Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-BMP6-106:46
Sequence Length
1542 nt
GC Content
0.5149
GCGCAUGCUCUAUGGGGUAGAGACGCUAGGCCGGCACUGCCUAGGUGGGCCGGGCGGUGCGAGGGUCGCCUUUCAGCCUUUACCUCUACCCACUGAAAUGGAGUAGGUCGGUGAGCGCCGAUCUGCUGGAGAAUCUCAUUAUCCCAUCGGCGCUCUGCCUGCUCCUGGCCUCCAAGCCUCUGAAGCCCCUCGGGUUUCAGCUGCCGGCUACCCUCGAGCCCGUGGUGCCCACGAGAGAGGCGACUUUACGUCAGCGGCCCUGGGCUGAGAUUUGAGAACGCGACCAAGUGGAGAAUGUUGGAGCCAGAUUUUAAAAUCCUUGUCUUCCUUCUGCGUGCUACUUGAUCUAAAUGAGAUACGGCAAAGUCACAGAACCUGUUUUUAUGUUUUUGCCUGAUUCAUACGGGCUUCUCCGGUGAAGAUGGGCCUGAAGUAACGCUUGGGUUGCUUCUGACGUUAUAACUCAUCCUGUAGCUGCAGCAACCGUGGUCCUUGCAACCUCAUAAAAAUGUUGCCAGCAUUGUUUCGAUAGUGCUGCUUAAUUCUUGGAAGGUUCUUCGGACUUCACACAUUCCAGCAGUAGCUCUCUCAGCUCCUGUCCUGCACAGCUUUGAAGUGCUGGACACAGCCCUGGUGAUGGCUUUCUGAGGAUGACACGAUGGAGGCUUCUCCAAUAGCUCUAAAACUGCGGUGUGGAAAACAUUCGGCAGCCUCAAAGAGCGGUCUUGUUGACCCCAACUAUAUCAUUUUUCAUCAAAAUCAUUCUUGUAAAGAAUGACCAGGCAACACUCUUUGAAAAUUGGAGGCCAUUUGCAGCUGCUCUCUGUUGAGGAAAGUGAAUAAUAGGGUGCCCUCAAGGAAUUGCAAAGGGACACGCUGCGGAUGGCUUGAGAUUAGUAUCUGCGCAGGUGCCAUUCUCACAGUGUGUGCUGUGAGAAUGUCGCAGACGUGUGCUGCUACUCUGGCACUCACACUUGUCCAGGCUGUUUCUUAGGUGGUCAUCUUGCCUGUGUCCUAAGUUAGUGGCAUGAAAGCACUGCCCUGGAAGCGAUGGAGCAGCAAGUGCUCUACCCACAUGGAAGUCUUUGGGACCUGCACUUCAAUGAGCGCAGAGAGGAAAAGGAGAGAAGAACCAACACAACUGAAGCACCUACGAGCGUCAGGCACUGGCCCAGCUGCCAUGGACCCCCGAGUUGAAGGUCGUAUAACCUCAGCCUGCCCAAAUGAACCAAGCACACAACCACAGGGGGAACCCAAGAGUUCCAGUGGGAGAGCUGGAAGAGGAGGGACCAAUGUGAGAAGUGGACACCAUAUGGCAGGAUCCAGGAUCCAAUCAGACUGAGCCCUGGGGUCACCCCAUGGAAGGAUCCAGUUGGAUCAUGCCUCCUGGCAUCACCUACUGCAAGAUCCAAUCAGAUCACACCUCCUUACCCUAUGCUUAUAAAACCCCACCCAGCCCCCAGCCCGAAGAUACAGAUUUGAGUAUUUCCUCCUGUUUCCUUACCAGUCGAUUUGCAAUAAAGCUUUUUUUUUUUUCCUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-525.1 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -555.75
Frequency: 0.0000
Diversity: 516.12
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((....))((((((((((((((.((((.((((((((((((((.((....))))))))))).(((((((((((((..........((........))...(((((((((....((((((((((.....(((...........))).)))))))))).))))))))).(((......))).(((((((((...))))))))).....((((.......))))(((((...))))).))))))))))))).......)))))((((.((((.((((.....(((......)))..)))).))))..)))).........((((((.(((((....(((((((...(((((....(((((.(((((...((((.....(((((((((((......(((((.......))))).......)))))))))))...((((((((......))))))))))))((((((........)))))).((((((..((((((((....(((((..(((.(((...((.((((((((....))))))))))...))).)))..)))))....)))))............((((..(((.((((((((..(((((.((((.........)))).))))).)))((((((.((..