Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-CRYBA4-52:74
Sequence Length
1682 nt
GC Content
0.4721
CAGAGAAACAUUUCUCAUAUUUGAAGGCCGGAAAGAGGGACAUUUCUGACACCGGAAGUCAGUGAGAGGACUCUUUCCCACACAGGAAGUCAGCUAGAGAGCCGUCUCCCCUCUCUGGAGCCGAGAGAGGCCGGUUUCCCCCACCGUAGCCCACCUGGGAGGAAUUUUCCAGAGAUCACUGUCUGAUGACCCUGUCUUGGAAUUGGAGCCAUGCAAGUUACACUGACCACGUUUGGGUUGGGAUAUUGAGGAGGUUAUGGUUAAAAGCAUACGAUGGGAGAUCAUAUUGUACUUGCGAGUGAGACCCGGCUGGAGGAAUGUUUUAAUUCUUCGGAAAUACCAAGUGGUCUCUGUCUCACAUGAGUACUUCACAAUGGGGAAACUGAACUGGAACUCUACUGACAACGCAGUUGGGAGUUCAAACUUAAUAACCUUCCAGAGUUGGUAUCAAAUUCAGACGCUGACGCUCCUUGGAGAGGUUCUUUGCUGCAAGAGGAUGGAAAGGAUCACUGUGAUUUUGUUUUUCUCCUGCUGCUCUGUCUGGAAGCCAUGUGAGGAGGACAUCUGAGCAGCCCUGUGGAGAGGCCCCCAGCCAACAGCCAGCAUGAACUUGCUGGGCAUGUGAGUGCACCACCUUGAAAGUAGAGCCUCAACCCCUGGUCAAGCCAUCAGGGAGAGCUCAAGCUGGCCUGUUGGAAGAUGACAGGCCAUAUGCAACAGACGUGAAGUGUCCCAGCUGAUCCCCUUCCAGAACACCCACCUUCCAGAUGACCACAGAUGCAAGGGUGAGCCAGCCAAUAGCUGCUGAGACAUUCCCAGAAAGACAGAACAUCCAGCUGACCCAUGGACUCAUGGGCGAUCAUGGAUAAAUGGAUAUUGUUUCAAGCUACUAGGUUUGGGGUUGGUUUGUUACGCAGCAAUAGCUAACAGCUACACCUCUAUUUUAAGGAGUUGUGAAGAUAAAUUGCAAAGGUACAGAAAAAUGAAUAGCUAUAACAGCUACUAGUGAUUGAGUGCUGGCUCUGCCUGGUACUGUGCUCAGGAUUGGCAUGCAUUAUCUCAAAGAGUUGCACAGGCUAGAAGGGCUGCAGCUGAAGAUUCUAGAAGAGUUCAGGUAUAAUGCCUGGCACAUGGUACCUGUUUCAUGUAUGCUAGUUGUUGGAUGCUGCUGAUGCUGGCAGCACGUGGAACUCCUGACACAUGCCUCUGAUUUGGUAGUGGGGUCUGAACUUUGUAAUCUGUGUGUCCAGAGACCUUGGGAAGUCUUCAGCCAAGGGCAGACCAGGAGGUAGCUUUUGUGAUCUGAGUGCAGAGAAGUUUCUUAGAGUGAAUGGCAUCCAGAUAGGGUGGGGAAAAAGCAUUAGCCAGGGUGCUCCACACACUCCCCUCACUAGUGUGGUCCCUGGACCAGCAGCCUCAGCCUCCCCUGGGCCCUUAUUAGAAAUGCAGAAUCUCAGGUCCUACCCCUGCUUACUGAAUCAGUAAGAGCAUUUUAACAAGAUCCCCAGGGGAUUUGUGUGCAUGUUAGAGUUUGUCCAGAACACUCUUCUCAAGCUAUCUGUGCUGAGACACCAGUAUUUUUUUCAAAUUCCAAUUUAUUGCAGAAUGACAGUUUUAAAAAAUGCAGUAAAAAAGCAAAUUCCUAGAAAAAUUAAAUGAAAAAUAAAAUAUACAAAAUCUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-534.4 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -566.61
Frequency: 0.0000
Diversity: 447.21
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((....)))))..(((((((((..((((((((.....((.(((((.......))))).)).....))))))))..((.((((.((((((..((((....))))((..((((((((((......)))((((((((((.(((((((((..((((((((....)))))))...(((.(((((...(((((...(.(((...((..((.......))..))....))).)...))))).))))).))))..))))))))).....((((((((((........)))))))..)))..(((((((..((((.(((((((......)))))))((.....))....))))...))))))).(((.....)))....)))))))))).....(((((((((((......))))..)))))))..............)))))))..))..............))))))..))))))..((((((((..(((....((((.(((..(((((((...))))))).....(((((.((((((((((((....((...)).....)))))...))))))).....)))))(((.....))).....((((((......))))))((((....)))).)))))))...))))))))))).((((((((((..(((.((((((.((((((..((((((((((((.....))))))))))