Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-BMP6-106:94
Sequence Length
3277 nt
GC Content
0.4263
CGCCUUUCAGCCUUUACCUCUACCCACUGAAAUGGAGUAGGUCGGUGAGCGCCGAUCUGCUGGAGAAUCUCAUUAUCCCAUCGGCGCUCUGCCUGCUCCUGGCCUCCAAGCCUCUGAAGCCCCUCGGGUUUCAGCUGCCGGCUACCCUCGAGCCCGUGGUGCCCACGAGAGAGGCGACUUUACGUCAGCGGCCCUGGGCUGAGAUUUGAGAACGCGACCAAGUGGAGAAUGUUGGAGCCAGAUUUUAAAAUCCUUGUCUUCCUUCUGCGUGCUACUUGAUCUAAAUGAGAUACGGCAAAGUCACAGAACCUGUUUUUAUGUUUUUGCCUGAUUCAUACGGGCUUCUCCGGUGAAGAUGGGCCUGAAGUAACGCUUGGGUUGCUUCUGACGUUAUAACUCAUCCUGUAGCUGCAGCAACCGUGGUCCUUGCAACCUCAUAAAAAUGUUGCCAGCAUUGUUUCGAUAGUGCUGCUUAAUUCUUGGAAGGCCUCUUUGCUUUCUUCCCUGAGGUUCUUCGGACUUCACACAUUCCAGCAGUAGCUCUCUCAGCUCCUGUCCUGCACAGCUUUGAAGUGCUGGUGAUGUCAUUGAACUCUUAAGUGCAAGAUGAAACAAGUCUUUCUGGGGUUCUAAGUAGUUUCUAGGGCUACAUGAAUCAUCUGAAGCCUCUUCCGGAUGCUAUAAGCAGCCAUGGAUGGGCGGAGAAAAGAUCCUUGGGCCAGCGUCUCCCUUAGGGUCCUUCCUGCCAUGAUAUUGUCGUCUUCAAAGUGUCUUCUGUAAAGACUUCUUCAGACUGUCAAUAGGAAGACUGAUAAACUCAGCAACAGUAUCAGAGAAAAGUAUCAAGGAAGGACUAGAACCUUGUCUGUCACUUGCUGUACCCCACCUAUCUUCAAAUCCAGUUGACUCCAAGUGAACUCUGCAAAAUUCCCAGGCUGGAGUGCGAUGGCGCGAUCUCUACUCACUGCAACCUCCAUCUCCUGGGUUCAAGCAAUUCUCCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUAGGACUACAGCCAGCAAGGGAGACAGUGUCUAGAGGCAGUCAUCUAGCAAGAUGGAGACUUACAACAUGAGGCACAUACAAGAGUGACCUCCCAUCGUCUUUGAGGCAUUCUAUUUCUUGUGUCUUUGUGAAGCUUCCUAUCUUUGCUUUUCAACUAAGAUGAAACAGCAUUUAAAAGAAAAUGCCAUGUGAGAUGAGAUCAGGAGAAUGGAUUCUUUCUUUCAUCUGAAUAGAGAGCUGCUGUUCGAGAUUCUAACUCAAAUAGCUCAAAGGACACCUUCUCCGGGAAACCUUCCCUGACUUCCGACGCUGUUUCCUGUUGGGCAUCUAUGUAAAUCAUUUGGAGUUUUUGCCUUUCCUCUUAGAAGAAAAAUAUGAAUGAUUUGACUGAACAGGCCUAUAGCCAAACCCAAGAUGAUCUUUCCAAGCGUGAACUCCAUCUUCAAACUUCUAAUCUUAAACCUUAAAGAAGAAACUAUGGCAAUGUCUCUUCCACCACUCUUGACUAGCAUGAUGUGUUGCCAAAAGACUUCAGAUCAUAAGUGCGAAAUAAAAAAUCAAAAAUUGACUGCAUCUUUUCUCAUUGCUCAACAACUGUCAAACAACUGAGAAAUUUGUUUUGGAUGAAGCAGUAACAUUCCUUCUUCCACUCCCAGCCCCAUUCCACGUAGUCUGCAGUUCCUCACUGACCACUGAUUGAUGUCAACGUGCAAACUCUCAGACAGAAGACAAGAAAUAUGUCCUGGGUUUUCUGGUUCCUCAAGCUUCUGACUAGGACCAGAGCCAGCAAUUACACACACUUAUCCCUAUUCUUUCCAUGAAUGCAGAGAAAGAAAGACCUUCUUGGGCUGUAAGAAAUACUCUAUUCCUCACACAUAAUAACUAAGGCUCAGCAGCUUGUAAAAAGGCAUGGUCCAGGGCAUGUCAGGACAAGGAAGAGCGGUAAGUUGUUUCUCUGUCUUUCCUCUGUAUUCUUUCAUAAUUGGGACAAGGCCUCAGCUGACAAGGAGCUGGCAGAACACUGGGGACAGCUGGUAUGUAAGAACCAACACCGUCCCAUCAGUCAUUUAUUCAACACAUGUUUAUUGAGUAUCUGCAACGUGACUGCACCGUUAUAGAGUCUGCAUUGUUGUAGGUCCUGAGAAAAAAACUGCAAAGCAAAAGUACACACAGGCUUGCCCUCCUGAAAUGUACAGUCAGGUGGAGAUGGCAGAUAUUAAGAAACUAACUUGUGCUAUUGAAGUUUAAAAGAAAGGGAUCUUACUGAGUCUGAGGAGAGGGAUGAAUCAAUGCAGACUUCCUAGAAGAACUGGCAUAUAAACCAAGAACUGAAAGAGGAAUAGACAUUAAACCAGAAAACAGAAUGGAAGAAAAAUAGAUUUACGAUGCAAAAACCGUAAAGGAAAGAGUUCAGUAUGACUGGAAUAUAUAGACAGAAGAUAAUGGUUUAUGAUAAGACUGAAAAGGAAUGCAGGGUCUAGAUAAAGAGACUCUUCAAAUUAGUAAGAAUUUUUUUGAGACAAUAAAAGACCAUUUUGCUUUGGCAAAAUAAUAAUAAUAAUAACACUCAGUGUAGUGUGAACUAUAAAUUUAGGAGAGCAAGAGUAAUUGUGGGGAAAUCAGUUAAGAGACUUGCUUUAGCCAAGAAAACAGUUGAUGUUGGAUUAAACCAUGGAGAAGAUAAUGGAGAUAAUGACAAGUGGACAGAUUUUGGAAAUCAAUAUCUUUUGGUAAUUAAUUGAACAUAGGAGAAAGAAGAAAAGAUGGGGUUACAUAGGACUCUGAAAUUUCUGAACAAUCAGCUGGGAAGAUGAUAGCAUUAUUUGUUGUGUAAAGAACAUGAGAAGAGGCUCGGGAUUGGAAGGACACAUGAGGAGCUCUGGUUUUGACACAGUGAGUGUGGUAUAUGGGCUCUCACUUACGUGGGUCUAGAGCUAAGAAGAGAAGUCAUGGGUUGGACGCAAAAGUGUGGGUUUUGGCAGCAUUUAGGUAGUAAAAAUUUGGCAAAUGGUUAAGAGUAUAUUACAGGAAAAGAAAAUAAUUUAGGUCAGAGUCCAGAGGAAAGCAUACAUUUAACACAGAAGAAUAAAACCUGAGAAAUAACUGGUAAACGAGAUUAGGAAGCAGUCAGAGAGGAAGAAAGCCAGGAGGAUACGGUGUGGCAUGGAAGCCAAUGGAGAGAUUGUUUCAAGAAGAAGAAGAUAGUUAACAGUAGGGAAUUAUCAACAUAGAGAUUAAGAAAUGUGGAUUUACCAAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-900.6 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -967.33
Frequency: 0.0000
Diversity: 875.44
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(.(((((((((..((((....((..(((....(((((((((....((((((((((.....(((...........))).)))))))))).)))))))))((((.((((((((.(((((((((...))))))))).....))))...(((.((((((.((.(((((((..((((....)))).)))..).)))))))))))))).........(((......)))........))))))))((((....))))(((.(((((((((((..((((.((((((((..(((((.((.(((((((.((.((((.....)))).)).))))))))).))))).(((((((.((.......)).))))))).((((((......))))))(((((((((((..((..((((((((.(((...((((((...((((((.((((.....((((((((((((((((((....))))))))...........(((((((......)))))))....((((((((...))))))))(((((((((((.((.(((.((((((((((((((((...((((........))))(((((.((((.(((((((..((...(((((.......))))).)))))))))...(((((((...))))))))))))))))((((.(((((((((((.((((...)))).)).......(((((.(((..((((((.(((.........)))..)))))).))))))))(((((.(((((((((((..((((((((((.....(((.((....))..)))....)))))))((((....((((....(((.((((((........((((((.((((.........)))).)).)))).(((((((((.((.(((((......((((.(((...))).)))).(((......((((((.(((((((((.(((............))).))))..)))))...)))))).....))).((((((((.(((..(....)..)))))).......((((((..((((((((((((....((.(((((...((((((((((((.(((.((.((.((((((((....((((((.((((...........))))))))))......))))))))))))))).)))).))).)))))(((((.((.(.(((.....((((((......))))))))).).)).)))))...((((((.((...(((((((((....))).))))))..((((((.(((.......))).))))))..........))))))))(((((...)))))))))).))))))))))))))))))))....((((((((((((((((...(((((..((........))..)))))...)))))))))).........(((.....)))....((((...(((((.((((..(((...((((((((((....((((..((((........)))))))).