Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-BMP6-106:7
Sequence Length
1603 nt
GC Content
0.4423
AGUUACUGGUAGAAAGGCCCCAAGGCCGGGCUUCGGUGGCUGCAGUAGACUGGAUCUGGAUCUCUAAAUGGCAAUCUAUUGACAUGGCUGCCAGCGUAAUGGAACCCCUGAUUGAUACAUGGACCCAUGACUGUCCACAAGAAAGACUACAUUUCCCAACUCCCAUGCAUCUAGGUGACGGAGUUUCGUUCUUGUCACCCAGGCUGGAGUCAGUGUCGCGAUCUCCACCCACUGCAACCUCCACCUCCCAGGUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGAUUAUAGGCAUGCACCACCACGCCUGGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGAUGGGUUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUCGAACUCCUGACCUCUGGUGAUCCACCCGCUUUGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUAGACGCGUGAGCCACUGCACCCGGCCUGUUUUAGGAAUAUCUUAACUGAUCUAUUUCAUGUCUUCAAAAUGCAUGCACAGAGGUGAUACAUGAUAAAAUCUAUCCCCAGUCAGGUCUAGAAAAGCUCUUUUAAUGAGCAUAAAGUGAUUGUCUAUGCAGUAAGAAAGCAUGGUGUCCUUGUUGAGUUAGUAGUGGUUUUUCUCUUAGUGGUAUAUAAAACGUGGCAGCGUGUCACAACCCACAGUGUCUUAGAUUUUCUGAAAUAUGGUGGUCCAUUAGGCAGUGAUAAGUGGCUCAGAUAAAUUUAAGGUAAACUUGGAAGCAACCAGCUGGACAAAUUGAUUUGCAUGGUGGGAUGUGGAACUCAGCUGGUUCACUGCAGAACCAGGAGCAGCUGUGUUUUCAUCCUGGCUCUCCUGUGAAGUUCCUGGGUGAUUCUGGGGAAAUCCUUUAAUUUCUCCCAGUCUUAGCUUCCUCAUCGGCCAAAUGAUGCAAUCCUGCUUAUUUGGUAGGGGGUGAAAUUGAUGGUCAGGUGAUUUAUGGGUAACAAAGGUUACCUAAGAUCAUCCUGAGGGUCUGUGCUUGGUGCUGGGAGUAUAGCACUGAAGAAGGCAGAGAUGGUACCACUCCUUCAGGGGAUAACAUUUGAUGACAUACCGAUCCAGUUUCUCUCGUAUCCAGGGGACAUUUUCUGGUUCUUUCUGCUUUCUCUGCCCAACUAAUAAAAAGUAGUGUGCAAUGUGUCAGGAAGUGUGUGAGCAUUUUUCAUCACUCAUUUAAGCCAUGUUUGAAAGAAAUAAGUGGACACAAUUAAAUUGAUUUUUAAGACCUGAGAAUUGUUUGAUUCAUUUAACAUUUGUAUUGGGCCUUGGCAAAACUGUAAAACAAAAAGAAGUUGACCUUCAGAAGGCCAAAUAUCAUUUUGGAUAAAUUUCCUCUUAGUGUUGUGGAUAUAACCUUUUAAGGAACUAGUGCCUCUAAUUCCUUCACCCCGUCCUUUUCCUACUCUCCCUCCAUCUACAUAUUUGUGUUUUCUUUUUCUUUUUCUUUUCUUUUCUUUUUUUUUUUUGAGAUAGAGUCUUGUUCUGUUGCCUGGGUUGGAGUGCAAUGAUGCCAUCUUGGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCCAUGUUCAAGCGAUUCUGUUGCCUCAGCUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-468.7 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -500.41
Frequency: 0.0000
Diversity: 500.98
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((.((...((((....))))...))))))))))).(((((((.((.((.(((....))).))..)).)))))))((((((((.(((......)))....((((((.....(((((((((.((((((((.(((((((.((...........(((((((((........)))..)))))))).)))))))((((((((.(((((((........)).))))).((((((.....(((((.(((((.((.(((((((((.((((((((.....(((((......)))))....))))).....(((((.(((((((((((...................((((.......))))))))))))))).((((..........))))..)))))((((...((((((((....))))))))...))))........(((((((((.(((..((((((.....(((..(((......))).....((((((..(((...((......))....))).)))))).........))).....)))))).(((((((((((.(((((...((..(((.(((...((((((.........)))))).))))))