Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-BMP6-106:52
Sequence Length
2225 nt
GC Content
0.4476
CUAUGGGGUAGAGACGCUAGGCCGGCACUGCCUAGGUGGGCCGGGCGGUGCGAGGGUCGCCUUUCAGCCUUUACCUCUACCCACUGAAAUGGAGUAGGUCGGUGAGCGCCGAUCUGCUGGAGAAUCUCAUUAUCCCAUCGGCGCUCUGCCUGCUCCUGGCCUCCAAGCCUCUGAAGCCCCUCGGGUUUCAGCUGCCGGCUACCCUCGAGCCCGUGGUGCCCACGAGAGAGGCGACUUUACGUCAGCGGCCCUGGGCUGAGAUUUGAGAACGCGACCAAGUGGAGAAUGUUGGAGCCAGAUUUUAAAAUCCUUGUCUUCCUUCUGCGUGCUACUUGAUCUAAAUGAGAUACGGCAAAGUCACAGAACCUGUUUUUAUGUUUUUGCCUGAUUCAUACGGGCUUCUCCGGUGAAGAUGGGCCUGAAGUAACGCUUGGGUUGCUUCUGACGUUAUAACUCAUCCUGUAGCUGCAGCAACCGUGGUCCUUGCAACCUCAUAAAAAUGUUGCCAGCAUUGUUUCGAUAGUGCUGCUUAAUUCUUGGAAGGUUCUUCGGACUUCACACAUUCCAGCAGUAGCUCUCUCAGCUCCUGUCCUGCACAGCUUUGAAGUGCUGCGUCUUCAAAGUGUCUUCUGUAAAGACUUCUUCAGACUGUCAAUAGGAAGACUGAUAAACUCAGACAGGGUCUCACUCUGUUGCCCAGGUUGGAGUGCAAUGACAUGAUCAUGGUUCACCGCAGCCUGGCUCACUACUGCUUCACCUCCUGGGCUCAAAUGAUCCUCUCACCUAAGCCUCCUGAGGAGCUGGGACUACAGGCACACACCACCACACCCAGAUAAUAUAUUUUUAAAAUUUAUUAUUGGGACGGGGUCAUCCUAUGUUGCCCAAGUUAGUCUCAAACUCUUGAGCUCAAGUGAUCCUCCCACCUUGGCCUCCAAGGGUGCUGGGAUUGCAGGCCCAAGCCAUGACAUCUGGCCAUUUCUAAAUUCUUAAUGUGGAAUAUUUACAUUUUAUCGUUGGAAAGACAGCCUUCAAAGAUUAAUACUUAUUAAAUAAUAGAAUGUUCUUAGCAAACAAACAGUUAAUUUUUAAAAUGAAAAGUCAAGAUGAAAGAAAAAUAUUUCACAGAAUGUUAAUGAAGUGUGGGAUAAAUUUAGUAUCUUCAUAUAUUAACAUAAGAAGUAAUAAAAUGCAAUCACAAAAAUAGCCCUGGAAUUGAAUUGCAUGUUGGGAGUGAUGGUUUGAUGGCAACUCGGAAUACAAAAUGAGCAGAUUGAAGAGGUUCUAAUGUAUUCAGGGCCAGAGAAAUUAUUCUUUAAACUUUUCUUCCUCUUAGCUGUCUCCAUUAAUGUUCAUGGUCAGGUUGGCCUUUCGGAUAAAAGUGAGAUGAUGAACAUCAAAAUGCACAGAACCCUAUGGGACCACAUGGUGGUUACUCAAUACAUGUUUCUGAAUCUGAUUCUGAUAAAUAUAAGUCUAGUCUUUGAAAAAUUAACUAUCAGGGAAAGAAAGGGUCAGUAAGUUUUCUCUAUGGUGAGCCCAUCUUUUCCUUAUUUACUUAUUAUGUAUUAAACAGCUCCUAGGUGACAGGGCCUGUGCUAAGUGCUCAGUUCCUACCCUUAAUUAAAGACAGGCAUGCAAGGCUAUAAUUGUACCCACAUUCCUCUUGAGGUCACACCAGAGCUCUCUCCAGUGGGAAGAACUUUAAAUAGCCAAUCUCUAAUAAGCACAAGGGAGCCACAUCAUAGGAAAAAAUGUGAAAAGACAAUGGCAUUUUCCACUUCUUUACACCACCAACAAGGGGAAAUGGCUGAGCAGUGCGUCUUCCUCAAGAAAACGUUCCUUCAACUUUGAUAUCACUGUCAAUUGAAAAAUAUGACCAUAGAUUUCUUCCACUCUAGAAUCCACUCCCUUUUGUCAUAUGUCUUUGCUGCUUCAUUCAGUGGUGAGGUUGCUGUCCCACUUCUUGAAUCUGGGAUGGCUUUCUGAUGGCUUUGGCAGAUAGAAUAUGACAGAAGUGGGGACGAGGGUUCAUGCCUAUAACACCAGCACUUUGGGAGGCUGGGGGAGGGGGGAGGAUCACUUGAGGUCAGGAGUUCAAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCCAUCUCUUCUAAAAAUACAAAAAUUAGCUGGGUGUGGUGGCUCAAGCCUGUAAUCCCAGCUACUCGUGAGGCUGAGGCAGAAGAAUUGUUUGAAUGCGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-748.8 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -788.63
Frequency: 0.0000
Diversity: 496.9
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((((((.....((((.((((((((((.((....)))))))))))((((....)))).).))))....))))))))........(((((((((....((((((((((.....(((...........))).)))))))))).))))))))).(((......)))..((((((((...))))))))(((((.((((((.(((.((((((.((.(((((((..((((....)))).)))..).))))))))))))))............((.(((((((...((((.((((..((((............))))..)))).)))).))))))).))...(((((.((.(((...((((.....(((((((((((......(((((.......))))).......)))))))))))...((((((((......))))))))))))))).)).)))))...)))))))))))....(((((((....(((((..(((.(((...((.((((((((....))))))))))...))).)))..)))))....))))..))).)))....((((.((((.....)))).)))).(((((..(((((((((........)))))))))(((((((.....(((.((....))..)))....)))))))(((.....)))((((((((...))))))))(((((((..((((.(((.((...((((((.((((......))))))).))).)).)))))).)..)))))))((((((((((.(((..(((.((((((.((((.((((((((.(((((((.....(((((((((((((.((((.((((((((............((((.(((((..((((((((((.(((.(((.((((..(((((((((.((((((((((((((((.(((((((((((.((((((((((..(((.((((....((((.......))))