Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-BMP6-106:97
Sequence Length
2777 nt
GC Content
0.4692
CUCUACCCACUGAAAUGGAGUAGGUCGGUGAGCGCCGAUCUGCUGGAGAAUCUCAUUAUCCCAUCGGCGCUCUGCCUGCUCCUGGCCUCCAAGCCUCUGAAGCCCCUCGGGUUUCAGCUGCCGGCUACCCUCGAGCCCGUGGUGCCCACGAGAGAGGCGACUUUACGUCAGCGGCCCUGGGCUGAGAUUUGAGAACGCGACCAAGUGGAGAAUGUUGGAGCCAGAUUUUAAAAUCCUUGUCUUCCUUCUGCGUGCUACUUGAUCUAAAUGAGAUACGGCAAAGUCACAGAACCUGUUUUUAUGUUUUUGCCUGAUUCAUACGGGCUUCUCCGGUGAAGAUGGGCCUGAAGUAACGCUUGGGUUGCUUCUGACGUUAUAACUCAUCCUGUAGCUGCAGCAACCGUGGUCCUUGCAACCUCAUAAAAAUGUUGCCAGCAUUGUUUCGAUAGUGCUGCUUAAUUCUUGGAAGGUUCUUCGGACUUCACACAUUCCAGCAGUAGCUCUCUCAGCUCCUGUCCUGCACAGCUUUGAAGUGCUGGUGAUGUCAUUGAACUCUUAAGUGCAAGAUGAAACAAGUCUUUCUGGGGUUCUAAGUAGGACACAGCCCUGGUGAUGGCUUUCUGAGGAUGACACGAUGGAGGCUUCUCCAAUAGCUCUAAAACUGCGGUGUGGAAAACAUUCGGCAGCCUCAAAGAGCGGUCUUGUUGACCCCAACUAUAUCAUUUUUCAUCAAAAUCAUUCUUGUAAAGAAUGACCAGGCAACACUCUUUGAAAAUUGGAGGCCAUUUGCAGCUGCUCUCUGUUGAGGAAAGUGAAUAAUAGGGUGCCCUCAAGGAAUUGCAAAGGGACACGCUGCGGAUGGCUUGAGAUUAGUAUCUGCGCAGGUGCCAUUCUCACAGUGUGUGCUGUGAGAAUGUCGCAGACGUGUGCUGCUACUCUGGCACUCACACUUGUCCAGGCUGUUUCUUAGGUGGUCAUCUUGCCUGUGGUAUCAGAAAAAGGGAUUUCUACUUAGUAUUAAGAAGUUGAAACCAAAGUAGAAAAUAUUCAUCCUUUGCUUUCCCCAAACAAUUCUUCUGCCUAGAAAUGUCAACAACUUAACCACAUGCAAAUACCCAUUUGUGGACAAAUGUGUACAAAAGACAUUUGGGGUUCCCCUCUUUGAGACUAGAUUAAAGCUGACCAUAUAGAUAGGGAAGAAAACUGUUUUUCUCUGUAGCAUCAUAUUGCUGCUUUGUAUAUUUUCUGAUAGAGUAGCAUCAGGUCCUCUGGCUGCUUUAUUGAAAUCAUCUUUGACGUUUCUAACAAGGAAAUUUCCUGUGCAAAACUCUAGUUAGAGAUUUCAGUGACUUGUAUCACCAAGAGGAGGACCAUCAGCAUGCAGUGGAGGUCUAGGCUUCAGACAUGUGAGGCACACUGAGGAGCAGCUUUAUUUGCAAGAGGUAUUAGGAAUCUUCCUAACAAAGUUGACCUUCAGGAUGGGAGAAAUCAAAGCACAGACCAUAGAUCCAAAAAAAAUGGCUUCUGGUCAGAAAAGGUGAUCUGAGAUUAGGGGAAGAUGUGUCAUCAAUAUCAUCCCCUGGUCCAGCCCUGUGAAAUCACACCUGAGUGGUAGAGAAAUAUCUAUGAAAAAAUAGUAAAACAGAAACAAAUGUUUCUGUCUGGCAGACAGGCAGCUGCAUGGCUUUCAGGGCCAGGUAGAGGGGACAUCACAUGUACAUGGUGGCAGCGGGAUGUCCCCAGGUAGCAGAAAGUCGCAGGUGGCUCAUCAGAGACCCUAAAGAACUAGCCCCCUACUUGUAGGUGUCAGUGGCUGUGGUAGGAGUGGCCAUAGAUAGUUUCUGGUUACACAAGAUUGGUGUGGGAACAGCAUGACCACGAGAAAAAUCUGGGUUGACGGCCCCAGGGAGCUGGAGCAGAAUAUUAACAAUAGUAGCUAGCAUUUGAGUGCUGCCCAUGUGCUUGAAAAUGUUCUAGGUGAUUUACCUUUAUUAGCUCCUAUAAUUCUCAAAACGACCUCGAGUUAGGUCUUUCUAUUAUUCCUAUUUUAUAGACAAAGCAGUGGAGCCACAGAGAGGUUAAGUAACUUGCCCAAUGUCACACAGCAAAAAGUGGCAGAGCCACAAUUUUAAUUUGGGUUGAAGAGGAAAAUAGAUAAUGCAUAUUCCUAGGAUCUGAGAGAUGUUUGAGGUGAGGGGGAAUGAGAGGCUCUCCUUUGAAAGAAGCAGCAGGGGGUACUGAAACAGAGUAGAAGAGUGUGAAAGCUGGUGGGGUUGUUGUUGUUGUUGUUUUUAGUCCUAAGUUAGUGGCAUGAAAGCACUGCCCUGGAAGCGAUGGAGCAGCAAGUGCUCUACCCACAUGGAAGUCUUUGGGACCUGCACUUCAAUGAGCGCAGAGAGGAAAAGGAGAGAAGAACCAACACAACUGAAGCACCUACGAGCGUCAGGCACUGGCCCAGCUGCCAUGGACCCCCGAGUUGAAGGUCGUAUAACCUCAGCCUGCCCAAAUGAACCAAGCACACAACCACAGGGGGAACCCAAGAGUUCCAGUGGGAGAGCUGGAAGAGGAGGGACCAAUGUGAGAAGUGGACACCAUAUGGCAGGAUCCAGGAUCCAAUCAGACUGAGCCCUGGGGUCACCCCAUGGAAGGAUCCAGUUGGAUCAUGCCUCCUGGCAUCACCUACUGCAAGAUCCAAUCAGAUCACACCUCCUUACCCUAUGCUUAUAAAACCCCACCCAGCCCCCAGCCCGAAGAUACAGAUUUGAGUAUUUCCUCCU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-904.4 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -955.76
