Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-BMP6-106:5
Sequence Length
2450 nt
GC Content
0.3371
AGUUACUGGUAGAAAGGCCCCAAGGCCGGGCUUCGGUGGCUGCAGUAGACUGGAUCUGGAUCUCUAAAUGGCAAUCUAUUGACAUGGCUGCCAGCGGUAACUCGUUAACUCAUUUGCUAGUCUAAGAGAAUUUAUAUAUGAUGGGAACUGAAAUUUGCCUUAGUUUGGUUCAGGAAUCUGUAAAUUUGAACAAUCAAAUUGAAUAGCAAAAAGUUCACAGUCCAUUAGGAGUUUCUAACGUGUAGCAUAAUUCAUGAGGAUUUUAAUUGUGUUGUAGUGGUGAAUUCGAAAAACUGGUUUUUCUACUGUUGAUCUACAGCUCAACACUAGCAGUAGAAUUAUACAUUUAAAGAUUAUUCACAGAACACGGAGUAUGUCAGAUAGGGGUCAAAUAAUUACAGCUCAAGGAAAUAAGCCAUUAAUGGCAUUAAUGAUCUUUUUUUGCAGUACCAGAAGGCUGGUUACAUAAUUUAUGAAGUUUUGGUAUAUAAAUAAACAAGGUGCAUAACUUUGCCCCACUAACUUGCUACAUUCUUGUAUCUUCAAAAAAGAAAGAAAGGAAGAAAGAAAGAAAAUUAGUAGUAUAUGUUGAAUAUUUCCAAAAGAUUUGUGAAAAUACAAAAUAUUUUCCACUUUGAAGAAUGAAUAAACAAAGUGUGUAUUAGUCUGAGAGAAAUAGAACAAUCCUACAAGGUAACUCAUCAUUGAAUCAGAAAUAUCAAAGUUUAGUGGGGAAUGUUGUUACUGUGUUACACCUUCCCUAUCCCAGAAUACUUAAUGAGUUUACUCUGUCAGCAGAAGUAAACAUAAGGAAAAGAAACUUUUGCCAAAUCAACAUAACAAAAUACAAAAGAAAUUUCAGUAUAAGUGGAUUGUUAGGCACUAAAUUAUCUGUUUUACUUUCCAUAUUCAGAUAAUGGAAUGACUAUUCUACUACUUUUUAAAAGACCAACCCUCUAAGAUAAUUCACAUAUCCAUUUUCAGGGUUUAGGUACACUUUUUGCUUGUAAUAAAACAUUUUUUAAAAAAAUUAACAUUUAUCCAAUGCCAAUGGGUGGUAUAUUGAAAAUAAGGUUUGGCCUUUGCAUAAUUAUAGAAAUAUCAAAUUAAAAAAGAAAUCCCUAAAAAACUGAAAGCAGAACAAAGCAUAUUGUACAUCAAAUUGAUGACAUCAUCACCCAGUGUGGACCUCUUUUAAGUGACUUUAUAGCACAGUCAUUUAAUUGUAUACUCUUAGUAAGAUAUGCUUUAAGGACAAAAUUCAUGAAAACCUGUUUUUGGUUCUUUUUGUUUGUUGGUUUGGUUAGCAUCUUGGCAGUGUCAGCAUUGGUAUGGUGCUGUAUAUGUACUGUGGAAUAAAGCAAAGAUGCAAUCAUGUGGUGUUGCUGGAAAGUUGGGUGUUUGGUGUUGCCCAAAAGAGGAGUUGUAAGGUAGAUGAGGUUAAAUCAAAACUUUCUGGUCCUGAAUUUGAAUUGUAAUAUCAAUAUGAACUUAUGACGCUUUUAUCUUAAGGAAAAUGAAAAGUAUUUCCUACCUAGCUCUGUUUACUUAAAAGGCCUAGAAACAAGGACAACUCAGUAGCAAUGAGCACCCCAGCACCCAGAUUCUGGUUUCAAAUACUAUUUCCCACAAAAAGAAAUGGGGGCUCUUUGGAGACCGGCUGAAUCCAAACCUUGCGGGGAGAUCAGUCUGGACCAUCUAGUUAUAGUAGAAAGAAAAGAAAGUAUCUAAGAGUAAUGAGGGGAGUCAAAGGGUAGGAUCAGAUCACUUGAGGGUCAAUAAUAGUCAUUACAAGCUGAGAGUCGAUAAGAAUAAUUGCAAUGAAUUGAAACAUGUUGAAUAUGUUUAAGUCUAUGAGUUCAUAAUGAUACUAAAAAAAAAACAAGAACAAAAUCAAAAUAACCCUCAUUCGUUACCUUUGGAGGAUACUAGAGAUCCAAUUCAUUAUUUUGAAAAAGGAUAAAGAAAACACAUGAAGAAACCAAUAUAUUUUUUCAUGAUUAUCCUAUGUAAACUGUAUCUCAGGGAAACUAAACUCUAAUGAGGAAAAAUGUCUUUAUAGAAUUCUAACUAAUAAAAACAGAACAAUAGAAUAUUAUUGUUUUGCAGCUACGGAUAUAAUAAUGAAUCUAGGUGACAAUUAUCAAUAGCUAUUCACAUCAUAAAAACAGAGACAAACAGACAUAAAUUGCUUCUGAGAGAGGUGUACAUCAUCACCCAGUCUUGCCAAUCGAAUCUGAAUUUGACCAAGCCUUUUGAUCUAACAGCCAAUUUACAAGAAAUAAUAGCAGGAAAGAGGAUCAUGUUAAAUGAUGUCAUGGAGAUGCAAUGAGCAAAUUCUAGAUCAUGAAAACUAUAGGACAAAUGAUCCAGUUGUUUCAACAAGUAAAUUGCAAAGCAAAAAGAAGAGGCAGAGAGAAGUGAACCUGUAAGUUGAAAGCAUUAUAAGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-539.2 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -592.16
