Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-BMP6-106:51
Sequence Length
1055 nt
GC Content
0.4787
AUGCUCUAUGGGGUAGAGACGCUAGGCCGGCACUGCCUAGGUGGGCCGGGCGGUGCGAGGGUCGCCUUUCAGCCUUUACCUCUACCCACUGAAAUGGAGUAGGUCGGUGAGCGCCGAUCUGCUGGAGAAUCUCAUUAUCCCAUCGGCGCUCUGCCUGCUCCUGGCCUCCAAGCCUCUGAAGCCCCUCGGGUUUCAGCUGCCGGCUACCCUCGAGCCCGUGGUGCCCACGAGAGAGGCGACUUUACGUCAGCGGCCCUGGGCUGAGAUUUGAGAACGCGACCAAGUGGAGAAUGUUGGAGCCAGAUUUUAAAAUCCUUGUCUUCCUUCUGCGUGCUACUUGAUCUAAAUGAGAUACGGCAAAGUCACAGAACCUGUUUUUAUGUUUUUGCCUGAUUCAUACGGGCUUCUCCGGUGAAGAUGGGCCUGAAGUAACGCUUGGGUUGCUUCUGACGUUAUAACUCAUCCUGUAGCUGCAGCAACCGUGGUCCUUGCAACCUCAUAAAAAUGUUGCCAGCAUUGUUUCGAUAGUGCUGCUUAAUUCUUGGAAGGCCUCUUUGCUUUCUUCCCUGAGGUUCUUCGGACUUCACACAUUCCAGCAGUAGCUCUCUCAGCUCCUGUCCUGCACAGCUUUGAAGUGCUGGCUGGAGUGCAGUGGUGCCAUCUCGGCUCACUGCAGCCUCAACCUCCUGGGCUCAAGCGAUCCUCCUGCCACACCCUCCUGAGUAGCUGGGAUUACAGGUGAUGUCAUUGAACUCUUAAGUGCAAGAUGAAACAAGUCUUUCUGGGGUUCUAAGUAGAAAUGCAUAUGUAUCUUUGGAAGAAACUCUGAAGUAAAGGCCGGAAUAUUCUUUGUUUAAAACAUUAAAAACAAAACAGACCAAAGCAUCAAGCAAGAAGUUUCCUGGCAAUAAACUAAGCACAGCAUUAUUUUUUAAGGAACACAAAUUAAGUGUUCAACCUGUGGCAAAUUUGUACUUUCUCCCUGAAUUAUGUUGUUAUCAAAGAAAAAAAUUGGGAAGCAUGGCAAAAUAUCAUCAAAACUGAAACUAGAAUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-335.8 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -355.54
Frequency: 0.0000
Diversity: 207.56
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((..((((((((.....((((.((((((((((.((....)))))))))))((((....)))).).))))....))))))))........(((((((((....((((((((((.....(((...........))).)))))))))).))))))))).((((((((((....((((((((...))))))))(((((.((((((.(((.((((((.((.(((((((..((((....)))).)))..).))))))))))))))............((.(((((((...((((.((((..((((............))))..)))).)))).))))))).))...(((((.((.(((...((((.....(((((((((((......(((((.......))))).......)))))))))))...((((((((......))))))))))))))).)).)))))...))))))))))).............(((((...........)))))(((((((((....))))))))).......))))).)))))..((((((.(((((((((((((((....(((.((((..((((((((..((((.(((..((((..(((...))).))))..).)).))))))))))))(((((((.(((.....))))))))))((((.((......)))))).....((((((.((((((........)).))))..))))))....)))).)))...)))).)))).......(((((((((.....(((.((((....(((((.((((((........(((((((......))))))).....(((((((..((((((((((..........))))))...........((.....)).))))..)))).)))...........(((((..............((((((.......))))))...))))))))..))).)))))...)))))))...)))).))))).............)))))).).))))))......(((....)))...))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
....((((.,((((((((.....((((.,(((((((((.((....)))))))))))((((....)))).}.))))....))))))))........((((((((,{,..((((((((({.....(((,,......,..))),)))))))))),))))))))).((((((((((....((((((((...))))))))(((({{((((((.(((.((((((.((,(({,(((..((((....)))).)))..),))))})))))))))...,({{{{{{{({.(((((((...((((.((((..((((............))))..)))).)))).))))))).}}...{{(((.{,.(((((({.((.(({,.,,,,}}}}.}).,))))))||.}}}}}.|{{||{,.||,,}}}},}},}}}}},((((((((......)))))))).}.}}}}....)))),...)))))))))))......,,.....(((((...........)))))(((((((((....))))))))).......)))))}}))))..((((((.{((((((((((((((...,|||,|||{..((((((((,{{((({,({..((({..(((...}}).))))..)}}),)))}))))))))(((((((.(((.....)))))))))){(((.((......)))))}...,.{((({{,((({{{..,,,..,}}.}}))..)))}},.},})})),))).,,)}||,|}},.....,,{{(({{((({,,..(((.((((....(((((.((((((.....,..(((((((......))))))).....(((((((..((((((((((...........,,,,............{{....,))}))))..)))).)))...........(((((..............((((((.......))))))...)))))))}..))).)))))..,)))})))..,}.))))),)),............)))))).}.))))))......{{,....}))...))))....
Back