Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-CNBD1-4:5
Sequence Length
576 nt
GC Content
0.4444
ACAUUUGCAAGCAUAGCUGCACAUGUUCUGGUUUAAUUGGGAAAUCUCUCCUUUGACUUUCAGGAUAGCACAGAAGCAGAGACUUUAAGUCUAAACAGACCUAGAUUCAGAGCCGACCCGAUGCUGCUUGAAGAAGGCUGGAGGUAUGUUAAGGAGACAAGGGCUGUCAAGAAGCAGGGAUGUCUCUGGAAAGGGUGAGCAGCUGACGUCCUUUGUUAUUCAUGUUAGGCUCCUGAAAACACCACAAGGACCUACCCUCCGGGAGCCAGCCAGAGAACCCUUCUUCCUGCACUGUCUCCGUUAUGCCCAACAUUUCUGGGCAUAAGUUUUAAUAAACCUUACCUGGGAAAAGUUUGUUUGGCCUCGUGUUAAUUGCUAUUAUAUGGAGAGCCAAGAAUCUCGAACCAGUAAGAGUUGUGAAGUCACCCUCAAUAUUUCCCAAGUCUUCAAAGGAAUUGAGACACUAUAAUCAUUACCCAGGACUCCACGCUUGUCAAAUUUGUUGAUGACCUCCUACUUUGCAACCAAACUGAAUAGAAUGCUUGUAUAGACUCCCUAAUCCUUCUGAAGGUACUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-157.7 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -168.67
Frequency: 0.0000
Diversity: 90.33
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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