Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-BMP6-106:92
Sequence Length
2843 nt
GC Content
0.4724
CUGCCUAGGUGGGCCGGGCGGUGCGAGGGUCGCCUUUCAGCCUUUACCUCUACCCACUGAAAUGGAGUAGGUCGGUGAGCGCCGAUCUGCUGGAGAAUCUCAUUAUCCCAUCGGCGCUCUGCCUGCUCCUGGCCUCCAAGCCUCUGAAGCCCCUCGGGUUUCAGCUGCCGGCUACCCUCGAGCCCGUGGUGCCCACGAGAGAGGCGACUUUACGUCAGCGGCCCUGGGCUGAGAUUUGAGAACGCGACCAAGUGGAGAAUGUUGGAGCCAGAUUUUAAAAUCCUUGUCUUCCUUCUGCGUGCUACUUGAUCUAAAUGAGAUACGGCAAAGUCACAGAACCUGUUUUUAUGUUUUUGCCUGAUUCAUACGGGCUUCUCCGGUGAAGAUGGGCCUGAAGUAACGCUUGGGUUGCUUCUGACGUUAUAACUCAUCCUGUAGCUGCAGCAACCGUGGUCCUUGCAACCUCAUAAAAAUGUUGCCAGCAUUGUUUCGAUAGUGCUGCUUAAUUCUUGGAAGGCCUCUUUGCUUUCUUCCCUGAGGUUCUUCGGACUUCACACAUUCCAGCAGUAGCUCUCUCAGCUCCUGUCCUGCACAGCUUUGAAGUGCUGGACACAGCCCUGGUGAUGGCUUUCUGAGGAUGACACGAUGGAGGCUUCUCCAAUAGCUCUAAAACUGCGGUGUGGAAAACAUUCGGCAGCCUCAAAGAGCGGUCUUGUUGACCCCAACUAUAUCAUUUUUCAUCAAAAUCAUUCUUGUAAAGAAUGACCAGGCAACACUCUUUGAAAAUUGGAGGCCAUUUGCAGCUGCUCUCUGUUGAGGAAAGUGAAUAAUAGGGUGCCCUCAAGGAAUUGCAAAGGUAUCACUCAACAGAAACUUUCGUGUCUGAAGAAAACUAGAUCAUUUUAUCAUGGGACACGCUGCGGAUGGCUUGAGAUUAGUAUCUGCGCAGGUGCCAUUCUCACAGUGUGUGCUGUGAGAAUGUCGCAGACGUGUGCUGCUACUCUGGCACUCACACUUGUCCAGGCUGUUUCUUAGGUGGUCAUCUUGCCUGUGGUAUCAGAAAAAGGGAUUUCUACUUAGUAUUAAGAAGUUGAAACCAAAGUAGAAAAUAUUCAUCCUUUGCUUUCCCCAAACAAUUCUUCUGCCUAGAAAUGUCAACAACUUAACCACAUGCAAAUACCCAUUUGUGGACAAAUGUGUACAAAAGACAUUUGGGGUUCCCCUCUUUGAGACUAGAUUAAAGCUGACCAUAUAGAUAGGGAAGAAAACUGUUUUUCUCUGUAGCAUCAUAUUGCUGCUUUGUAUAUUUUCUGAUAGAGUAGCAUCAGGUCCUCUGGCUGCUUUAUUGAAAUCAUCUUUGACGUUUCUAACAAGGAAAUUUCCUGUGCAAAACUCUAGUUAGAGAUUUCAGUGACUUGUAUCACCAAGAGGAGGACCAUCAGCAUGCAGUGGAGGUCUAGGCUUCAGACAUGUGAGGCACACUGAGGAGCAGCUUUAUUUGCAAGAGGUAUUAGGAAUCUUCCUAACAAAGUUGACCUUCAGGAUGGGAGAAAUCAAAGCACAGACCAUAGAUCCAAAAAAAAUGGCUUCUGGUCAGAAAAGGUGAUCUGAGAUUAGGGGAAGAUGUGUCAUCAAUAUCAUCCCCUGGUCCAGCCCUGUGAAAUCACACCUGAGUGGUAGAGAAAUAUCUAUGAAAAAAUAGUAAAACAGAAACAAAUGUUUCUGUCUGGCAGACAGGCAGCUGCAUGGCUUUCAGGGCCAGGUAGAGGGGACAUCACAUGUACAUGGUGGCAGCGGGAUGUCCCCAGGUAGCAGAAAGUCGCAGGUGGCUCAUCAGAGACCCUAAAGAACUAGCCCCCUACUUGUAGGUGUCAGUGGCUGUGGUAGGAGUGGCCAUAGAUAGUUUCUGGUUACACAAGAUUGGUGUGGGAACAGCAUGACCACGAGAAAAAUCUGGGUUGACGGCCCCAGGGAGCUGGAGCAGAAUAUUAACAAUAGUAGCUAGCAUUUGAGUGCUGCCCAUGUGCUUGAAAAUGUUCUAGGUGAUUUACCUUUAUUAGCUCCUAUAAUUCUCAAAACGACCUCGAGUUAGGUCUUUCUAUUAUUCCUAUUUUAUAGACAAAGCAGUGGAGCCACAGAGAGGUUAAGUAACUUGCCCAAUGUCACACAGCAAAAAGUGGCAGAGCCACAAUUUUAAUUUGGGUUGAAGAGGAAAAUAGAUAAUGCAUAUUCCUAGGAUCUGAGAGAUGUUUGAGGUGAGGGGGAAUGAGAGGCUCUCCUUUGAAAGAAGCAGCAGGGGGUACUGAAACAGAGUAGAAGAGUGUGAAAGCUGGUGGGGUUGUUGUUGUUGUUGUUUUUAGUCCUAAGUUAGUGGCAUGAAAGCACUGCCCUGGAAGCGAUGGAGCAGCAAGUGCUCUACCCACAUGGAAGUCUUUGGGACCUGCACUUCAAUGAGCGCAGAGAGGAAAAGGAGAGAAGAACCAACACAACUGAAGCACCUACGAGCGUCAGGCACUGGCCCAGCUGCCAUGGACCCCCGAGUUGAAGGUCGUAUAACCUCAGCCUGCCCAAAUGAACCAAGCACACAACCACAGGGGGAACCCAAGAGUUCCAGUGGGAGAGCUGGAAGAGGAGGGACCAAUGUGAGAAGUGGACACCAUAUGGCAGGAUCCAGGAUCCAAUCAGACUGAGCCCUGGGGUCACCCCAUGGAAGGAUCCAGUUGGAUCAUGCCUCCUGGCAUCACCUACUGCAAGAUCCAAUCAGAUCACACCUCCUUACCCUAUGCUUAUAAAACCCCACCCAGCCCCCAGCCCGAAGAUACAGAUUUGAGUAUUUCCUCCUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-937.3 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -990.27