..)).))))).)).)))))))))((((((((..........((((((...))))))...((((.((((.(((((...))))).)))).)))).))))))))..)))...)))))))))......((((((.....))))))(((.....))))))..))))).)))).))..))))).)))))...))).)))(((((.(.(((.(((((((((....))).....)))))).))).).)))))...))))))))...((((((((((......))))).))))).....(((((((.....(((((((((.(((....)))))))))))))))))))......))))))))((((((((.((((((((....))))))))))))))))....))))))))).(((((((((......)))))))))((((((((((((.((((....((..(((((........))))).))..))))((.((((....((((........))))......)))).)))))))))))))).(((...((((........))))..)))....))))))(((((.((((..........)))).))))).))))))))..((((((((.(((.((((((((.((....((((((((.....))))))))(((..((((((..((((((.(((((.((((((((...((((..............))))..)).....)))))).)))))......(((......)))....))))))))))))..))).....((((((.(((.....))).))))))...................................)).)))))))).)))))))))))......................(((((((((((((..(((.((..((.((((.(((((((((.(((.((((...))))))).))))..)))))...)))).)).)))))))))))))...)))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,,((((((.((...((((....))))...))))))))|||(,((,,(((,(((({(((({........(({{......{((((({{((((((,(((.,{{..(((.((((........(((((........))))}..((((((((((((((..{((((.,((((((.{,,.((((((((((.....,))}}))))))((((((((.((((((({((((.(((...((((.(({(((((.........))))}...|||.......(((((.,...(((({......)))))...,))))).,|,.,({{{.(((((((((((..{{.(({,...,}}).)}((((.......))))))))))))))).((((..,....,..))))..,||||...},,,((((((((....)))))))).})))...))),})),},..))))).))))))))))..,(((((...|}}}}}.,||......}||{{{..,,....{|||||.,|||,{{,|{{{.||,,....,|,}}}}||,.,,,,}},,},},...((((.......)))).....,.|||}}}||||})),,.,}}..)))))).}.....)))).)..))).))))))))))).)))).))).},}...)))))))))))))))){,,,((((.((((.(((((...})))).)))}.}}||,|||,,{{{(({{{,{{{{|{{|{({{{,{{,{{|{(({,...|}|{{{(((,{({((({({,,.....,.{{{{{((,,.{{{|}|||||,|||||}}|}|(((({,,{(({(((((((,({{{{{|,...}}}},,))})))})}).,,,})}}}}))))}|..((((((((((......))))).))))).....}}||||,.....(((((((((.(((....)))))))))))),}|||||{{,,..({({{(({((((((((.((((((((....)))))))))))))),)||||{{|||..,,,(((((((((......)))))))}}((((((((((((.(({(,,,,(({,,,{||||,...,.}},||,},..,}}}{{.{{{{..,.{(({......,})))}......}))),)))))))))))))).{((,{,((((........))))}.))}.{(((((.{(((((({,,,,}}}}}}}}..,|||{|,{{{,{{{,,.}}}}}}}.}},|,.||}}}}}}}|,{{{{{..,,{{||||,,}}})}}))})}))))))}}}}}}}},}}}}}|}||}})}}|,,{({{...,|,,...,,....,{{||,.||,}}}}||||||||{{||||.....,(((......|||....,|,|,,||}}}...,,},....{(((((.(((.....))).)))))),,,,}},,.....,,,.,,..}}},,))),..,,|,}}}))})}}},}}...,,..,,,,,,.,....,{,...........)))).}))}}}},}}},,})))))}|||}}|(((((((.(((.((({...})))))).))))..)))))))..,,,.))})}.,,))))),))),,}}}}))..
Back