Frequency: 0.0000
Diversity: 722.45
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((.(((((.(((((((((((((((....((((((((((.....(((...........))).)))))))))).))))))))).(((......)))(((((((((((((((.((((.((((((..(((((...(.((((((((...))))((((((((((.(((....(((((........))))).....)))..)))((.(((((((...((((.((((..((((............))))..)))).)))).))))))).))...(((((.((.(((...((((.....(((((((((((......(((((.......))))).......)))))))))))...((((((((......))))))))))))))).)).)))))......(((((.......(((((((....(((((..(((.(((...((.((((((((....))))))))))...))).)))..)))))....))))..)))........)))))..))))))).(((..((((((((.((((........))))(((....))).(((((((..((...(((((.......))))).)))))))))...)))))))).)))((((((.((..((((.(((((((((.....(((((....)))))...(((((....((((.(.(((.....))).).))))......)))))((((.....)))).........................))))))))).)))).)).)))))).................(((((((((..(((((((((((((((((.(((...((((...(((((((..(((.(((((((.((....(((((.((.(((((((.((.......)))))))))))..(((.((((((((((((....)))))))))))).)))....(((((.(((((...)))))..))))).)))))..)).)))))))))).(((((((((..(((....(((((((.(((((((((((((((.((.((((....)))).))..)))))))).......)))))))(((((..........(((((((((((.(((..((((((.......(((((..............))))).(((((((.(.....).)))))))(((((((((((((..(((......((((((((.((......(((((((((((.....)))))))))))..........(((((((((((..........)))))))))))((((.((((((((.(((.(((((((((((.(((..((.((((...(((.(((....))))))...)))))).....))))))))))))))...)))...)).))))))(((((.(((........))).)))))..((((((......))))))...))))))..)))))))))))..)))))).....)))))))..........)))))).)))))).))))))))...))))).....((((.............)))).))))))))))..)))))))))((.((((((((((.(((((.......))))).)))))))))))))))))))....)))).))).))...)))))).....((((......))))....((((((((....))))))))(((.....)))))))))))))))))))))))))).))))).(((((((((...(((........)))....))))))))).)))))).)))).))).))).))))..)))))((((((((((...(((....)))))).)))).)))....(((((((((((((((...(((((...((((((((((........((.(((....))).)))))))).)))).....(((((........)))))(((((((....((((((((..((..((((((.(((((....))))))).....))))))..))))))))(((((...)))))....)))))))...............(((((......)))))..))))))))))))))......((((..(((((..((((.......)))).....)).)))....)))).)))))).....(((((...))))).))))))...))))).)).((((((............((((((...(((((((....((.((((.(((..((((.......(.(((((((((((..........)))))).((((.......))))..))))).)....((((((((((((.(((((((((((((((((((............((((((....)).)))))))))))))))..))))))))..(((((.(((((.(((((.((((.(((..((((.(((....))).)))).........((.........)).......((((.((........)).)))).((.((((......))))))..(((((..(((((.(((......)))))))).(((.............)))..........)))))..))))))).))))))))))))))).((..(((((((......(((.((.((..((..(((...((((.((((((((((((..(((...))).((.(((((...))))).))..))))))...)))))).))))...)))..))..)).))))).((((......))))...)))))))..))...........))))))).))))))))).))))))).)).)))))))))))))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
