Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-BMP6-106:61
Sequence Length
1623 nt
GC Content
0.3820
GGGGUAGAGACGCUAGGCCGGCACUGCCUAGGUGGGCCGGGCGGUGCGAGGGUCGCCUUUCAGCCUUUACCUCUACCCACUGAAAUGGAGUAGGUCGGUGAGCGCCGAUCUGCUGGAGAAUCUCAUUAUCCCAUCGGCGCUCUGCCUGCUCCUGGCCUCCAAGCCUCUGAAGCCCCUCGGGUUUCAGCUGCCGGCUACCCUCGAGCCCGUGGUGCCCACGAGAGAGGCGACUUUACGUCAGCGGCCCUGGGCUGAGAUUUGAGAACGCGACCAAGUGGAGAAUGUUGGAGCCAGAUUUUAAAAUCCUUGUCUUCCUUCUGCGUGCUACUUGAUCUAAAUGAGAUACGGCAAAGUCACAGAACCUGUUUUUAUGUUUUUGCCUGAUUCAUACGGGCUUCUCCGGUGAAGAUGGGCCUGAAGUAACGCUUGGGUUGCUUCUGACGUUAUAACUCAUCCUGUAGCUGCAGCAACCGUGGUCCUUGCAACCUCAUAAAAAUGUUGCCAGCAUUGUUUCGAUAGUGCUGCUUAAUUCUUGGAAGGUUCUUCGGACUUCACACAUUCCAGCAGUAGCUCUCUCAGCUCCUGUCCUGCACAGCUUUGAAGUGCUGAAACAGAGAAGAGUAUGAGAAGUGUUACAGAACAUGAAGAUACCCUUGUGGCUCAAACAUACUUAUUUUUAAAAACUCUAAAAGUCUAAAUGUGUCUGUAUCUGGAUAUAUUUUCAGUCAACUUAUGCUGUGUUGGGUAAAGGUAAACCAGCAUUUUCUAAUCUAUAUUUGUGCCACUAUCACCAGCAUUACACGAUAAGAUUUGUUAUAGGUUCAGUUCUUCUAGUUGAAUCCAAUCAUGCACAGUUAAUGUAGCCCAUUUCUGUUCUCCAUAAUAAUUUAUCUUAGUUUUGGGCAACUCUUUAUAGUCAGGAUAACUCUGCAGAGUGGAUGAAAUUCUAAUGAGUGGAAUUUGUUUUCUAGUGCUUUACUGAUAAGGUUAACCAGAUGGUGAAAUGUAAUAGCUUGGAAGAUGUAGUUUUGAUAUACAGUACAUCAUUUCUGGAAUGAUCAUGAAAAAGCAAAAUCAACAGAGCUUUUUAGAUUCUCUUUUUUGGUCAUGAAAUUGAAAAUAUACCUUUUUAGAGAGAAAUAUCUCAUCAUAGUUCUCCUGACAUUUAAACUGCUUGGCUAUAUAUUUUUAAAAGAAGACAAACUUUUGAAAAUGUUGCUAUAAAUUUUUAUGUAUUGUAGAUUUAAAAAAUCUCAUUUAAAAAAUGAAAGAUUAUGAAAUUUUUUAUGUCACCUGAAGGAAUGUCUAUGAUGUGAAUUUCAAAUAAAAUAGAUUUUCUUCAAUAUUUUUAGUAAUGAUAUCAAUUAAUUCACUAAGAAACUCACAUUUCUUCCAAGACAUUGAAUUUUGAUGAAACCACAAAUCAGUGAUUAUCAAAAUAUUAGAAUUAAGCAACCCUGAACAUUAUUUUGCUAUAACAUUUGCUAAUUUGGCACAGAUAUUCUUUGAAGAUGGACAAUAUACAUUUUUUCAUCUGUUUUGAUUUUUGCUGAUAUGGAUUAUGUUAAUUAUGGAAAUCUACAAGUAUCUCACAAAUAAAUUAUGUGGAUGCAUUUAACUAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-435.6 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -468.73
Frequency: 0.0000
Diversity: 396.18
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((.....((((.((((((((((.((....)))))))))))((((....)))).).))))....))))))))((((((..(((((((((....((((((((((.....(((...........))).)))))))))).))))))))).(((......))).(((((((((...))))))))).(((((......(((.((((((.((.(((((((..((((....)))).)))..).))))))))))))))...............(((((((...((((.((((..((((............))))..)))).)))).)))))))((((.....)))).))))).((((((((....((((((((((((((.(((((.(((((.(((......))))))))..))))).....(((((((((.(((((((...(..((((((........))))))..))))))))(((((((....(((((..(((.(((...((.((((((((....))))))))))...))).)))..)))))....))))..))).......(((....)))..((((((((...(((((..((((........))))...))).)).)))).)))))))))))))))))))))))))))...))))))))...........