..(((((((......((((((((...))))))))......)))))))..((((((((((((((((..((((((....((.((((((....((((.(((((.((((((((..........(((((((.....(((((........)))))....((((((((...((((((((((.......)))).)))))))))))))).............(((((((((..................)).)))))))...(((((((((..(((..((((..((..(((((((....((((...........))))...))))))))).))))..))))))))))))...)))))))......))))))))...((((.((((((((.(((.(.((..((....))....)).)..))).))))))))...))))...(((((((((((......))))).)))).)).......))))))))).....)))))).))...)))))).)))))))))))............(((((((((..((.(((.((((......)).)).))).))..)))))))))....(((.......))).......((((((..(((..((((.(((.((.....)).))).))))...((((.(((.(((..(((.(((((........)))))(((((.........(((.((......)).)))......)))))..............)))..))).))))))))))..))))))....(((((........)))))(((((...(((......)))..)))))...((.((.....))))....)))))....(.((((.(((.....))).)))).).(((((..((((((....)))))))))))...........((((..........))))((((((.((((((((((((((((.(((.(.(((((......(((.((.(((..(((((((((...........)))))))))..))).)).)))..)))))).))))))))))))))).))))....))))))..)))).)))..)))))))))).)))))))....)))).)))))))))))))))).)))))))))..)))).))).))).)))))))).)).))))).))))...)))))))).....)))).))))))))))))).....))))))).)))))))).)))).)))))).))).))).).))))))))).)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,{((((((((.....((((.,(((((((({.((....)))))))))))((((,...)))}.|.))))....)))))))).,{|....((((((((,{,..((((((((({.....(((,,......,..))),)))))))))),))))))))).(((......)))..((((((((...))))))))(((({,(((({(.(((,{{({((,((.((||{{(,,((((,...)))}.})),.}}}}))}}}))))))),..,{{{,{{{,{{.(((((((...((((.((((..((((............))))..)))).)))).))))))).}}...{((({.{,.(((((({.{(.(({,..,,,}}}}.}).}))))))|}.}}||}.||{|||,,||,,}}}},}},}))}},((((((((......)))))))),}.}}}}....)))},...))))))))))}....({(((((..,.(((((..(((.(((...(,{((((((((....))))))))))...))).)))..)))))....))))}.},}......,,{(((.(({{...,,)))),)})|.{{{{{..(((((((((........)))))))))(((((((.....(((.,{....}}..)))..,,))))))){{{.....}}}((((((((...))))))))(((((((.,(({(,({{.{{...{({|{|.((({......))))))).))).}}.)))))).},.)))))))(((((((((,,(((..(((.((((((.((((.{(((((((.(((((((.....(((((((((((((.((((.,((((({,.,||.|......((((.(((((..((((((((((.(((.(((.((((..(((((((((.((((((((((((((((.(((((((((((.{(((((((((..(((,((((,,..((({.,....,}|||,,((((({{......{(((((({...}}}}}}}}.....,|||}}},..}}}}.(((((((((((..((((((....,,.((((((....((((.(((((.,{{{{{{{,{{{,.....||}}|||.{{({.({{({{{{{.{{{{{{.....((((((((,..((((((((((.......))))}})))})))))))))..}}}}}}.....((((((({{,,..........,.....)).})))))){{{{(((({(((,,(((..((((..{(..(((((((....((((...........))))...))))))).),))))..})})))))))))..})))))))))}.}}))})))||...((((.((((((((.(((.,.{{..||....}}....,,.),,))).))))))))...)))).,.||(((((((((......))))).)))).,,.......))))))))).....)))))).},...)))))).)))))))))))............(((((((((..((.(((.((((......)).)).))).))..)))))))))...,{{({{{...{({.....,,,{{{{{{,,|||..{|||,|||,{(....,||,|||,}}}}.,,(((..{{{.{({..(((.{{{{{{{,,,,..}|}|,(((((.........(((.((......)).)))......))))).,.,,......,,,)))..}||,|}}},,}}}}..)))))),,,,|.,,,}},.,,,,}||}|,,{{{...|{|,,,,,,))}.,))))}...|,.,,....,))))}}}}))))}}}},{,((((.(((.....))).)))).,.{((((..((((((....))))))))))}...........,,{{.,{{{........}|||||{.((((((((((((((((.(((.,.(((((......(((.((.(((..(((((((((...........)))))))))..))).)).)))..))))),.))))))))))))))).))))....}))))}..)))).}))..)))))))))}.))))))),...}})).)))))))))))))))).)))))))))..)))).))).))).)))))))).)).))))).))))...}}}}}}},..,,,)))}.))))))))))))).....))))))).)))))))}.)))).)))))).))).))).).))))))))).,}))}
Back