Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-BMP6-106:98
Sequence Length
1694 nt
GC Content
0.4545
CUACCCACUGAAAUGGAGUAGGUCGGUGAGCGCCGAUCUGCUGGAGAAUCUCAUUAUCCCAUCGGCGCUCUGCCUGCUCCUGGCCUCCAAGCCUCUGAAGCCCCUCGGGUUUCAGCUGCCGGCUACCCUCGAGCCCGUGGUGCCCACGAGAGAGGCGACUUUACGUCAGCGGCCCUGGGCUGAGAUUUGAGAACGCGACCAAGUGGAGAAUGUUGGAGCCAGAUUUUAAAAUCCUUGUCUUCCUUCUGCGUGCUACUUGAUCUAAAUGAGAUACGGCAAAGUCACAGAACCUGUUUUUAUGUUUUUGCCUGAUUCAUACGGGCUUCUCCGGUGAAGAUGGGCCUGAAGUAACGCUUGGGUUGCUUCUGACGUUAUAACUCAUCCUGUAGCUGCAGCAACCGUGGUCCUUGCAACCUCAUAAAAAUGUUGCCAGCAUUGUUUCGAUAGUGCUGCUUAAUUCUUGGAAGGUUCUUCGGACUUCACACAUUCCAGCAGUAGCUCUCUCAGCUCCUGUCCUGCACAGCUUUGAAGUGCUGGACACAGCCCUGGUGAUGGCUUUCUGAGGAUGACACGAUGGAGGCUUCUCCAAUAGCUCUAAAACUGCGGUGUGGAAAACAUUCGGCAGCCUCAAAGAGCGGUCUUGUUGACCCCAACUAUAUCAUUUUUCAUCAAAAUCAUUCUUGUAAAGAAUGACCAGGCAACACUCUUUGAAAAUUGGAGGCCAUUUGCAGCUGCUCUCUGUUGAGGAAAGUGAAUAAUAGGGUGCCCUCAAGGAAUUGCAAAGGUAUCACUCAACAGAAACUUUCGUGUCUGAAGAAAACUAGAUCAUUUUAUCAUGGGACACGCUGCGGAUGGCUUGAGAUUAGUAUCUGCGCAGGUGCCAUUCUCACAGUGUGUGCUGUGAGAAUGUCGCAGACGUGUGCUGCUACUCUGGCACUCACACUUGUCCAGGCUGUUUCUUAGGUGGUCAUCUUGCCUGUGGUAUCAGAAAAAGGGAUUUCUACUUAGUAUUAAGAAGUUGAAACCAAAGUAGAAAAUAUUCAUCCUUUGCUUUCCCCAAACAAUUCUUCUGCCUAGAAAUGUCAACAACUUAACCACAUGCAAAUACCCAUUUGUGGACAAAUGUGUACAAAAGACAUUUGGGGUUCCCCUCUUUGAGACUAGAUUAAAGCUGACCAUAUAGAUAGGGAAGAAAACUGUUUUUCUCUGUAGCAUCAUAUUGCUGCUUUGUAUAUUUUCUGAUAGAGUAGCAUCAGGUCCUCUGGCUGCUUUAUUGAAAUCAUCUUUGACGUUUCUAACAAGGAAAUUUCCUGUGCAAAACUCUAGUUAGAGAUUUCAGUGACUUGUAUCACCAAGAGGAGGACCAUCAGCAUGCAGUGGAGGUCUAGGCUUCAGACAUGUGAGGCACACUGAGGAGCAGCUUUAUUUGCAAGAGGUAUUAGGAAUCUUCCUAACAAAGUUGACCUUCAGGAUGGGAGAAAUCAAAGCACAGACCAUAGAUCCAAAAAAAAUGGCUUCUGGUCAGAAAAGGUGAUCUGAGAUUAGGGGAAGAUGUGUCAUCAAUAUCAUCCCCUGGUCCAGCCCUGUGAAAUCACACCUGAGUGGUAGAGAAAUAUCUAUGAAAAAAUAGUAAAACAGAAACAAAUGUUUCUGUCUGGCAGACAGGCAGCUGCAUGGCUUUCAGGGCCAGGUAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-563.1 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -592
Frequency: 0.0000
Diversity: 396.15
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.........(((((((((....((((((((((.....(((...........))).)))))))))).)))))))))((((((..(((((..((((((((...))))))))(((((.((((((.(((.((((((.((.(((((((..((((....)))).)))..).))))))))))))))............((.(((((((...((((.((((..((((............))))..)))).)))).))))))).))...(((((.((.(((...((((.....(((((((((((......(((((.......))))).......)))))))))))...((((((((......))))))))))))))).)).)))))...)))))))))))....(.(((((....(((((..(((.(((...((.((((((((....))))))))))...))).)))..)))))....))))).).(((......((((..(((.((((((((..(((((.((((.........)))).))))).)))((((((.((..((((.(((((((((.....(((((....)))))...(((((....((((.(.(((.....))).).))))......)))))((((.....)))).........................))))))))).)))).)).)))))).....((((.........))))