......,,(((,,{,,((((((((,{,..((((((((({.....(((,,......,..))),)))))))))),))))))))).(((,,....|||..((((((((...))))))))((({,,(((({{.(((.{(((((.((,(({|(((..(({{....)))).)))..),))))})))))))))...{{{{,,,,,{{.(((((((...{(((.((((..((((............))))..)))).)))}.))))))).||...{{{{{,|,.(((((({.((.(({{.....}}}}.)).,))))))||.|||||.,||||||,||,|}}},,|},|}}}}.((((((((......)))))))).|.,||}....}})},...)))))}))))}....{{(((((..,.(((((..(((.(((...({{((((((((....))))))))))...))).)))..))))),...))))|.||,,{{{,{{{(((,,{{((.,,.,||||.,||{.,|||,,|||}..,,},}))))},}}}}|{{{{{,{({,,..})}.,|||||,......{{{{{{(((((({{{{....})))}...({(((((({((.{((((.(((((,,{,.....(((((....))))}...{{||{....((((.(.(((.....))).).))))}}}}}.))))){{||..,,,|}}}.,,,,............,,,,....}|||||||..,)))}))}))))))}.((((((((.....,,,..(((((((((((((({{(((({{,,,||||..,.|..........{{{{|||||{....,,),..)))).))})))))))))))))).{|||....}}}}(((((.((((((((((((((((....))))))))))))..)),.,).)))))..((((((((....(((.,,,..(((..(((((((((((((.((((.((((,,(({......})}...,{{{{{(((((((((.((.((((....)))).))..))))))))}....,,,||}|||.(((((((((((((.(((((...(((((.(((((({.........(((((.,.........,..))))).(((((((.{.....}.))))))),,,,,..(((((((((..((((((((((((((.....,,,,{{.((((((...(((...(((((((((.((.((....,((((((((((.....,{({(((,{{{{{{{,}|||,{{{{||||,|||,||||((((({{,((({{((,((((...((,{(((....))))))...}))),,..}}})))))))))))))}...}}}...)),,)}))}(((((.(((.,......))).)))))..((((((......)))))).,.((((((..(((((((.,,{{,...,.}},{(((((....)))))).)))))))..)))))){{{{{{{|..,|}....,.,.(((({.,({.(((.......)))..)}))))).....|{{||,,(((.((((((((((.(((((.......))))).))))))))))))),,|{(({...,||||{{.{{{(((((((((..,,,((((,.....}}}}....((((((((....)))))|||(((.,...)))})}}((((.((((({...}))))).)))).(((((((((...(((.,......)))....))))))))).,{{{(({({{{{({...(({,((((,{{{,||.|||,.....{{{.(({,((((,,..}}|},},.,},)))).}))),,)})},))),,,)))..))))),,)))).}.....,|,|||||..,,,...,.,))}}{({{,...,|{(((,,....,,))}}|((((((({,,,((((((((..{{,,{{{{((.(((((....)))))))...,,)}})))..})))))))(((({...)))))....))))))),....})))).....(((((......)))))}))}}}}}})))||||,..)))})))))))))))),)).)))))))))...)))..))).)))..))),...)))).....(((((...)))))...)))))))))).)))))))))...........}).))))).)))))....))))).)))))).)).))))),)},,)))))))},.)))....)))))))))).,)))},..)))..))))))))))))))))....((((((((((((,(((((,(((((((((((((..,.....,{{.((({{{....)),)))))))))))))))},))))))},..(((((.(((((.(((((.(({{{(((.,((((.(((....))).))))...,,....,|.........}}.......((((.((........)).)))).{,.(({{.,,...)))},}..(((((,.((((,{(((......)))))))),{((.............)))..........)))))..))))))).))))))))))))))).((..(((((((......((({{,.,({(({..{{{...((((.((((((((((((..{{,...}}}.{(.(((((...))))).))..))))))...)))))).))))...))),,)}.,,,.}))),.{{{{......)))).,.)))))))..))...........}))))))}}}))).)))))...)))))),,.,}}}),})},,,.......
Back