((((.(((((((((.....(((((....)))))...(((((....((((.(.(((.....))).).))))......)))))((((.....)))).........................))))))))).)))).)).)))))).....((((.........))))((((((((((((((((((.((((((((..(.(.........).)..))))).......))).)))).)).)))))))))))).)))))..)))..))))....(((.((((((((((((....)))))))))))).)))..)))..))))))....((((.((........))))))))))).)))))...)))))((.((((..((........))..)))).)).))))).))...)))))))).)))......)))))))))))).)))))).....((((((.((((.(((....))).)))).((((((((((((.((((.(((((.....(((......((.((.((....(((..((((......)))).((....))..(((((.(((......))))))))...(((........................)))(((((......))))).(((((.((((.((..(((((((......(((.((.((..((..(((...((((.((((((((((((..(((...))).((.(((((...))))).))..))))))...)))))).))))...)))..))..)).))))).((((......))))...)))))))..))...)))).......)))))...)))....)).)).))...)))..))).)).))))))))).)))))))............((......))...........)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{,,,.{{(({{({((((((((,({(({(((,,{{.{{||}}}}|}||||}||{|((({{((((((.,{((((((({.......{{{.{{{,|||,,,.((((((((,{,..((((((((({.....(((,,......,..))),)))))))))),))))))))){(({,,{{{,({|.(((((((((...)))))))))..,,.))),,,,|||,{{{{((,((,(({|{{(.,(({(,,..)))}.))),.}|}}))}}}}))}}}|,.,,,,,..{{(,..,,,|||{.,,,{,{,||||,,|(((.....,}}},,{|}}|{{|||{{{,{|({|,,,,|{{{{...,,||}|..(((((({.((.(({{.....}}}}.)).})))))){{.{{{{{.,((({...{{{{{{,.{{,{({(((.{,,{{,(({{{{{((||(({|{,{,.{{,.,,.,,,,...,|}}||{{|,|,....(((((((..,.(((((..(((.(((...(,{((((((((....))))))))))...))).)))..)))))....)))),.},}......,.))}}},}){{((((.,,({{(,((({((,,.,{,{{{{{||||.|||||{{(,{,,(({((({(((,({((((({.{{,....(((((....)))))...{{{{{....((((.(.(((.....))).).))))..|,,.)))))((((.....)))).............,,,.........{(((((({...)))))))),}}}},....||||,}},.,,||}}{((((((((((((({{((((,{,,,||||..,.,..........{|{{|||||{....,,),..)))).))})))))))))))))).,|||,,{{|,|,(((({.((({((((((((((((....)))))))))))).,)),.}),))))),||}}}}{{||,{{........))))))},}}}}})))}))||}})))).,|,}}}||}}}....,{{{.||||{{....}),)))))})}..}}..{|{{|||...,,)))))))|||,,},||..,|||.||}),.,,||}|||}}..))),))))}.||||,.,,|||}||,,...........{,||}||},}..,}}))}),,,,|.,,||}}}}.}}}}}.|||,...||{.((((,{(((......)))))))),.||}}..}}}},.,,,))),.......}})))||||,.}},}.}}},)}|||||,|||||||,,|((((((......((({{,.,({(({..{{{...((((.((((((((((((..{{,...}}}.{(.(((((...))))).))..))))))...)))))).))))...))),,)}.,,,.}))),.{{{{......)))).,.))))))}..}},..}},........,}},}},,)))),}.}},}|,{{{{{{....,,,.))}))),}}}})})))),,,.,,.,,.,...,}}......}}...........,,,,...
Back