Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

lnc-BMP6-106:159

Sequence Length

588 nt

GC Content

0.4524

CUGGGGUUUCCUUAGGGAGGUUGGAAGGUUUGUUCUUUCUCUCUUUGCAGUAAAUCUUGCAGGUGUGUGUUUUUUGGGUUCAUGCUGCUUGUAUGAGCUGUGAUGAUUACCAUGAAAAUUUGCAGCUUCACUUUUAAAACCAGUGAGAGCACAAACCCACCGGGAGGAACAAGCAAUUCCAGACGUACUGCUUUAGGAGGUGUAACACUCACCGGCGAGGUUUGUAGCUUCACUCCUGAGCCAGUGAGACCACGAAUCCACCAGCAGGAAAAAAAGAUUCCAAACAUGUCUGAAUGUCAGAAGAAACAAUUUCCAAACACACUGCCUUUAAGAACUGUAACACUCCCUGUGAGGGUCUAUGGCUUCAUUCUUUAAGUCAGUGAGACUAAGACGCCACCAAUUCGGGGCACAUUGGGACUAUAGUUACUGCCACCAUGCACAUCUAAACAACGUUCUGGAAUAUCUUCUUGCUUUGGUCAACCACCAGGCAUGGGAAAAUGGCUUCAUCGGUUGUCUUUCCACAAACAAGAUUCUAACUCAAAUAGCUCAAAGGACACCUUCUCCGGGAAACCUUCCCUGACUUCCGAC

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-162.7 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -175.63

Frequency: 0.0000

Diversity: 199.07

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((...))))))(((((((((((((((((((((((..((.((((.(((.(((((((..(((((((((((((..(((((((((.....)))))((((((((................))))))))..........))))...)))))))))....))))(((((((.(((.(.(((((((((((..((((...(((..(((....(((((.(((.(((..((......))..)))..))).)))))...)))..)))...))))((((.......))))......((((.(((((.....((((...))))......(((((.(((.(((((..((......((((...))))......))....))))).))).)))))..........(((.((.....)))))))))).))))..(((....(((......)))...)))....))).)))))))).((((..(((((.(((.....)))))))).))))..(((....))).).)))))))))).....)))))))...))))))).))...))))))).((......)).)))))))))..)))))))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((...))))))(((((((((((((({((((((({..({.((((.(((.(((((((.,((((((((((({{{{(({((((((.....)))))|(((((((...,,.........,,)))))))},,,,,.......,,||||||||||||{{{{{.{{(((((,...,,{({,((((((({({..,|||},.|||,.|||....|||,|}||,},||}}||}.}}}})),|}}}..}}}.)}))},..,,}..}}},..,|}||{{{.......||||,,....,((({{..,|}}}}.{,,....,})).,,,},|||{|,||,.{((((,|({,.,...(((,,.,|}||,,,.||||,,.,}}}}}.))),))}}),},}}.,...(((.((.....))))).,,}}})}}},.|{|},..{((......)))...,,,....,,)}}})))}}}..,|||}((({{{(((.....)))))))),|||{{.{{({{{.....)})))),))))).....)))))))...))))))).))...)))))))}|||}}...|}||})))))))..)))))))...