Frequency: 0.0000
Diversity: 856.51
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((....))))(((((((((((((((((((.((((((................)))))).(((((((((....((((((((((.....(((...........))).)))))))))).))))))))).(((......)))..((((((((...))))))))(((((.((((((.(((.((((((.((.(((((((..((((....)))).)))..).))))))))))))))............((.(((((((...((((.((((..((((............))))..)))).)))).))))))).))...(((((.((.(((...((((.....(((((((((((......(((((.......))))).......)))))))))))...((((((((......))))))))))))))).)).)))))...)))))))))))....))))))))))).))).......((((((...))))))..........((((((((..(((..(((.((((((((....(((((((.((((((((...))))))))(((.(((.((((.....((((((((.((((((((.((((.........)))).)))).((((((((((((((((((((((.((.(..(((..(((((....)))))...(((((....((((.(.(((.....))).).))))......)))))((((.(((((..((((((((.(((...............(((((((...)))))))((((((.(((..(((.((..((((..((((((((((((((..(((......)))((((((.......((((((((..(((....)))....)))))).))........))))))((((((.(.((....((((....)))))).).))))))))))))))))))))..))))...((((((....(((.((((((((((((....)))))))))))).))).(((.(.(((((((.(((((.(((((...(((((..(((((((((((((((((((((..((((.((((((....(((((((((((((((((((.((.((((....)))).))..)))))))).......)))))))..)))).....(((.((((.......)))).)))..........)))))).))))....(((....))).(((((((.(.....).)))))))(((...))).((((((.......)))))).)))))))....(((((((((((.....)))))))))))..........(((((((((((..........))))))))))).....((((((((.(((.(((((((((((.(((..((.((((...(((.(((....))))))...)))))).....))))))))))))))...)))...)).))))))(((((.(((........))).)))))..((((((......))))))...)))))))))))))).....)))))((((.((((((....)))))).....((((.((((......))))...))))......(((((..((.(((.......)))..))))))).....(((.(..(((.((((((((((.(((((.......))))).)))))))))))))))))(((....)))))))))))).)))))......((((......))))....((((((((....))))))))(((.(.....).)))((((.((((((...)))))).)))).(((((((((...(((........)))....))))))))).))))))).)..)))))))))(((((....))).))...........((((((((((....(((.......)))..)))))).).))))).)))..))))))))).......))))))).))))..))))).))))..(((((....(((((........)))))(((((((....((((((((..((..((((((.(((((....))))))).....))))))..))))))))(((((...)))))....))))))).....))))).....(((((......)))))..(((((............))))).......)))..))).))))))((((....)))).)))....))))).)).......(((((...)))))...........))))))...(((((...............))))))))).)))))))))))).)))))).))))))).)))))))).)))...)))..))))))))(((((((((.......))).....(((......)))(((((((((.(((((((((((((((((((............((((((....)).)))))))))))))))..))))))))..(((((.(((((.(((((.((((.(((..((((.(((....))).)))).........((.........)).......((((.((........)).)))).((.((((......))))))..(((((..(((((.(((......)))))))).(((.............)))..........)))))..))))))).))))))))))))))).((..(((((((......(((.((.((..((..(((...((((.((((((((((((..(((...))).((.(((((...))))).))..))))))...)))))).))))...)))..))..)).))))).((((......))))