(((.(((((.(((((((((((.(((((((.((..((((((.((..(........)..)).))))).......................((((.((.(((((((((((((((....((....))....))).)))))))........))))).))))))..((((((((((((((.((((((..............(((((.((((...(((((((..(.....)..))))..)))..))))..)))))....((((.......))))))))(((((((((((...((((((.((((((((((..((((.......(((((..(...........(((((((..((....))..)))))))...........)..)))))......))))..))))................)).)))).))))))......((((((........))))))(((((((((((.(((.....))).))))).))))))...(((((.((((((((...((((......(((.(((((.......)))))(((((..(((((((((.(.((((........))))...).)))))..))))....(((((((..........))))))))))))...(((((......))))).((((((((((((..(((((((((.......(((((.(((((((.((((........(((..(((.(((((.........))))).)).)..)))................)))).)))).))).)))))........)))))).)))...((((........))))....))))))))))))............))).......))))....))))))))..))))).....))))))))))).)).)))))))........((((((..........))))))........((((((...))))))...(((((((...........)))))))............))))))).(((((((........)))))))(((((..(((....)))..)))))..............(((((((....))))))).............(((((......)))))...(((......))))..)))))))))....)))))...........))))))))))).))).......((((.....))))((......)).....)))))...)))))...))).....)))).)))))))))..(((((......)))))..........))))))))))).)))))..)).))))).)))).....)))))).))).))))...)))))))..))))))))))).))))).((((.(....).)))).).)))))))))))).......))))).....))))))).((((((((((.(((((((((.(((......)))..))))))).)).))).)))))))....))))))).))..)))))).......)))))......)))))))))))))).))))......))...))))))....)))..))))))))..))...)))))....)))))).(((...)))............................(((............))).....)))))))).))))..)))).)))))))))).)))..))....)))).))).)))))).)..(((..(((((.((((.....))))..(((((((..(....)..)))))))..((((............))))))))).)))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(,{((((({{(..{({(,,{{((,,(((....((((((((,,,,.((((((((({.....(((,,,.....,..))),)))))))))),)))))))))((((,(((({(((.(((((((((...)))))))))..,,.|}}}...(((.((((((.((,(({,(((..((((....)))).)))..),))))}))))))))),,,{.....(((......)))..,.,,.,)))}))}|{(({....,}||{{,.(((((((((((..((((.((((((((..(((((.({.(((((({.((,(({{.....}}}}.)).}))))))}}.))))).(((((((,({.......)}.})))))),((((((......))))))|((((((((((..((..((((((((.(((...((((((.,,((((((.((((.....((((((((((((((((((....)))))))}...........(((((((......))))))).,,.{(((((((...)))))))},,,.,((((((.{{.((((((({((((((((((((,(.((((........))))||{,{.{{,{,({((({{..||...{{({{.......}}}}|,||}}|||||...((((((,...})))))).,}}}}}|{(({.(((((((((,((.((((...)))).)).......(((((.(((..((((((.(((.........)))