Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-CRYBA4-52:52
Sequence Length
2015 nt
GC Content
0.4749
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Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-652 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -687.06
Frequency: 0.0000
Diversity: 458.77
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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