Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

lnc-BMP6-106:37

Sequence Length

1103 nt

GC Content

0.4832

ACCUCCCGCGCAUGCUCUAUGGGGUAGAGACGCUAGGCCGGCACUGCCUAGGUGGGCCGGGCGGUGCGAGGGUCGCCUUUCAGCCUUUACCUCUACCCACUGAAAUGGAGUAGGUCGGUGAGCGCCGAUCUGCUGGAGAAUCUCAUUAUCCCAUCGGCGCUCUGCCUGCUCCUGGCCUCCAAGCCUCUGAAGCCCCUCGGGUUUCAGCUGCCGGCUACCCUCGAGCCCGUGGUGCCCACGAGAGAGGCGACUUUACGUCAGCGGCCCUGGGCUGAGAUUUGAGAACGCGACCAAGUGGAGAAUGUUGGAGCCAGAUUUUAAAAUCCUUGUCUUCCUUCUGCGUGCUACUUGAUCUAAAUGAGAUACGGCAAAGUCACAGAACCUGUUUUUAUGUUUUUGCCUGAUUCAUACGGGCUUCUCCGGUGAAGAUGGGCCUGAAGUAACGCUUGGGUUGCUUCUGACGUUAUAACUCAUCCUGUAGCUGCAGCAACCGUGGUCCUUGCAACCUCAUAAAAAUGUUGCCAGCAUUGUUUCGAUAGUGCUGCUUAAUUCUUGGAAGGUUCUUCGGACUUCACACAUUCCAGCAGUAGCUCUCUCAGCUCCUGUCCUGCACAGCUUUGAAGUGCUGUUAACCAACAGGACACAGCCCUGGUGAUGGCUUUCUGAGGAUGACACGAUGGAGGCUUCUCCAAUAGCUCUAAAACUGCGGUGUGGAAAACAUUCGGCAGCCUCAAAGAGCGGUCUUGUUGACCCCAACUAUAUCAUUUUUCAUCAAAAUCAUUCUUGUAAAGAAUGACCAGGCAACACUCUUUGAAAAUUGGAGGCCAUUUGCAGCUGCUCUCUGUUGAGGAAAGUGAAUAAUAGGGUGCCCUCAAGGAAUUGCAAAGGUAUCACUCAACAGAAACUUUCGUGUCUGAAGAAAACUAGAUCAUUUUAUCAUGGUAGGCAUGCUGAUAUGUUUGCUUUAAUAAAAUGCCAUAUUUCUGCCUUUAAUCUCUUGUCAACCCGCUAUUAAAAAGCCCCAAAGUGCAUGUGUGCAGCGCAUGUAAACACUUGUGGUUUUGAGGUUACCACAGAACAUACUAAUAAAGCAUGUAAUUUGU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-362.9 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -381.64

Frequency: 0.0000

Diversity: 322.08

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

......(((((((((.((.((((((.......((((((.......))))))(((((((((((....(((((((.(((((((((................)))))).(((((((((....((((((((((.....(((...........))).)))))))))).))))))))).(((......))).(((((((((...))))))))).....))).))))))).)))))....))))))......((((......))))(((((.....(((.((((((.(((...((((.(((((((...((((.((((..((((............))))..)))).)))).))))))).))....(.((((((((..((((.......(((((((((((......(((((.......))))).......)))))))))))...((((((((......))))))))(((.((....)))))....((((((((((.....((((.((((......(((......(((((((((((((((....))))))))..........((..((((((...))))))..))((((((((.((.((((.((((((((..(((((((.(((((........))))).......))))))).)))..))).)).))))))))).)))))......(((((....)))))...(((((....((((.(.(((.....))).).))))......)))))((((.....)))).........................((((((((...))))))))...))))))).....)))......))))))))))))))))))..(((((((((....((.....))..((((((..(((....)))....)))))).))))))))).)))))))))))).)(((((..((...((((((((...((((((((((....))))))))))...))))))))...)))))))))))).))))))..)))...)))))........)))))).)).)))))))))....((((((........(((((((((.((...)).)))))).))).......)))))).......

Thermodynamic Ensemble Prediction

..,,..(((((((((.((.(((((({{{({..,,((((..(({(((({{.{(,,,,))})})}}}}|((((({,((((((({{.,{,,.,,{{......,,}},..((((((((,{,..((((((((({.....(((,,......,..))),)))))))))),))))))))){((({{{{{,{{|.{((((((((...))))))))|{{|,.|||{||,|||,,|||((,((.{{|}|||.,{{{{,,,.}}}}.))),,||||}},}}|}}}|||{{{,{((..,{{({.(((((((...((((.((((..((((............))))..)))).)))).))))))).}}...,{,(({({,((({(({,{{.{{,,,,,||||||,|}.,}}}|||||.|||||.||||},..,},}))}}}}||}))}}.((((((((......)))))))),|,,||,....)))}....||||||||||,....(((({((,,..(({,({,,{,.,,({{{(((((((((((....))))))))}}...}},.}||,.|||||{...))))},,.,.{{{{{{{{,{{.((((.{{{{{({{..(((((((.(((((........))))).......))))))).,}}.|})}.)}.})))||))),}|}}}......(((((....)))))...(((((....((((.(.(((.....))).).))))..,...)))))((((.....)))).........................{(((((({...))))))))..,)))}}}}.....})}...})))))))))}}}||}}}}))..{{{||,|||},,}}|,......,}||||||}}|,{,...}||,..,|}}}}}.}}},,||||.||,,},))})))}.(((({..{{...((((((((...((((((((((....))))))))))...))))))))...}}))))))))),.,,))))}.,,....,,}},........)))))).)).))))))))).,,,((({((.......,{{|(({{{|.||...,},))}}}|,|}|......,))))))...}}}.