..)))))).))))))))(((((.(((((((((((..((((((((((.....(((.{{....}}..)))....)))))))((({....((((.,..,{(.((((((........{{(({(,((((.{{...,,.}))),)).)))},{((((((((.((.(((((...,,,((((.(((...})).)))}.(((......((((((.(((((((((.(((............})).))))..)))))...)))))).....))).,{,{{(((.(((..{....)..))))))......{(((((,.{((((((((((((..,,((.(((((,,,((((((((((((.(((,({,{,.((((((((....((((((.((((...........))))))))))......))))))))))))))).)))).)))}}}))),{(({.,,.|,|||,....((((((......))))))}}}.}.|},}}}}}...((((((.({.,{((({{{{{{.,,,,,,.,))}}|..((((((.(((.......))).))))))...,}}}}..))))))))(((({...}))))))})),)}))))))))))))))))))}}..,..,{(((((((((({..,(((((..((........})..)))))...})))))))))}...,....(((.....)))....((((,..{((((.((((..(((...((((((((((...,((((..{(((........})))))},.(((.(((((.(((((((((,(,(((((((.((.,{(((((.((..(......,.)..)).))))}..||||,..........,{,....,}}}{{{{{{{{(((((({(((,{,.,{...,||,,,.|||.|}}}},,.|||||,{{{{.|{{|,|||...|||,||||,||||.{{,,,{,,,,{{{{,...,{(((((,((((,,.({{(({{..(,,.,,|.,}})}..||}...}}|{,|||||,...((((.......))))|||{{{,{(((((((({((,.,,...|},.,,))))))))|}|||............,,,.{{{(,.(((((({..,(,,{{||{{|||||||{{,,,{,,,,|}|,|||,|{,.....||||||{||........,,,,{,..,(({{..,.,((({{.....((((((.{,...,.)))))),{{|||||{{{}|||....}))),))},}})}))))}}})}))}}}})|,,{|...|,||}},,,,|{{,{{(((.......)))))||{({..(((((((((.(.((((........)))).,.,.)))))..))))....(((((((.....,....})))))}||||}{{{(((....)},,))).,,|{((((((((((.|{((({((((.......{{{{({({{{((,...{{.....,..))))}}((.(((((.........))))).)).|{{{||{.{..{{{......}}),.).))))))),.}))}}....,...))))))}}}}...||||,,,,.,,,))))....}}}))))))))|{,,.,.||..||||,.......))},...,},...})))},,,}}.......,}}}....}.),.))))}},........{(((((.,......,.)))))),,,.....{(((((...)))))}.,.{{{{{{(,........,,})))))}.,.,}}}}),,,}))}))),||(((((....,,,,|||}|||(({{{..{|,,,,,,)),,))))),.............(((((((....))))))).............{{{{{,..,,,|||}}..,|||,.....},),.,))))))))}....)))))},........,))))))))))).))),{{,....{{{.....}})||{......}},,,,.)))))...)))))...))).,...)))).)))))))))..{((((,,,,..}})))......,,,,,,.,,)))}},.)))))..)).)))))},))}.....)))))).})),))))...)))))))..))))))))))).))))).{{((,(....,.}))).}.)))))))))}}))}}}}},))))),....})))))|{((((((((((.({(((((((.(((......))},.))))))).)).))).))))))}.),})))}})).}}..)))))}{{{....)))))}}...,)))))))))))))).))))......))}..))))))....))}..))))))))..})...)))))....)))))),{{{,..})}..........,,......,.........{{|,,........},))}.....)))))))).))))..))))}))))))),,},}))},)}....)))}.))).))))})}},.{{{..,{{{{,{(((........}..(((((((..(....)..)))))))..,,||,,,.....,..,}}}||,,,,.))}...
Back