Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-CNBD1-4:19
Sequence Length
2280 nt
GC Content
0.3697
CCAGUAAAUAUGAUACAGCUAUUCCAGUGUCCAAAACUAUCCCAAAUCUGAAACACUUCUGGUCCCACCCAAGCAUUUCAGAUAAGGAAUACUCAACUCAUAAUUGGUGAUUACCUGCACAGUUAGUAGAUGGACUGAGUACUAUCCAACUAGACAUGCUGAUGCCACAUGGUAGUAAUGAAAAAAAAAAUUGAGAUUAUUCUUCAUUUUGGCAUUACUUAAUGUAUUAAAUCAGACCAAGGAACUCACUUAACAACAGAAGUAAAUCACAUGUUCACAAAAACUCUAGGAUAGUCAUUAAAAUUCUAUACUCUUUACCAUCCUCAGUCCUCAGAGAGGUGGAAUGUGAUAAUUUAGACAGCAAAAGAACUAUAAAAUAUGUCAGUACAAUAGACCUAAGUGGCCAGAAGCAUCACCCCUGACCCCAAUAAAAUCUGGAAAACCCCAAACAAGAGAGAUGGAUUAACUGCUUUUUGAAUAAUUUUUGAUAGCUUUAUGCCUAUUAGCAUCUCCAAACUUUUUGUUCCUGAAGUGAGUGAGCAUUAUGGGGACCUGAGUGAAAGGUUCAGUAUUAUGACUAGAUAUCUAAAAGAACUAUCUCUUGUACUUGGAGCUUACCAUUAACAGGCAAAAAAGUCAUGGCCAUUGUCUACCAACAAGCUUUCUAUCCCUUUUGACCAAGCUAUCAAGUAUACAUCAAAAUUUUGACAAGAAAGCAUACACUGUCAUCUUUCUGGGAAGUACCUUGUGAAGCAUUGCUGAACACCUACAUGGCCAUCAAAAUAAAAAGAAAUAUUUCCUGGAUUCAUGCAAGUCAUGCCAAGCUAGACCCAGAUCAUAAUUUCCAGAAAAAUUGAAAAGCUAUUCUUACAGCUGACUUCAAACCAAGGAUUUUCAGGGCCAAUUCACAGGGUCCCAAAGCAGAUGACAACAUAAAGUGGACUAUUUUUUCCAAUAUCUUGGAUCAAGAACUACCUUUCCACCUAUUUUCCCUUGAUAUCUUUCUCUUCUCUGACCAAAGGAAAAAAAAGUAAAUAAAAACCUUAAAAACCUCUUUGAGCUUUAAACAGAAACCUUCCCCUUUAUUUAUUGAUGGACUGUCUAGAGAUUGCUACUUUUUUCUUCUUCUGUUUCUUCACAAUGAGAUAUUUUCUAAACUGUGUCUUGCUUCAACUAACCCUUAUGGCUUUUUUUGACAAUUCUAGCAUAAAUCCAGCACCUACUCGCGCCAGUCUUCUAAACACUGGCAACUUUCAUCAAUCCGAAUUUUGGUUAUGUCAACAUAUCGGUAUACAGAAGAAGCUAACUAGUUUUUGUUUCUGCCAAUGCAAACACCUGGUGGACACAGACUGGACUAUGGAUGUACAAAAGGGUAUGGUAUCUACAAACAGGAAGACAAAAAUCAUGCCACCUCUCUUUCUGGUAAACUGAUUUGGCGCUUGGAAAAUUCCAUGGAAGCUCAAGUUCUAUUCUUUGUUCAGGUGAUGUUAUUGAAUGGACAAAUUUCCCUUUUCAUUGGAAACAGAAAUGGUACUGGACCCUUUCUAGAUCUCUUGCCUCACAGCUUCUAACCCAAAUCUUAUUUCUACAGCAACCAACACAGCUUCUCGUUUGUAAAACUUCUCAAGAUGUUUCAAAAUGGAAGAAAUACCAAAACCCACAAAGAAUCCUUGAGUUGGUAUGGUUAUUUUUAGUUGAGGACAUUUGAGAUUCCACAGAUGCAGAAAAGAAUCUUCUCAGAGCUUCCUUCUUCUGAUUAAAAGCAGCCACUUCUGGGAAAUAAGGCUGGCAUAAAUCCUCUCUUGAGAGUGGCUUUACUCCCAGAAACAAGACCAAGGGUAAAUCUACCAUAAAUCCCCUCUCCAGGGGAGUUUGAUGGCCAUAAAGAAGAUGAAAAGAGUUCUCACACCUGCAUAAACAAAUGUUAUCACAAACUUUCUUAUCUCUUGUUUGUUCUCCCAAAAAACUAUUUGUCUUUCCUAAAGAAAUCCAUUUGUUUUCCUUAUAGAAGUCUUUUCUCCCGGCUUGCUUCUCCUAUUAAGUUAGAUAUAUAAACUUCUAAUUUAACUUUUAGGAAACUACUUCUUUUGUAAGCUCUUGUAUGCAAAUAAACUGUUUUAUUCUCUUGUUAAUGUGUAUUUUCACAGCAUAUCCUCCACCCAGAUCCUGAAUUUGAGAGGGUAGAGGAAAAGUUUUCCUCUCCAACACUUUCGUUCUCUGUCAAUGGCUUCACUGGAUUGCUAGUCUUCCUAUUAAAAGCGGCAAUUUAUUCUUCCAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-502.47 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -546.88
Frequency: 0.0000
Diversity: 554.23
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((.(((.(((((...((.(((((((((.......))).......((((((((..(((..(((...))).)))..))))))))..))))))))....))))).))).)).....((((....(((((((..(((((.((((..(((((.........(.(((.((((..((((((.(((((((...(((((.((((....)))).))))).(((((....)))))....(((((((..(((((((((.......((((((((...(((((((.(((((.....(((((((((..................................))))).))))..))))))))))))......((((...................))))(((((((((((.((((..(((..(((((((((....................(((......)))....((((((.(((.....)))))))))..........)))).)))))..)))..))))..)))....(((((((.(((((((((.(((.((..((((.(((((..((.(((((((((..(((.((((((((((((((((...)))..)))))(((((...(((......)))...)))))......)))))))).....((((((......(((((((.((..((((((....(((....))).....))))))....))..)))))))......((((((((((.(((((....(((((((((....(.(((((..(((...(((......(((((........))))).(((((...(((...(((..((...))..)))......)))....))))).....(((((.((((........))))...))))).))))))...))))).)....)))))))))))))).)).)))))))).......)))))).......(((((....)))))......))))))))).))).))..))))).)))).)).))).)))).........))))).)))))))