...))....((((.....)))).((((((...((((((.........((((((.((..((....))..))..)))))).(((((((...(((((((((((((...(((............(((((..((.((((((....))))))))....)))))...)))....)))))).))).....))))...)))))))((((..(...(((((..((.((((((...(((........)))))))))..))....)))))...)..)))).........(((((....(((((.((..(((...(((((..(((...(((((((...))).))))...)))..)))))...))).)))))))....)))))))))))...))))))............))))))((((((.(((.......))).))))))(((((((((.(((((((.(((((......))))))))))))..)))))))))))))))(((.((((........))))))).((.(((((((((.((((((.((....)).)))..))).)))))..))))))...))).))))))).))).(((...(((.(((.((((((((..(((((...((((((..((((((.((((((((.(((((.....((.....((((((....((((((.............)))))).))))))....))..))))).)))((((((((..(((.((((((.(((.......((((.......))))(((((((...))))))).))))))))).)))...))))))))))))).))))......((.....))))...))))))....))))).)))))))).)))))).)))....))))))))).....(((((((((...................)))))))))...................................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((....))))).,{{((,..,,..((((((((...,.((.(((((.......))))).))..,..))))))))..,.,((((,(.((((.((((((((.((((((((((((.(...}.))))))).((((((((((.(((((((((..{(((((({....}))))))...(((.{((((...|((((.,,|.(((.,.{(.,{{.......}},.}}.,,,)}}.}...))))),))))).)))},.))))))))).....((((((((((......}.)))))))..})),,({((((({.{(((.(((((((......))))))){|.....))..,,))))}}.}})))}}.,|||,.,.,},....)))))))))).....(((((((((((......))))..)))))))..............,,,||,{{{||{.{{.......)}.))))}}.}},...)))))))))))))))))}....(((((((((((((.(((({(....((((((({(((...,((((((((((((.(((((,{.,((({,,{.{{{{.{|,(((((.{{{||{|||{{({,{(((((((({((((,.....}}}||((((({{{.|||}.|||,......,||.((({{((...(((((((......))))))).))))))..||{(((((((((.....)))))))))}.,,||{{{{({{{,,..{|||}.((((((...((((((.,{......,....(((...(((.(((((.(((.,(({{((((((((({{{,(((({(((((((...(({............(((((..({.((((((....)))))),,..,.)))))...)))....))))))}|)){,{{{|,,,,|{|((({{{(((({,,,,.{{,,,.}||}||||||}.}|||}.......,}}}}||||..,,....,))})...},,}||,,....,...(((((.....))))),}})).}}}}.,.)))))))).,))).)))))))).)))))).|||{.((((...(((...}))..))))...})),))))))...))))))..((((((...))))))((((((...})))))}}}|||,|,,,},||||)))}},|}}|.|})))}}|.{((((((|....}))))))),)))}.,),},,..}}|}||||.}},..,}))).},)}||}||{,{((((.({{(((.((....)).)))..})),)}})},,}},.))})))})||||{{{(((,..,|||||},|.|||,.|}|)}.)}},))}}))),,,....})))).))))))))))))))))))))))))....((((((....((((((.............)))))).))))))...{((((({.(({..(((((((((..(((.(({(((((((.......((((.......))))(((((((...))))))).))))))))).)))...))))))))).})).).)).)))}{((((,{,.....,},)))))(((({{((.......))))))))),})))))))))))))...)))..(((((((((...,.......,.......)))))))))........}))))........,.............................
Back