Frequency: 0.0000
Diversity: 640.88
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((.((...((((....))))...)))))))))))......(((((((((((.((((((..((((((.((..(((((((((.....(((((....)))))..(((.(((((((((((..(.(((((..((((((.(((((((((((.(((((.(((((((((((...((((......))))....)))))))))))...)))))...))))...(((....)))))))))).))))))....))))).)..))))...(((((.(((((.(((((((((((.........((..(((((((((((................)))))))))))..)).........))..))))))....)))...((((..((((.((((((((..((((..................((((....)))))))).)))))))).))))..))))((((((((((((((...((((((.((....((((((........((((.((((.(((((.((.(((((((((((((((((.(((((...(((((...............)))))....))))).....))))).........(((..((.....))..)))(((((((.....)))))))(((((((.............))))))).(((((..(((((...............(((...)))...............))))))))))..))).))))))))))).))))))))).)))).....((((((...((((((((((..((((((((((((((....))).)))))))......(((((...)))))((((((((((((.(((((((...........((((((((((((((((..((((..(.(...((((((((................))))))))))..))))...))))))..(((((((((((..((((((..((((((.......))))...))..))))))((((((.......))))))..........))))))))))).........(((((((.......)))))))))))))))))..(((((...)))))............................................((((((((((((...((((((((((.(((.......(((((....)))))...((((((.....(..((((((((((.........))))))))))..)))))))....))).))))))))))..(((.....)))........))))))))))))..)))))))))))))))))))(((((((.((.(((((....))))).)).)))))))....((((((.((........)).)).)))).))))..)))))).))))...(((((((.(((((((((..((((.............((((((((((((((((((((..(((....)))..)).)))))).......(((((.((((((((((((((((..((((((((((((((..........))))))..((((.(((...........))).)))).......(((..((((((..(((.((((.((((.....((((...))))...........(((((.........))))))))))))).)))....((((((((.(((...((....)))))..)))).))))....((((.......))))......(((.....)))....(((((((...((.((.((((((........))).)))..)).))........)))))))..)))))).)))..)))).))))..)).........((((((((...))))))))..))).))))))))))).))))).................................)))))))...)))))))))..))))))))).)))))))(((......)))...(((((((........((((((((((........)))))))))).)))))))................)))))).......((((.((((((......)))))))))).................((((((((((......)))))))))).(((((..((((.....((........))......))))..)))))................(((((.(((...........))).)))))(((..((((........))))...))))))))).....))))))))))))).))))))))).....))))))))))............)))))))...)))..)))))))))..)))))))))))))).))((((.(........).))))..................))))))))).