}}))}),|}})}}|||,,}}}},..}|||||}}|((.{{((.((((((((((((,,...{{{|..,..}}}}.{,(((((((((((((...........{{....)}......)))))))))))))}..........,.((((((({{((({....((((.(((((((((((((,,.....(({{{,...})))).,.,,))))))))))))))...}},,.(((((((.,....,,,,.(((.((((((((....)))))))).)))})}.,.)))))))))))))))))).((((((.......)))))).((((.(((.((((((((((((....,{,.(((((........))))).||{{{((,.,..{((....}}}{|{||...,,|||},||}}},...........{{{.{{..((((((.((((.((((.(((((((.((....((((((.......{{(({(((((..(((,(,..,}),}}}))))}.....,,.(((((.(({.{{{{((,||,..}))))),))).)))))...,,}}))),.,.}..))))))......)).))))))))))))))).))))))..}}}}}.,.........,..,}},,,,,,{{({({(((((..((((((((((....)))),(((((..(((.(((.((.....}}.))))))..))))).....)).)))..)))))..}.)).)),))))))))))))....))).)))).))))))))))))..}))).))|||...{||.{,,{|,.,,||,|{||,,,))},.,}},,,}},)))),,}))}............
Back