..........((((((......))))))(((((.((((...((.((.............)).)).)))).))))))))).))))........)))))))).........(((((....((((...((((((.(((((...((((((((((.((((((((((((....................((........))((((((.........)))))).............((((((.((((.....)))).)).))))....)))))))))))).((((((..(((.(((((((...........))))))).)))))))))....((......)).)))))).)))).........((((((((..................)))))))).......(((((((....((((....))))((((((((((((.(((....((((((((..((((...))))..))))))))(((((.........))))).(((((.(((.....))).))))))))...))))......))))))))..)))))))..........)))))...)))))).(((((((((((......(((((.((((((((((..((((((....((((..(((.((.(((....)))..)).))).))))..)))))).)))).)))))))))))....))))))).)))).))))...)))))))).))))))..)))))))..((((((((..((((((((..((((((((.........((((....)))))))))))).)))))))).....(((...))).......((((...((((((....)))))).....))))..........((.(((((((.((((...........(((((((((.....((((((.............)))))).....((((......))))(((((...)))))....))))))))).......)))).)))))))))..))).))))).(((((((((((((((..........))))))))))....)))))(((.......((((((.((....)).))))))......))).........(((...((((......)))))))(((((((((..(((...)))....)).)))))))(((((((...)))))))........)))))))..)))))).)))).))))))))))))))))))..)))))))..))))..................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,((,(,,.(((((...{(.(((((((((.......))).......((((((((..(({..((,...,}),)))..))))))))..))))))}}....))))),)))|}|,....{(((....(((((((..(((((,{(((..(((((.........{.(((.((((.,({{{((,(((({{{...{((({.((((....)))).))))).{||||,,..,))))....(((((((..(((((((((.......((((((((..........((...({{...((((({{(((((({{{{,.......,.,..,,,....{{{{..|..,{{{|||(((|{{{{,{{{{,,..,,,{({(...................)))}.,,....{((({,,,({{((({{({{{{,{{,....,{...{{{........|||......|||....,(((((,{({.....,,{||,||}|,,.....,,}}}||)),}},.||}..}}})}}}|||,..{{{({{(,{(((({,{{.{||.|{|||{{{.||(((,{(,.{{{,{||||||(({.,,,{{{{{(({{{{{{...}}}..)))))|||||.,,|||.,,,,.})),..,))))......}})},)))}}}}}|||||,......(((((((.{{..((((((....(((....))).....))))))....))..)))))))......(((((((({{.(((({...,(((((((((....{.(((((.,(((...(((.....................|||.(((((...{((...(((..((...))..)))......))}....))))).....(((((.((((........))))...))))).)))))).,.))))).}....)))))))))))))).}}.)))))))).......|||||,..,{{,.(((({....}))))..}}}}},,}}}}}))))).,...,}}},.}}}}.}}.})).)})),,,}}.,..)))),.}}}}))},.....,,..((((({......)))))).}}}....,{......,,....,,,,...})))}})))))))))))).)))..)}.........)))))))}.........(((((....((((...((((((.(((((...((((((((((.((((((((((((.........,,.........((........))((((((.,.....,.)))))).............{{{{,..{{||.,,,,}}}}.},.))))....)))))))))))).((((((,.(((.(((((((.,{....,,..))))))).)))))))))....,{......},.)))))).)))).........((((((((..................))))))))||,....(((((((.,..((((....))))(((((((({{{(.((({,,,,{(({(((..,,{|..,},,},,)))))}}|{((({..,,,,...))))}.,|{{|.(((.,,,,|}}.}})))))}...}}))......)))))))).,)))))))..........)))))...)))))).{((((((((((......((((((((((((((((..,,{((({,,,((((..(((.((.(((....)))..)).))).))))..))))),.))))}}))))))))))....))))))).)))).))))...)))))))).))))))..)))))))..{(((((((..((((((((..((((((({.........(((....})),))))))))).)))))))).....{{{...|||.....,.(((({{{((((((....)))))).}}}.})))..........{{.(((((((.((((.......,...(((((((((.....((((((.............)))))).....{{{{......}}}){((({...,))))....))))))))).......)))).))))))),}..)))}})))).((((({(((((((((..........))))))))))....))))).,,....,..{(((((.((....)).))))))..,,..}}},,,......|||...((((......))))}}},{{{{{{{{..(((,..}}}.,..}}.)}}||}{(((((({...}))))))}.......))))))),,))))},.)))).))),))))))))))))))..)))))))..)}}),,................
Back