Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

lnc-BMP6-106:66

Sequence Length

1429 nt

GC Content

0.4374

GGGUAGAGACGCUAGGCCGGCACUGCCUAGGUGGGCCGGGCGGUGCGAGGGUCGCCUUUCAGCCUUUACCUCUACCCACUGAAAUGGAGUAGGUCGGUGAGCGCCGAUCUGCUGGAGAAUCUCAUUAUCCCAUCGGCGCUCUGCCUGCUCCUGGCCUCCAAGCCUCUGAAGCCCCUCGGGUUUCAGCUGCCGGCUACCCUCGAGCCCGUGGUGCCCACGAGAGAGGCGACUUUACGUCAGCGGCCCUGGGCUGAGAUUUGAGAACGCGACCAAGUGGAGAAUGUUGGAGCCAGAUUUUAAAAUCCUUGUCUUCCUUCUGCGUGCUACUUGAUCUAAAUGAGAUACGGCAAAGUCACAGAACCUGUUUUUAUGUUUUUGCCUGAUUCAUACGGGCUUCUCCGGUGAAGAUGGGCCUGAAGUAACGCUUGGGUUGCUUCUGACGUUAUAACUCAUCCUGUAGCUGCAGCAACCGUGGUCCUUGCAACCUCAUAAAAAUGUUGCCAGCAUUGUUUCGAUAGUGCUGCUUAAUUCUUGGAAGGUUCUUCGGACUUCACACAUUCCAGCAGUAGCUCUCUCAGCUCCUGUCCUGCACAGCUUUGAAGUGCUGCGUCUUCAAAGUGUCUUCUGUAAAGACUUCUUCAGACUGUCAAUAGGAAGACUGAUAAACUCAGGUGUCUUUGUGAAGCUUCCUAUCUUUGCUUUUCAACUAAGAUGAAACAGCAUUUAAAAGAAAAUGCCAUGUGAGAUGAGAUCAGGAGAAUGGAUUCUUUCUUUCAUCUGAAUAGAGAGCUGCUGUUCGAGAUUCUAACUCAAAUAGCUCAAAGGACACCUUCUCCGGGAAACCUUCCCUGACUUCCGACGCUGUUUCCUGUUGGAUGUGGUCUUGGAAAAAUUGCUACUUUUUGAAGUCUUGAAGUCUCAAUUUCUUUACCUGCCCCCCCGCCCCAAAAGUCAUUGAAAUCUGUUGUGAAGAUGACAGGAAAUAAAGGGUAACCAGAACAUGAGUUCCACAGUAACUGGAACAUGAGAGGUAGAGCCAGAAGGGGCAUCUAUGUAAAUCAUUUGGAGUUUUUGCCUUUCCUCUUAGAAGAAAAAUAUGAAUGAUUUGACUGAACAGGCCUAUAGCCAAACCCAAGAUGAUCUUUCCAAGCGUGAACUCCAUCUUCAAACUUCUAGUGAGUCUGAGGCCGCAACUGGAAAAAUUUAGAAAUAAUUUCUAAUUCUUGAAAUCUUUGAAAUGUCAAAACAUUAAAACUUUAAGUUUUUGUAUCUUGUUUAAUGUUUAACAAUUUUCUGAAACUUUGGAAAUUAUGUAGGUAUUCUAUUUUGUUAGUUUGGCUUAGCAUAUAUAAAUAGAGCUAUGUCUACAUAUUAAUAGUAGUCUUGUUUUACCUUACCUUUGUUUUUUUGUUGUUGUUGUAUGCCAUCU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-423 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -450.4

Frequency: 0.0000

Diversity: 421.27

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((((.....((((.((((((((((.((....)))))))))))((((....)))).).))))....)))))))).((.(((((((((((((....((((((((((.....(((...........))).)))))))))).)))))))))(((((.....((..(((((((((...)))))))))..)).)))))..(((.((((((.((.(((((((..((((....)))).)))..).)))))))))))))))))).)).....((.(((((((...((((.((((..((((............))))..)))).)))).))))))).))...(((..(((((((((....(((((.(((((((((((......(((((.......))))).......)))))))))))...((((((((......)))))))).(((.(((..(((((....(((((.((((((.....(((.......))).........))))))(((((((((....)))))))))......((..((((((((.((((((.............((((((((((((((((((((((((..((.((((.(((((((......(((((...((......))...)))))..)))))))))))))))))).)).)))).....(((((((.......((((..(((..(((((...(((((.((.(.(((.....((((((......))))))))).).)).)))))...)))))..)))..))))....)))))))...))))))))))))).(((.......)))..........((((...)))).)))))).))))))))..)).((((((.((((..(((....)))..)))).)))))).....)))))....)).)))..))).)))(((((..((((....((......))....))))..)))))...(((((((....)))))))((((((((((.....((.....)).((((((.......))))))....((((((((((.(((..((((......((((((((((((...(((((..((........))..)))))...)))))))))).)).......))))..((((((((.(((((((......((..((((((..((((..((((...(((((((..(((...)))....)))))))....(((((((...)))))))..............(((((((..((((((((((....((((.........)))))))))))))).)))..))))))))....))))..)))))).)).....)))))))...))))))))((((.(((....)))..))))...((((.........))))))).)))))))))).)))))))))))))))..)))))))))..)))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((((.....((((.,(((((((({.((....)}}))))))))((((,...)))},|.))))....)))))))).,,|,...((((((((,{,..((((((((({.....(((,,......,..))),)))))))))),))))))))).((({,....{{|..,((((((({{{||||||||(({{,,{{({,,|{{{.,{{{(({((.,,}}|||.,,||||.{,|,,,.,))}.)})))).,,)))))))}}}}|||.....((.(((((((...((((.((((..((((............))))..)))).)))).))))))).})...(((((.{{.(((((({.((.((({.....}}}}.)).}))))))}}.)))))..)}))}}}...)))..,||.}))}}.((((((((......)))))))).,..(({{{{..,,....}))))){{{||{{{{.{,(((((..,.(((((..(((.(((...(,{((((((((....))))))))))...))).)))..)))))....))))|,|||,,.....,(((((((((((((((((((((((..((.(((({(((((((......{{|||}}}||.,,,,,||...}}}}}..}}}}}))}})))}}))))}}).)}}}.....{(({(((,,,,,{.((((,.{{{..{{{{{,,,{{{{{.{,.|,||{.....((((((......))))))}}).}.}}.}}})}..,||}}|..}}}..)))),.,,)))))))..})))))))))))){{((((((.....{{(({((((...{{((,..)))}.|{.(((({...})))).}}.((((((.((({..(((....)))..}))).)))))).....))))...})))))))))))),,,.{((((..((({....((......))....})))..))))}.,,{{,,,||,,,}}}(((((((((,,(((({{,...,...,,||.((((((.......)))))).,..{(((((((((.(({..(({(.,,,..{(((((((((((...(((((..((........))..)))))...))))))))))}.}.......})))..((((((((.(((((((,...,,((..((((((..((({.{((((.{{(({,,,{}}||.,}}))||},..,)))}}....{((((({...||}}}}}.....|,,,..,,{{{,,{,|,,|{{{{{{{{{,,...{{({{,,.....,|||||}}}}}}},,))}}.,}}},))},,,,))))..)))))).))...,}}))))))...)))))))){(((.{{{....}))..))))...((((.,.......))))))).))))))))))}))))),,))))))))))))))))}}.})),...