Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

lnc-BMP6-106:64

Sequence Length

1281 nt

GC Content

0.5035

GGGUAGAGACGCUAGGCCGGCACUGCCUAGGUGGGCCGGGCGGUGCGAGGGUCGCCUUUCAGCCUUUACCUCUACCCACUGAAAUGGAGUAGGUCGGUGAGCGCCGAUCUGCUGGAGAAUCUCAUUAUCCCAUCGGCGCUCUGCCUGCUCCUGGCCUCCAAGCCUCUGAAGCCCCUCGGGUUUCAGCUGCCGGCUACCCUCGAGCCCGUGGUGCCCACGAGAGAGGCGACUUUACGUCAGCGGCCCUGGGCUGAGAUUUGAGAACGCGACCAAGUGGAGAAUGUUGGAGCCAGAUUUUAAAAUCCUUGUCUUCCUUCUGCGUGCUACUUGAUCUAAAUGAGAUACGGCAAAGUCACAGAACCUGUUUUUAUGUUUUUGCCUGAUUCAUACGGGCUUCUCCGGUGAAGAUGGGCCUGAAGUAACGCUUGGGUUGCUUCUGACGUUAUAACUCAUCCUGUAGCUGCAGCAACCGUGGUCCUUGCAACCUCAUAAAAAUGUUGCCAGCAUUGUUUCGAUAGUGCUGCUUAAUUCUUGGAAGGUUCUUCGGACUUCACACAUUCCAGCAGUAGCUCUCUCAGCUCCUGUCCUGCACAGCUUUGAAGUGCUGGUGAUGUCAUUGAACUCUUAAGUGCAAGAUGAAACAAGUCUUUCUGGGGUUCUAAGUAGGACACAGCCCUGGUGAUGGCUUUCUGAGGAUGACACGAUGGAGGCUUCUCCAAUAGCUCUAAAACUGCGGUGUGGAAAACAUUCGGCAGCCUCAAAGAGCGGUCUUGUUGACCCCAACUAUAUCAUUUUUCAUCAAAAUCAUUCUUGUAAAGAAUGACCAGGCAACACUCUUUGAAAAUUGGAGGCCAUUUGCAGCUGCUCUCUGUUGAGGAAAGUGAAUAAUAGGGUGCCCUCAAGGAAUUGCAAAGCUGCCAUGGACCCCCGAGUUGAAGGUCGUAUAACCUCAGCCUGCCCAAAUGAACCAAGCACACAACCACAGGGGGAACCCAAGAGUUCCAGUGGGAGAGCUGGAAGAGGAGGGACCAAUGUGAGAAGUGGACACCAUAUGGCAGGAUCCAGGAUCCAAUCAGACUGAGCCCUGGGGUCACCCCAUGGAAGGAUCCAGUUGGAUCAUGCCUCCUGGCAUCACCUACUGCAAGAUCCAAUCAGAUCACACCUCCUUACCCUAUGCUUAUAAAACCCCACCCAGCCCCCAGCCCGAAGAUACAGAUUUGAGUAUUUCCUCCUGUUUCCUUACCAGUCGAUUUGCAAUAAAGCUUUUUUUUUUUUCCUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-417.6 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -441.85

Frequency: 0.0000

Diversity: 350.62

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((((((((((((((.......)))))).(((((.(((.(((((((((((...((((((((.......(((.(((((((....(((((((((....((((((((((.....(((...........))).)))))))))).))))))))).(((((....(((...(((((((((((((((((((((...((((..((((.....(((((...)))))...)))).(((.....)))...))))...)))))))))))))).....((.(((((((...((((.((((..((((............))))..)))).)))).))))))).))...(((((.((.(((((((.((.((((.....)))).)).))))))))).)))))..)))))))...)))......))))).((((((((......))))))))(((((((((....(((.....(((((..(((...(((((((....(((((..(((.(((...((.((((((((....))))))))))...))).)))..)))))....))))..)))........((((.((((.....)))).))))..))).))))).....)))...)))))))))..((((((((..((((..(((((((..........(((((((...(.((((.......)))).)(((.(((((.(((((.........(((((....)))))............((((.(.(((.....))).).))))))))).))))).))).....)))))))...........)))))))....((((((((...))))))))...((((..............((((.((((((..((((((((..(((.((((((..(.(.........).)..)))))))))...))..)))))).)))).)).))))(((((.(((......)))))))).))))............)))).........(((....)))))))))))))))))))))))))))))((((((......(((.((.((..((..(((...((((.((((((((((((..(((...))).((.(((((...))))).))..))))))...)))))).))))...)))..))..)).))))).((((......))))...)))))).))))).))).................)))))).))))).((((((........)))))).....))))))..)))).........((......))..................

Thermodynamic Ensemble Prediction

,(({((((((,((((((.......)))))).,((((.((({(((({{{((((...((((((((.......(((.(((((((....((((((((,{,..((((((((({.....(((,,......,..))),)))))))))),))))))))){((((((({{{{{.,{(((((((...)))))))}(((({,(((({(.(((.{(((((.((.((|||{(.,(({{....)))}.)))..),)))),})))))))),.,||||,,,,,({.(((((((...((((.((((..((((............))))..)))).)))).))))))).}}...{((((.{,.(((((({.((.(({{.....}}}}.)).}))))))|}.}}}}}.,||||||,,|.}}}}|,||,|}}}},((((((((......)))))))),|,}|||.,..}}}},...)))))})))))....({(((((..,.(((((..(((.(((...(,{((((((((....))))))))))...))).)))..)))))....)))),.},}.{{{{{{{({({.((((.{{,,||||.,|{{{{{|{.({((........))))|||,,,,},,.(((((((..,(,,,{{(((.......))))}.}|||||||}...}})))))}.,|||||||,||{,|||{{,||{|||||......(((((....))))}...{{{{{....((((.(.(((.....))).).)))),,}}}.))))){(({.....)))).,,...........,,,.,,,....{(((((({...)))))))),})))}.....,,,,,},...|}||}|||||...((((((((..{,(.((((((..{.{.........}.}..)))))),),...)),.,))))).,|||.||{|||.((((,{(((......)))))))),|{|.............))),.........))))}..,))).}.}}},))))))))))))))))))((((((......((({{,.,({(({..{{{...((((.((((((((((((..{{,...}}}.{(.(((((...))))).))..))))))...)))))).))))...})),,)}.,,,.}))),.{{{{......)))).,.)))))).}}}}}.,}}.......,,,,},}}..)))),,.))))|.{(((((........)))))}.,,,.}))))).,}})).........((......))..................