Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-BMP6-106:32
Sequence Length
1184 nt
GC Content
0.4890
GGUGGCGGGCGGGCCGUUACCUCCCGCGCAUGCUCUAUGGGGUAGAGACGCUAGGCCGGCACUGCCUAGGUGGGCCGGGCGGUGCGAGGGUCGCCUUUCAGCCUUUACCUCUACCCACUGAAAUGGAGUAGGUCGGUGAGCGCCGAUCUGCUGGAGAAUCUCAUUAUCCCAUCGGCGCUCUGCCUGCUCCUGGCCUCCAAGCCUCUGAAGCCCCUCGGGUUUCAGCUGCCGGCUACCCUCGAGCCCGUGGUGCCCACGAGAGAGGCGACUUUACGUCAGCGGCCCUGGGCUGAGAUUUGAGAACGCGACCAAGUGGAGAAUGUUGGAGCCAGAUUUUAAAAUCCUUGUCUUCCUUCUGCGUGCUACUUGAUCUAAAUGAGAUACGGCAAAGUCACAGAACCUGUUUUUAUGUUUUUGCCUGAUUCAUACGGGCUUCUCCGGUGAAGAUGGGCCUGAAGUAACGCUUGGGUUGCUUCUGACGUUAUAACUCAUCCUGUAGCUGCAGCAACCGUGGUCCUUGCAACCUCAUAAAAAUGUUGCCAGCAUUGUUUCGAUAGUGCUGCUUAAUUCUUGGAAGGUUCUUCGGACUUCACACAUUCCAGCAGUAGCUCUCUCAGCUCCUGUCCUGCACAGCUUUGAAGUGCUGGUGAUGUCAUUGAACUCUUAAGUGCAAGAUGAAACAAGUCUUUCUGGGGUUCUAAGUAGGACACAGGACUGGGCUGUGGCCCUUGGCGAGCCUCCCAAGCUAUUCAGUGAUGUUAGACAACCCACUUACCUUCUCUGAAAUUUACUUUUCUUAUAUGUAAAAUGCAGCUAUUGUACAGUUAACCAACAGGACACAGCCCUGGUGAUGGCUUUCUGAGGAUGACACGAUGGAGGCUUCUCCAAUAGCUCUAAAACUGCGGUGUGGAAAACAUUCGGCAGCCUCAAAGAGCGGUCUUGUUGACCCCAACUAUAUCAUUUUUCAUCAAAAUCAUUCUUGAAUGACCAGGCAACACUCUUUGAAAAUUGGAGGCCAUUUGCAGCUGCUCUCUGUUGAGGAAAGUGAAUAAUAGGGUGCCCUCAAGGAAUUGCAAAGGUAUCACUCAACAGAAACUUUCGUGUCUGAAGAAAACUAGAUCAUUUUAUCAUGGUAGGCAUGCUGAUAUGUUUGCUUUAAUAAAAUGCCAUAUUUCUGCCUUUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-387 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -408.51
Frequency: 0.0000
Diversity: 353.75
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.(((((.((.......)).)))))(((.(((.....((((((((.....((((.((((((((((.((....)))))))))))((((....)))).).))))....))))))))........(((((((((....((((((((((.....(((...........))).)))))))))).)))))))))(((((((((((((...(((((((((((((((((((((...((((..((((.....(((((...)))))...)))).(((.....)))...))))...)))))))))))))).....((.(((((((...((((.((((..((((............))))..)))).)))).))))))).))...(((((.((.(((((((.((.((((.....)))).)).))))))))).)))))..)))))))...)))(((((((.(((((.......(((((((..((((((((.((((((.((((((((((.((((..........(((((....(((((..(((.(((...((.((((((((....))))))))))...))).)))..)))))....)))))..........))))((.((((.....)))).))(((((((.((((........))))(((....))).(((((((..((...(((((.......))))).)))))))))...))))))))))))).)))).))))))..)))).))))..)))))))..(((((.((.((.((........)).))..)).))))).(((((...........)))))..((..(((((((...((((.((..(((((...((((........))))))))).)).)))))))))))..))..........(((((....((((.(.(((.....))).).))))......)))))((((.....))))................(((((((........))).)))).)))))..)).))))).....)))))))))).....)))))).(((....)))((((((.......((((((((..(((....)))....)))))).))........))))))..(((((........)))))((((((((...((((((((((....))))))))))...))))))))..........))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((({(((((.((,......)).)))))(({{(({{,,,{((((((((.....((((.,(((((((((.((....)))))))))))((((....)))).}.))))....))))))))...,....((((((((,{,..((((((((({.....(((,,......,..))),)))))))))),))))))))){(((((((({(((...((((((((((((((((((((({{,((((.,{(((.,,{,(((((...))))).,.|}||.({{....,))}.}})))}...)))))))))))))).....((.(((((((...((((.((((..((((............))))..)))).)))).))))))).))...(((((.{{.(((((({.((.((({.....}))}.)).}))))))}}.)))))..)))))))...))){{{(({{,({{{({{{{,,({{{.{{||||,|||({..{{,.{{{{{,,.,..(((((((({{,....({(({{{..,.{{{{{,.,,,.,,{|||||(((((((((....))))))))),...,,,{|||{.|||||{...|||,..,.|,...|||{({,,.,|||..,.{||||({{(((((((.((((........)))){{{....},}.(((((((..{{...(((((.......))))).)})))))))...)))))))}})))))})))|}}|}|{{.||||,}|}}}},))))),..{((((.((.((.((........)).))..)).))))}.{((((...........))))}.}}}}}}))),},..}}})}.,,..||}}}..}}}))).}}}|,,,(({({.{((((.,,,.....(((((....)))))...{{||,....((((.(.(((.....))).).))))}}}}}.)))))((((..,,.)))).,,.............{{{{{{{........}))}}))).)))))..)).)}))),....})))))))))...}|}}}})).,(({{{{|||,,,,{{........,((((((.,(((....)))....)))))).)))}}}}}}.||,,}}|,{||||.,,,....}|}},((((((((.,.((((((((({....})))))))))...))))))))...},}},})))).....
Back