(((((((.......)))))))...(((((((((......))))))))))))))).(((.((..((((((..((((((((((((.((((((((((......((((((((((((........((((...............((((((((((((((.((........))(((((.((.((((.(((((..((.(((((...(((....................)))...))))).))((((.......))))))))).)))))).)))))..(((((((((.(.(((((......))))).)((((((....))))))..(((....)))......((((..((((((((((((((((((....((((((((((..((((..((....))..))))(((((((((((..((((((....(((((((((((...(((((......))).......)).....)))))))...))))......))))))..)))..)))....)))))(((...(((((((((((((........))))))))))))).)))..........))))))))))(((.((((((((.((((.................)))).)))))))).)))...((((((((.((((((..(((.........)))..))))))))))))))......((((((((...........))).))))))))))).)))..)))))))))..)))).((((((((((...(((......))).)))))))))))))))))))........)))))).........))))))))..))))....)))))))))))).....)))))))....................))).))).))))))))).))))))..)).)))..................(((((.((((.........)))))))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
,((((((((..,..((((.,(((((((((.((....)))))))))))((((,...)))),}.))))....)))))))),{{{{{,.((((((((,{,..((((((((({.....(((,,......,..))),)))))))))),))))))))),((({.....||,.(((((((((...))))))))),|||.|}}}}..(((.((((((.((,(({,(((..((((....)))).)))..),))))}))))))))).,,,,,,....,{{.(((((((...((((.((((..((((............))))..)))).)))).))))))).||....,,|{|{{{({{|.((((((((....((((((((((((({.(((({.(((((.((({....,))))))))..,))))..,,,((((({{{..{||||||,,,{..((((((........)))))),,})))}}}}({(((((....(((((..(((.(((...(,{((((((((....))))))))))...))).)))..)))))....))))}.},}.......{{{.,,,||}.{((((((((.{.(((((..((((........))))...))),}).)))).)))))))})))))})))))))))))))...))))))))....,,,,.,,{{{{{{{.......}}}}))}..,{((((((((,....,))))))))))}}}}}..,,...,}|||||||||||,.,||},,,}||||||,,{{.{{...((((((((((((.,,{,...{{{{......||,,,,...((((((((((((((.{{.,...,,,},(((((.((.((((.(((((..((.(((((...(((......,,,,.....,,...)))...))))).}){((,.......})}}))))).)))))).)))))..{((((({,,,|.|||||,,},,.||||},|{{(({{,,.,|}}||}..{|{....))),,|,,,({{{..(((((((((((((((({,....((((((((((,{((({..||,,},}}..}|||{(((({{,(((..((((((....(((((((((({...(((|{,.....,},......})).....))))))),..})))......))))))..)))..}}}....)))}|(((...(((((((((((((........))))))))))))).)))}.........})))))))))(((,({{{{{({.((((,......,,,,..,,,.}}}}.)))))))).)))...((((((((.((((((..{{(,....,,,.}}}..))))))))))))))....{{((((({{({{{....,,,.,}).))))))))))).)))..))))))))).,))),.((((((((((...(((......))).))))))))))}))))}},,.,|||,..)))))).........))))))))..)}))....)))))))))))).....},{((((((.{{.......}}.))))))),....|||||||}}||||||||,,}}}}}},....}}},}}}},,,..(((((.((((.,.....,.)))))))))...........
Back