Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-BMP6-106:36
Sequence Length
867 nt
GC Content
0.5075
GUUACCUCCCGCGCAUGCUCUAUGGGGUAGAGACGCUAGGCCGGCACUGCCUAGGUGGGCCGGGCGGUGCGAGGGUCGCCUUUCAGCCUUUACCUCUACCCACUGAAAUGGAGUAGGUCGGUGAGCGCCGAUCUGCUGGAGAAUCUCAUUAUCCCAUCGGCGCUCUGCCUGCUCCUGGCCUCCAAGCCUCUGAAGCCCCUCGGGUUUCAGCUGCCGGCUACCCUCGAGCCCGUGGUGCCCACGAGAGAGGCGACUUUACGUCAGCGGCCCUGGGCUGAGAUUUGAGAACGCGACCAAGUGGAGAAUGUUGGAGCCAGAUUUUAAAAUCCUUGUCUUCCUUCUGCGUGCUACUUGAUCUAAAUGAGAUACGGCAAAGUCACAGAACCUGUUUUUAUGUUUUUGCCUGAUUCAUACGGGCUUCUCCGGUGAAGAUGGGCCUGAAGUAACGCUUGGGUUGCUUCUGACGUUAUAACUCAUCCUGUAGCUGCAGCAACCGUGGUCCUUGCAACCUCAUAAAAAUGUUGCCAGCAUUGUUUCGAUAGUGCUGCUUAAUUCUUGGAAGGUUCUUCGGACUUCACACAUUCCAGCAGUAGCUCUCUCAGCUCCUGUCCUGCACAGCUUUGAAGUGCUGGAUGUCCUAGAUAAUCAAGUCAUGUGACUUGGGGGAGCGAGAAAGAGAAACCAGCAGUGGAGACUUAGAAGAAGCAGCUGUUGACAUAGGAUGGGUCCAGGAAUGUACAGUCUUCUAAAAGCCAGGUGAAGACAAUGUUUAAAGGAGGAAGGAGUGAUCAACAAUGUCAGUUCGUGUCAAUUGGUGUUACUUAGUCAUGUGUCUGUGAAGAAUCAUCUUGCAUAGUUAAGUCUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-297.6 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -312.61
Frequency: 0.0000
Diversity: 169.9
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((((.((.((((....((.((((((.((((.(.(((((.((((....))))))))).)(((.(((((((.(((((((((................)))))).(((((((((....((((((((((.....(((...........))).)))))))))).))))))))).(((......))).(((((((((...))))))))).....))).))))))).)))(((((...))))).....)))).)))))).))))))))..))))(((((((((((....((((.(((((((...((((.((((..((((............))))..)))).)))).)))))))((((.....))))..(((((((.((.((((.....)))).)).)))))))((((((.(((((((((((((..((((.((......((((((((......))))))))(((((((...(((((((((((..(.(((((....(((((((....(((((..(((.(((...((.((((((((....))))))))))...))).)))..)))))....))))..)))....((((((.((..(((((((.((((((((((.((((.........)))).))))...........(((((((....)))))))))))))))))..)))..))..))..))))...............))))).)..))))))))))).....))))).))((((((............)))))).)).))))..))))))..(((((((...(((((.((.....)).).))))..)))))))........)))))))..))))))..))))....)))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......((((.((.{(({...{((.((((((.((((.(,(((((.((((,..,))))))))),)|{|,(((((((.((({{((((................}}))},.((((((((,{,..((((((((({.....(((,,......,..))),)))))))))),))))))))).(((..,...||}.(((((((((...)))))))))..},.))).))))))).)))(((((...))))).....)))).))))}).)))))))).,})))(((((((((((..,.((((.(((((((...((((.((((..((((............))))..)))).)))).)))))))((((.....))))..(((((({.((.((({.....}))}.)).}))))))((((((.((((((({(((((,{({{{.{,..}}}.((((((((......)))))))){{(((((...(((((((((((.,(,(({((....(,(((((..,.(((((..(((.(((...(,{((((((((....))))))))))...))).)))..)))))....))))}.},,...,((((((.((..(((((((.((((((((((.((((.........)))).)))),,,...,,,..{((((((....))))))})))))))))}.,)))..))..))..))))}.,,........},.))))).)..))))))))))).....))))).}}((((((............)))))).,}.}}},..)))))}..((((((,{,.(((((.((.....)).),}))).,)))))))........)))))))..))))))..)))).}..)))))))))))
Back