Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

lnc-CNBD1-4:3

Sequence Length

579 nt

GC Content

0.4836

ACACACGCACGCGCGCUUCUUAAAGGAGACGGCUCAUAAAGGAUUCCCCACUACGCCAGCAGAGGGGAAGAGGAGCCCACGGGAAAGAAAAGCAGGCGAGGUUAAGAAUAAAGAGUGUUCCAGGUAUGACAGCUACCUCGGUGAGGUGGAAGAGAGAAUUGACAAGGCAAAUUUCAUGGGAUAGCACAGAAGCAGAGACUUUAAGUCUAAACAGACCUAGAUUCAGAGCCGACCCGAUGCUGCUUGAAGAAGGCUGGAGGUAUGUUAAGGAGACAAGGGCUGUCAAGAAGCAGGGAUGUCUCUGGAAAGGUUCCCCUUGCUGCUGCCAUGUGAAGAAGGACAUGUUUGCUUCCCCUUCUGCCAUCAUUGUUAUUCAUGUUAGGCUCCUGAAAACACCACAAGGACCUACCCUCCGGGAGCCAGCCAGAGAACCCUUCUUCCUGCACUGUCUCCGUUAUGCCCAACAUUUCUGGGCAUAAGUUUUAAUAAACCUUACCUGGGAAAAGUUUGUUUGGCCUCGUGUUAAUUGCUAUUAUAUGGAGAGCCAAGAAUCUCGAACCAGUAAGAGUUGUGAAGUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-172.2 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -183.02

Frequency: 0.0000

Diversity: 80.92

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...........((((.((((((..((....(((((........((((((.((.(....).)).))))))...))))).............(((((((((((((..(((((((.....((((((((.......(((((((...)))))))....((((.(((......))).))))........((......))..(((((...)))))...(((.(((...((((.(((.(........).)))))))..))))))(((((.(((((((((((((...(.((.((.((((.((((...(((((((...(((((((...((....)).(((((.((((((..............))))))..)).)))............((((.((((............))))))))......)))))))..))))))).)))).)))).)))))))))))).(((((((((.......)))))))))...)))))).)))))))))))))....))))))))))))))).....)))))......(.((((........)))).).))..)))))).))))......

Thermodynamic Ensemble Prediction

.,,{,{({...,|||{(((({,..||,}..(((((........((((((.((.(....).)).))))))...))))).............(((((((((((((,.{{(((((.....((((((((,......(((((((...)))))))....((((.(((......))).))))........((......))..(((((...)))))...(((.(((...(((({(((.(.......,).)))))))..)))))){((((.(((((((((((({.{.{,,(.,{.((((.((((...(((((((...(((((((...((....)).{{({(.((((((..,...........))))))..}},}},.|.....,,.|.((((.((((............))))))))......)))))))..))))))).)))).)))).})),)))))))).(((((((((.......)))))))))...)))))).)))))))))))))....))))))))))))))).....))))).,....{.((((........)))).,.}}..)}}}}),))))......