...)))))))..))...........)))))))))..)))))).))))).((((((........)))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,..{{{(.((|,{((((((((((((((((((,((((((................})))},.((((((((,{,..((((((((({.....(((,,......,..))),)))))))))),))))))))).(((......))).,((((((((...))))))))|{{{|.(((({{.{{{,||||((,((.{{|||||.,{{||,,,.)))).)))..)}})))}}||||}|}}...{((({,,{{{{.(((((((...((((.((((..((((............))))..)))).)))).))))))),||...{{(({.{,.(((({{{.((.(({,.,,,,}}}}.}).,))})))||.|||||.||{||,,.||,,}}}}}}},}))}},((((((((......)))))))),},}}}}....)))),...))))))))))}....|}|||}}}}}}|||}{{.....{{({{{,..||||||,|...,},,,|(((((((..{((..(((.((((((({..,,{{{{{{({{(((((({...))))))),{{{.{{{.{{({...,,((((((((.((((((((.((((.........)))).)))),{{(((((((((((,(((((,(({((,,,,.....(((((....)))))...{{{{{....((((.(.(((.....))).).))))}}}},.)))))((((..,,,|}}}.,,,,...........,,,,,....{(((((({...))))))))}}}{|{.,((((((({{..,,,,,,((((((((((((((..,,{{{,,,,|||((((((.......,{((((((.,(((....)))....)))))).))},..,,..)))))}((((((.(.((....{{{{....)))})).).)))))))))))))))))))}.{{{|,,,,|}||(((((.((({((((((((((((....))))))))))))..)),.,}.))))),{(({{(((({{{{{{{.,{,,{{{{,{(((((((((({((,((((,(((({{(({{,,,..|||,..,((((((((((((((.((.((((....)))).))..))))))))}......|}}}}||,((({{{{{{,,{{.((((({{{(((,({{,{((({,,.......(((({,{,.......,,..})))).(((((((.{.....}.))))))){{{,,,}|{((({{{{..,{{{{{{{({((((.,{......(((((((((({.....}))))))))||.{{.,,....{((((((((((......,,,{||||||||||},{{{,{(((((((.(((.(((((((({{{,((({{(({((((...((,{(((....))))))...)))),,..}}}))))))))))))))...))}...))}}))))}(((((.(((.......,))).)))))..((((((......)))))).,.||||||..|||||||}}}||}},},})}.{(((((....)))))}..,,))))}}})))))}.}}}}}}},.,,,,,,,...(((({.,({.(((.......)))..)}))))).....|{{,|,.(((.((((((((((.(((((.......))))).)))))))))))))}}}|(((....}})|{{,|,|{|||{{{,.....,((((......}}}}....((((((((....))))))))|||,,...))))))}((((.((((({...}))))).)))).(((((((((...(((.,......)))....))))))))).,{{{{{,{{,{{{{,,.{({|{{{{,{{{}||,||}}...,,|,|,|||.{{{{,,..}}))|}},}},)))),}))),})}}||))),.,)}}..}))))}})))).,,,},,}}}}|||}}.,,)})},}}))}}|{{{{....{((((......,,))))|((((((({,,,((((((((..{{,,{{{{((.(((((....)))))))...,,)}})))..})))))))(((({...)))))....))))))),....,)))).....(((((......))))).,|||||.,,,}}.}},,.}}}}}))))),))))..))},}}}}}}||,,,||...)))}))}..}}),,,.},,,.....(((((...)))))...,,,,,,,,))))))...{(({{.,{.........}),))))))))).)))))))))))),)}))}))))))))}.)))))))).)))...)))..)))))))}{{{{{{,{{|...}},}}},,.,,|||,,....|||(((((((((,((((({(((((((((((((........,{{.(((({{....)),)))))))))))))))},))))))),..(((((.(((((.(((((.(({{{(((..((((.(((....))).)))).........{{.........}}.......((((.((........)).)))).{{,((((......)))},}..(((((,.((((,{(((......)))))))),{((.............))}..........)))))..))))))).))))))))))))))).((..(((((((......((({{,.,({(({..{({...((((.((((((((((((..{{,...}}}.{(.(((((...))))).))..))))))...)))))).))))...))),,)}.,,,.}))),.{{{{......)))).,.)))))))..))...........))))))))),})))))).))))).{(((((........))))))}}.}}},
Back