Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-BMP6-106:85
Sequence Length
958 nt
GC Content
0.4749
GGCACUGCCUAGGUGGGCCGGGCGGUGCGAGGGUCGCCUUUCAGCCUUUACCUCUACCCACUGAAAUGGAGUAGGUCGGUGAGCGCCGAUCUGCUGGAGAAUCUCAUUAUCCCAUCGGCGCUCUGCCUGCUCCUGGCCUCCAAGCCUCUGAAGCCCCUCGGGUUUCAGCUGCCGGCUACCCUCGAGCCCGUGGUGCCCACGAGAGAGGCGACUUUACGUCAGCGGCCCUGGGCUGAGAUUUGAGAACGCGACCAAGUGGAGAAUGUUGGAGCCAGAUUUUAAAAUCCUUGUCUUCCUUCUGCGUGCUACUUGAUCUAAAUGAGAUACGGCAAAGUCACAGAACCUGUUUUUAUGUUUUUGCCUGAUUCAUACGGGCUUCUCCGGUGAAGAUGGGCCUGAAGUAACGCUUGGGUUGCUUCUGACGUUAUAACUCAUCCUGUAGCUGCAGCAACCGUGGUCCUUGCAACCUCAUAAAAAUGUUGCCAGCAUUGUUUCGAUAGUGCUGCUUAAUUCUUGGAAGGCCUCUUUGCUUUCUUCCCUGAGGUUCUUCGGACUUCACACAUUCCAGCAGUAGCUCUCUCAGCUCCUGUCCUGCACAGCUUUGAAGUGCUGCAAGGCCCCAAUCUGCAAGCCAGGAAGAGUCGUCACGAGAACCAGACCAUGCAGGAACUCUGAUCGUGGACAUUUCAACCUCCAGAACUGUGAUCCAAAAUGCAUAUGUAUCUUUGGAAGAAACUCUGAAGUAAAGGCCGGAAUAUUCUUUGUUUAAAACAUUAAAAACAAAACAGACCAAAGCAUCAAGCAAGAAGUUUCCUGGCAAUAAACUAAGCACAGCAUUAUUUUUUAAGGAACACAAAUUAAGUGUUCAACCUGUGGCAAAUUUGUACUUUCUCCCUGAAUUAUGUUGUUAUCAAAGAAAAAAAUUGGGAAGCAUGGCAAAAUAUCAUCAAAACUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-296.5 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -313.55
Frequency: 0.0000
Diversity: 187.53
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((.((....))))))))))).(((((((((((((..........((........))...(((((((((....((((((((((.....(((...........))).)))))))))).))))))))).(((......))).(((((((((...))))))))).....((((.......))))(((((...))))).)))))))))))))..((((((..(((..........(((((....((((((((((((...((((.((((..((((............))))..)))).)))).)))))))........((((....((((((((((((...((((.((((.(((((((((...(((((.(((......))))))))....(((((((((((((......))))))))(((((.....((((.(((((..(((((((.....(.((.(((((((................((.((((((((....)))))))))).........(((((((......)))))))....((((((((...)))))))).........((((.((((.....)))).))))...((((.........))))))))))))))....)))).)))))))).))))))))).......((((((((((((.....)))..)))))(((.(((........))).)))..((((((((((....)))).))))))......))))......)))))((((..((((((((((..........))))))...........((.....)).))))..)))).))))).)))))))).))))..............((((((.......))))))...)))))))...)))))....))))..........)))))..)))))..........)))..)).)))).....................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((((.((....)))))))))))((((((,((((((({{........,,......,,)),..((((((((,,,..((((((((({.....(((,,......,..))),)))))))))),))))))))).(({......||}.(((((((((...)))))))))..}}.|||,,}}}}}.||||(({((.{{|}|||.||||||||,)))).,||{{|{,,|||,,}}}}.,,.(((((,.,{{{({.(((((((...((((.((((..((((............))))..)))).)))).))))))).}}.....((((....((((((((((((...((((.((((.(((((((((...{((((.((({....,))))))))....(((((((((((((......))))))))(((((.....((((.(((((..(((((((.....{.((.(((((((,{,{{{.....,{,..(,(((((((((....)))))))))}...,,....(((((((......)))))))....||||||{{...|}|}|}}|.......,.((((.((((.....)))).))))...|{{{.....,},,))}))))))))))},...))))},))))))).))))))))).,.{,....,.((((((((,...,)))..))))).,..|||...,,.((({..,,{..((((((((((....)))).))))))..,...)))).,}...)))))((((..((((((((((...........,,,,............{{....,))}))))..)))).))))).)))))))).))))..............((((((.......))))))...)))))))...)))))....))))..........|||}},.}}}}}........,,))).,)),)))).......,.,|,....},,..
Back