Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-BMP6-106:90
Sequence Length
1569 nt
GC Content
0.5061
GGCACUGCCUAGGUGGGCCGGGCGGUGCGAGGGUCGCCUUUCAGCCUUUACCUCUACCCACUGAAAUGGAGUAGGUCGGUGAGCGCCGAUCUGCUGGAGAAUCUCAUUAUCCCAUCGGCGCUCUGCCUGCUCCUGGCCUCCAAGCCUCUGAAGCCCCUCGGGUUUCAGCUGCCGGCUACCCUCGAGCCCGUGGUGCCCACGAGAGAGGCGACUUUACGUCAGCGGCCCUGGGCUGAGAUUUGAGAACGCGACCAAGUGGAGAAUGUUGGAGCCAGAUUUUAAAAUCCUUGUCUUCCUUCUGCGUGCUACUUGAUCUAAAUGAGAUACGGCAAAGUCACAGAACCUGUUUUUAUGUUUUUGCCUGAUUCAUACGGGCUUCUCCGGUGAAGAUGGGCCUGAAGUAACGCUUGGGUUGCUUCUGACGUUAUAACUCAUCCUGUAGCUGCAGCAACCGUGGUCCUUGCAACCUCAUAAAAAUGUUGCCAGCAUUGUUUCGAUAGUGCUGCUUAAUUCUUGGAAGGCCUCUUUGCUUUCUUCCCUGAGGUUCUUCGGACUUCACACAUUCCAGCAGUAGCUCUCUCAGCUCCUGUCCUGCACAGCUUUGAAGUGCUGGACACAGCCCUGGUGAUGGCUUUCUGAGGAUGACACGAUGGAGGCUUCUCCAAUAGCUCUAAAACUGCGGUGUGGAAAACAUUCGGCAGCCUCAAAGAGCGGUCUUGUUGACCCCAACUAUAUCAUUUUUCAUCAAAAUCAUUCUUGUAAAGAAUGACCAGGCAACACUCUUUGAAAAUUGGAGGCCAUUUGCAGCUGCUCUCUGUUGAGGAAAGUGAAUAAUAGGGUGCCCUCAAGGAAUUGCAAAGGUAUCACUCAACAGAAACUUUCGUGUCUGAAGAAAACUAGAUCAUUUUAUCAUGGGACACGCUGCGGAUGGCUUGAGAUUAGUAUCUGCGCAGGUGCCAUUCUCACAGUGUGUGCUGUGAGAAUGUCGCAGACGUGUGCUGCUACUCUGGCACUCACACUUGUCCAGGCUGUUUCUUAGUCCUAAGUUAGUGGCAUGAAAGCACUGCCCUGGAAGCGAUGGAGCAGCAAGUGCUCUACCCACAUGGAAGUCUUUGGGACCUGCACUUCAAUGAGCGCAGAGAGGAAAAGGAGAGAAGAACCAACACAACUGAAGCACCUACGAGCGUCAGGCACUGGCCCAGCUGCCAUGGACCCCCGAGUUGAAGGUCGUAUAACCUCAGCCUGCCCAAAUGAACCAAGCACACAACCACAGGGGGAACCCAAGAGUUCCAGUGGGAGAGCUGGAAGAGGAGGGACCAAUGUGAGAAGUGGACACCAUAUGGCAGGAUCCAGGAUCCAAUCAGACUGAGCCCUGGGGUCACCCCAUGGAAGGAUCCAGUUGGAUCAUGCCUCCUGGCAUCACCUACUGCAAGAUCCAAUCAGAUCACACCUCCUUACCCUAUGCUUAUAAAACCCCACCCAGCCCCCAGCCCGAAGAUACAGAUUUGAGUAUUUCCUCCUGUUUCCUUACCAGUCGAUUUGCAAUAAAGCUUUUUUUUUUUUCCUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-524.8 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -554.5
Frequency: 0.0000
Diversity: 416.83
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((.((....))))))))))).((((((((.((((((................)))))).(((((((((....((((((((((.....(((...........))).)))))))))).)))))))))..((((((..((..(((((((((...)))))))))..)).((((.......))))(((((...))))).).)))))(((.....))).))))))))(((((((((((..((.(((((...(((.(((((.....(((..............)))...)))))))).))))).))....)))))..(((((.((.(((((((.((.((((.....)))).)).))))))))).)))))..(((((.....(((....((((((..((((((((......))))))))....((((((........)))))).((((((..((((((((....(((((((..........((.((((((((....)))))))))).........(((((((......)))))))....)))))))....)))))............((((..(((.((((((((..(((((.((((.........)))).))))).)))((((((.((..((((.(((((((((.....(((((....)))))