Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-CNBD1-4:7
Sequence Length
1269 nt
GC Content
0.3459
GCUAAUUUUAUGUAUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCACCAUCUCUAUCUCCUGACCUCUUGAUCUGCCCGCCUCCGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACAGCGCCCGGCCCAAAAAUCCAUUCUUAAUGGCUUUCUCUUCUGAUGCAAAAUCCUGAUUGCCUUCAAAUAUUACUAUUAGAUAGAAAUCUCCCCACCUUUAGCUGAAAGAGAUAAGGAGGUUUUGCACUGAGGAAACAAACAAACAAACAAGCAAACAACAUUCAUCAAUUUUUAAAAAAAGUAUGUAUUGAACUAUAGUCAGGUUCAAUGAGGAAAUGCAUUACAUUGUCACUAAACUGGCCUUAGUUGGAGAAAGAACACUGGCAGAUUAAUUAAAGUUAUUAGCGCUUAUGGUAGGAAACUGCAUGAUAUAUGUGAAAGAUCUUUUAGGGACUGGAAACACAGUGUAAAUUCAAACUCCUCCCAAAACUUUAACAAGGCUGGAUGAAAUGAAAGGAAUACUGUGAUUUCUACAAUUGACAACAGUGUCAGGCAUGCAGGAAACAAACAAAACCUUUUGAUGAAGGAAAAGUAACUUCUGGACAAAGUAUAAUUGGUUACAGGUAAACAGAUAUGUCAUCCAGGCAGAUAUGACAGUUUAUAGGAAAAAUAUAAUGUUAUGAUCUAAAAAAUGCAAGCCACAAACCUAUUGCCUGGGCAAUAAUUAGCCUGAAGUUGGGCUACUAAGGAGCUGGCUAAGCAGCAGUGAUAACACCAGAUACUGGAAGAAACUUCUGUGAUCAGAAACCAAUACAACUAGUGAACAAUUCACAGUAUUUCUAAAUCCGGGCACCAAGGAAGUUGUUUGGUUAGUCAUGAUGGAAGCCAGGAACAAAUAGAUCUCAAAUGUGUGAUAAUAAUUAUCAAGCGGAAUGUCUAGAAUAUUAUAGUGAGUGCCAAGAUUUCCAUCUAAGACAUUACCAACAUAGCAACUGAGGCAUGAAUUACAGGUUUUACACAAAAAAAGCAUUAUAAGAAUAAUACAUAUAAUAUAUUAACAGUUCAAAAGUGAAACAAACAUUUAUGAAUGGGCUACUCAGAUUUAAAAUAAAAUAUUGCCUGUUCAUUGAAUGCUUUCUGGAUUUUACUUUCUAAUUGUAUACCUCUCUUUCUUUCUUAAGAUAACUACUAUCAUAUAUUUGUUUUGGACUGCAUGUUAAUAAAAUUAUAUAAUAUGUAUUUUAUUAACUUCAUAAUAAAAAUACUUUUUAAAAUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-273.5 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -300.71
Frequency: 0.0000
Diversity: 344.53
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...........((((((((((((((((..((......)).))))))).(((((.((..(((((((((((((((.....(((((......)))))....)))))((.(((.........))).)).....(((((...)))))((((((((..(((((((...((((((......))...........((((...(((((((((....((((.......))))....)))))))))...)))).....................................((((((...))))))...(((((((((.......)))))))))))))..)))))))....((((......)))).......))))))))......))))))))))...((((.......))))..)))))))..(((.(((((((((.((....((((.........((((((((((((((...((((...(((..((.............))..))).....))))....)))))))).))))))...((((((....)))))).....................(((((....)))))....((((((..................))))))))))...)).))))))))).)))..((((((((((..(((((.......))))))))))).)))).....(((((..(((.....(((((((((((........((((((......)))))).......((((......)))).((....)).((((...))))......(((((((.((.(..((((((.((((((.(((((...)))))............(((.........)))))))))))))))..).)).))))))))))))..).)))))....(((((((((((((.((.(((((....((((((((((((.....((..((.....))..)).....))).))))))).))............((((............(((((........)))))((((((.(.......).))))))......((((((..((((((((((((((((((((((((((((........................))))))))).)))))).)))...).)))))))))..))))))...))))..............))))).)).)))))))))))))...)))..)))))(((((((((((.((((...))))))))))))))).......)))))))))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
....,{{{{,.((((((((((((((((..((......)).))))))).(((({{({..((((((((((,({((,,{{{(((((......)))))....})))),|,|{{...,,....})).,......(((({...}))))((((((((.,(((((((...{(((,({{{{.,||,..,,...,|.{{{{...(((((((((....((((.......))})....)))))))))...})})|}...................................,{{{,....,,,})},}}|{|||{(({......,))}}})))|}}}}..}|}}}},,,,,,||,.....,}}}).,)))},))))))))......))))))))))...{{({......,||}|,,}||||}}..||||{{{,,,||{}||..,,.,{{,,,,}}},.{(((((((((((((...((((...(({,,({....,,,.....,)}.,))).},..))))....)))))))).)))))}...{(((((....)))))},||||{||....,,.,,....(((((....)))))....,,...{{{{{{,....{{...,{(({{{.|.{{{..{||{|,,}.|{.|{|||..((((((((((..{((((.......))))})))))),}))).....,(((,,{(((....{{((((((,,,,}}}}},..((((((......))))))....,,.{{||}}}..,))}}.(({....),|,,,...))))}.}}...,||||}.|}),}.}||||}},,.(((.((((,...,))))}}}.,,|||...{{|,|{|,,|,,|}},||}|)))))},.}}},,|}}}}}}}))))|,.,...,||....(((((((((((((.{{.(((((..,.((((((((((((.....,,..((.....)}..,}.....))),,)))))).))......|,...,((({..,,.......,(((((........)))}){{((({.,.,,,,,...}}},,,......((((((..((((((((((({{(((((((((((((((........,...............))))))))),,))))).}},.,,,.)))))))))..))))))...)))}...,,,,..,,,,.))))).}}.))))))))))))),}}))}.})))))(((((((((({{((({...)))}))))))))))).......)))))))))....,}}},,..
Back