((((((((((((..(((......)))((((((.......((((((((..(((....)))....)))))).))........))))))((((((.(.((....((((....)))))).).)))))))))))))))))).)))))..)))..))))....))).((((((((((((....))))))))))))..((((..((.(((((((((((((.(((((...(((((..(((((((((((((((((((((..((((.((((((....(((((((((((((((((((.((.((((....)))).))..)))))))).......)))))))..)))).....(((.((((.......)))).)))..........)))))).))))....(((....))).(((((((.(.....).)))))))(((...))).((((((.......)))))).)))))))....(((((((((((.....)))))))))))..........(((((((((((..........))))))))))).....((((((((.(((.(((((((((((.(((..((.((((...(((.(((....))))))...)))))).....))))))))))))))...)))...)).))))))(((((.(((........))).)))))..((((((......))))))...)))))))))))))).....)))))((((.((((((....)))))).....((((.((((......))))...))))......(((((..((.(((.......)))..))))))).....(((.(..(((.((((((((((.(((((.......))))).)))))))))))))))))(((....)))))))))))).)))))......((((......))))....((((((((....)))))))).)))))).)).))..))))..)))))...)))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((.........((((((((,,,..((((((((({.....(((,,......,..))),)))))))))),)))))))))((((((..(((((..((((((((...))))))))(((({{((((((.(((.{(((((.((.((||{((..(({{....)))).)))..),)))),)))))))))..,{{{{{,,{,{{.(((((((...((((.((((..((((............))))..)))).)))).))))))).}}...{((((.{,.(((((({.((.(({,...,,}}}}.}).,))))))||.}}}}}.,||||||,,|.}}}},,}},}))}}.((((((((......)))))))),|,,}},....)))),,..))))))))))}....({(((((....(((((..(((.(((...(,{((((((((....))))))))))...))).)))..)))))....))))}.},}.......,({{{{.{|{.,{{{{{(((((((((((.,((((((((..,,((((,,..})))(((((({((.{((((.((((({{{,.....(((((....))))}...{{{{{....((((.(.(((.....))).).))))}}}}}.))))){|||..,,,|}}}.,,,,.............,,,....}|||||||..,)))}))}))))))..,,.(((({.,..,{{{,,|(((((((((((((..,,{{{,,,,|||((((((.......,{((((((.,(((....)))....)))))).))},,,,,..})}}}}((((((.(.((....{{{{....)))})).).)))))))))))))))))))).,}}},{{{{.|,(((((.((({((((((((((((....))))))))))))..)),.,}.)))))||||||}{{(||({,,...,,{||}}||(((((((((((((((((((.(((...(.((((.{{(((..,(((({(((((((((.((.((((....)))).))..))))))))}......,,,,}}}...,,|{{{,.(((.((((.......)))).)))...........|||||.|,,......,,..}}))).{{{{(((.{.....,.)))))))|||...)))}.}}})}.}}}).,...))).)))))))....(((((((((((.....)))))))))))..........(((((((((((..........))))))))))).....((((((((.(((.((((((((({{.((({{(({((((...((,{(((....))))))...)))),,..}}}))))))))))))))...)))...)),})))))(((((.(((........))).))))).,((((((......)))))).,.))))))))))))},...,,,})))}}}}.{(((((....)))))})))))))).....)))))))))))........,,...(((({.,((.(((.......)))..)}))))).....{((.{..(((.((((((((((.(((((.......))))).)))))))))))))}))|(((....))),,|}}}}|}|||||.......{(((......))))....((((((((....))))))))||},}},.))))},}))))..)))))...)))))))))))
Back