...(((((....((((.(.(((.....))).).))))......)))))((((.....)))).........................))))))))).)))).)).)))))).....((((.........))))((((((((((((..(((......)))((((((.......((((((((..(((....)))....)))))).))........))))))((((((.(.((....((((....)))))).).)))))))))))))))))).)))))..)))..))))....(((.((((((((((((....)))))))))))).)))..)))..))))))....((((.((........))))))((((((((...(((((...((((.((((((....)).)))))))).)).)))))))))))....(((((.(((((.(((((.((((.(((..((((.(((....))).)))).........((.........)).......((((.((........)).)))).((.((((......))))))..(((((..(((((.(((......)))))))).(((.............)))..........)))))..))))))).))))))))))))))).((..(((((((......(((.((.((..((..(((...((((.((((((((((((..(((...))).((.(((((...))))).))..))))))...)))))).))))...)))..))..)).))))).((((......))))...)))))))..))...))))))...)))......))))).))))))...((.((((....(((......))))))).))...............((......))..................
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((...))){{((,((((.((({(({({((((((...((((((({.......(((.(((((((.,,.((((((((,{,..((((((((({.....(((,,......,..))),)))))))))),)))))))))((({,((((((({.(((((((((...)))))))))..,..)))}...(((.((((((.((,(({,(((..((((....)))).)))..),))))}))))))))),,,,.....(((......)))..,,,..,))))))))(((,....}}}}((((..(((((((((.(((((....,((((.....))))..(((((({.((.((({.....}))}.)).})))))){(.(((((..((((...{{{({{,.((.((((((.,..{{.((((((((({{(((((,(,.((,....,,,....,||,(((((.{,....(((((((..{.(((((({.....,,,,,{|(((((((((....)))))))))}...,},.,,{((((((......))}}})}....}}}||||,,..))))|,|,}......,.|||}}.}|((((((...((((.({((((.,.{({{{((((|((,{||,,|}||(((((({((.{((((.(((((,,{,.....(((((....))))}...{{||{....((((.(.(((.....))).).))))}}}}}.))))){|||..,,,|}}}.,,,,.............,,,....}|||||||..,)))}))})))))),....,{{,......,,,}}||((((((((((((..,,({{....)))((((((.......,{((((((.,(((....)))....)))))).))}...,...))))))((((((.(.((....{{{{....)))})).).))))))))))))))))))}}.{|||..,,|}}}{{(((,(({{((((((((((((....)))))))))))),{||..,,{||||,{(({|..,||}}|..}}}}}..,||||((({({{{,,{,((((({...|}).)}),,}},}})).,))}})))}.},},(((((((.....))))))),({,...|}...,}}.}))))))})))))))),.)))}))))).)))}....)))))).,.............))))))))}.}))))))...,}...)))))).)),}).}))}.....{.((((,,(((......)))))))),.))))..))))).))))))).......)))))))))..)))).,}}.))))))))))))))))))((((((......((({{,.,({(({..{{{...((((.((((((((((((..{{,...}}}.{(.(((((...))))).))..))))))...)))))).))))...))),,)}.,,,.}))),.{{{{......)))).,.)))))).,}))}.,}}........,}}},)},.))))}}.)))}|,{((.(({{....{{{.,..,.}}})}}}.}}.......}..,....{{......))............}}}}..
Back