(((((((.......((((...)))).........((((............))))..)))))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((.((...((((....))))...))))))))))){{,...(((((({{{((,(((((({..((((..(({{((((((({{((.({{((({....,)))}..{{{,{,((((({{({..{,(((((..{{{{((,(((({{{((((.(((((.((((((((((((({{..........}))}}}}.,,))))))))...)))))...)))}...|||,,,,}))))))))}.})}})),,,.}}}}}.),,)}}},.....,(((((.(.(({({{(({((...,,,.,,((..(((((((((((................}))))))))))..)}.,,,},...)),,}}))))}.))))))}}}}}})))}||}}}|,||}|......,,,,{{{{..........((({....}))),|||,||||{(((({{|{{,||||((((((((((((({...((((((.{{....{(((({........{(((.((((.(((((.{{.(((((((((((((((((.(((((...(((((...............)))))....)))))...,.))))}|..{,{(,.,{{(((({,,.,,,||}}.|||{{{{,,...)))}}}}(((((((.............))))))).{{{{,..{({{{..,,|||,.,.,...(({...}))....,,....,},..}}})},,}}},.}))}})))))))),,.))))))))).)))},,,,,{{((({...((((((((((..((((((((((((((....))),,))))))......{{{{{...))))}((((((((((((.(((((({...........((((((((((((((((..((((..(.,...((((((((..,..........,..))))))))}}..))}).}.)))))).,{{{,,{{{{{(((((((((..((((({.......}))}..,)}..))))))..))).,,,,,.,,|,,{{,...,,..,,,||||},,}}},,.......|{{{{{{..,...,}))))),))))))))))..,((({...}}}}|,...,{{{{.,,,...,,},.,}}},....,|......,,....{(((((((((((...((((((((((.(((.......{((((....))))}...{{,{||,....{..((((((((((.........))))))))))..},,}}},....))).))))))))))..{((.....,})........)))))))))))),,))))))))))))))))))).,((((({(,{(((((,{{{||||,.,,.))))))).,,.,|||||}|,.......,),,))})))..))))..)))))).))))...{{(((((.{{(((((({,,({{|,,,,,|,,,,|||(((((((((((((((,,(((..(((....)))..})}.||||,.{{,{,.(((((.(((((((((((((({{,,{{,(((({{{,,...{{{....,...((((((((.(((((,{(((((.......(((.......))).,.....}}}}}||..||||.((((,..,.((((...||}},,,,.....,,{{,{({{.......,,,,))))}||||.,|{|,,.((((((((.(((...((....)))))..)))),)})).},.{{{{.,..,}.))}}..,,..,,,.....)))..}}))..,}.)})),,,....))))))))}}}.,||.|||}}}|.|,..,.....{{|||.,.,||}..,,,|{..,..)}.,,,,,},,,,,},}},((((((((...))))))))..))).))))))))))).))))).,................,,,..}}....,,,,)))))))..,))))))}}}..)}}}))))).)))))}|(((......))),..(((((((........((((((((((........)))))))))).))))))),,,,,.,,{...,,,{|||}},......,(({..{|||{{.....,||||}}|||}.................((((((((((,....,)))))))))).(((((..((((.....{{........,}......))))..)))))................,||||,||,..,,.,,....,}).}))))|||..|||{,,,,,...}}})},,)))))))}}.,,..},})))))))))),,))))))))..,,....,,,{{{{{,,..,|,,,,,|,}},,,...},||||||||||...,}}}}||||||||||{|.....}},...}}}...}))},,.........}},...,)))))})))|||||{{{..,,,,,|||{...))},....,},}}||{,.......,...|||||,,||}},,}}).,,,...,.
Back