Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-CRYBA4-52:89
Sequence Length
2123 nt
GC Content
0.4531
AAUAAAUAAAAAUUAAAAAGAGAAAAGACUAUGGGGUUCACUUUACAGGGUAGGAAACUGAGACUCAGAGAUGGGAAUGGCUUUGAAGUUUGUUAGUAACAGAUGGUAUGCCAGCACCCAGAUUGCCUACCCCUAGGUCCUGAUUUUCCCCUCUCUUCCAUUCUGGGGGAACUGCAUUUAUAAAAAGUUUAACAUUAGUAGUGAUAAGAACAACAAAAUCAAUAUGACUGGCAGCUAACUUGUUUUGAGCAUCGGUUCUGGUCUGGCACAGUGCUCACCAUUUUACAUAGCAUGGAGUCGGUAUGGGUCAGUUUCCCAAAUGUGCUUUUUUAAAGAACUGGAAACCCAGAGGCAUUUGAAAUAUGUGUCUUUUGAAUCAAAGAAACAUAGAGGAUUUGAAGAUGGAGGAGACCGCAUUUUAUUUUAUGGCCCUGGAUAAAGUCACUACGCCUAUCCCUCUGAGACUCAGUUAUCCCCAUCUGUAAAAUGGGUGGUUGGAUGAAAUGAACACUCGAGGUCUUCUCAGAGCUGACAUUCUACAGAUUCAUCAGUGAGUUUCCUCUGACUCUCCUUGAAUGUGACUUUGUCCAUUCGGAGGGCGGUCCUGGCAUCAGCAAGGGUGACGAUUGUUUCCUUCCUGGAAUCUUUGGAUUGCCAUGAGAGCGAGGAGCCACUCAGCAACAUGAGGAAGCCACAUGUGCCACAUUCUUCAAUGGCAGCAAUUUUCCGUGUAAUUAAGUUUAUUUAUCAUGUAUAUUAAGGGGAAAAUGGAGACGCAUGAUCAUCACAGCCCAUUUGCCAUCGACAUCCAUCUCUCAAGCGUUGCUUCUGUUUUCUCCAAGGCCAACAGCCAUGAUGGAUGUGGGGCCCAGGAGAGCCAUCUGGCACGAGGACUGGUGGGAACCCAGCCCCCUACAGGACCCAGGUCUCACCCCCUGGACAGAUGCUUCUCCCAAAACCGUCCCUGUCCUCAAGGAGCUGAUAACCCAGGAAUCGUGGUUAAUGGUGACAUUGGCUAACACUGGAUGUUGCUUUCCUUUAAACCUGCAGUUAGCUUUCUUCCAGCAGAAUGCUGAGAUAUUACUCCUGUGUUCACAUGUGGAAAUGCAGCAUGGCUGCACCAUUUCACCAUUUCUACCACUCUAAUCAUUGUAGCUUCCUCUUGCUCUCUUUUUAAGCUAAGCCUUAGCCUGGCUUCUUGUACCUAUAGGGAGUUCAAUUCAUUUACCAAUUCACUCAACAAAUAUUUGAGUGCUUCUCUGGUGGAAGACUACCAUUCCAGGCUUUUGGGAUUUAUCAGUGAACGGAAGAAAGACUUUCGGCCUCCUCAAGCUUACUUGGUGAAUAUUUUGGAAUCAAAAAAUGAAUAAAGGAGCAAGAACAUACGAAUCACUUCAGUUAUUCAACAAACAUUGAGUGCUUCCUGUGGACAGCACCUUGCUGAUCACACGUGGCUAAAAUGGGGCCCAAGCAGCUUCUUCUGUUUCCUCAUGGAGCUUACAUGCUAGAGGAGAAGGAAGACGUAAAUCAAAGAAUCACACCAAUGAGUUUCUAAGUACAAAAUGAGAUAAAGCACUAUGAGGGAAAGGGUGUUUUUCAGAGUAUAUGAGAAGUGCGUGUUCUAUACUGGGGGUGGGGAUUCAGGAAAACUUUUGGAGGGAGAGAUACUUAAACUGAAACCUGAGGCAAGGGUUUUCAUCAAGUGAGAGAAGGAAGUGCAGGGGCAUGGGGUAGAGGAAUAGCAUGAGGGCUCUAUCCGUUAGGAUGCCUUAGGCUGUCAGUGUCUGAAGACCUAACUCAAAAUGGUUUAAACCAUAAAGACAAUUUGUUACCAUGUCAUAAGAAGUCAGAAGUAGGUGCCAGGCGCGGUUGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCUGAGGCGGGCGGAUCAUGAGGUCAGGAGAUCAAGACCAUCCUGGCUAACACGGUGAAACCCAGUCUCUACAAAAAAAUACAAAAACAAAAUUAGCCAGGCGUGGUGGCGGAUGCCUGUAUUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUGGCGUGAACUGGGGAGGCAGAGCUUGCAGUGAUCCAAGAUCACACCACUGCACUCCAGCCUGGGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-639 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -682.61
Frequency: 0.0000
Diversity: 627.85
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.........................(((((..(((..(((((.....(((((((...((((...))))...((((..((((......(((((((...))))))).....))))...)))).....)))))))...((((.((((((((.(((((((((((...)))))))(((((......................))))).....................(((((((.((((......))).((((((.(.((....(((((((((..((((....(((((..((.((((((....(((.((((((.((((((.....((.((((...)))).)).))))))((((.(((...(((((((((((((((((..(((..(((..(.....)..)))...)))..)))))).))))...)))))))..)))))))....((.(((((((((((..((((.(((..(((.((((((((((((((...))))))))..))))))..)))...)))))))....((((..((((...(((((((((((((....)))))))...(((.((((((..(((((.(((...))))))))))))))))).(((.((....)).)))((((.((((((((((.((((.(..(((((((....))).)))).).))))((..((((......))))...))....(((((((..........))))).))(((((((.(.((((....................)))).).)))))))))))))....)))).))))..((((..((((....((.(((.((((((((((...))))......(((((..((((.(((.(((...))).)))..))))..)))))(((....)))......((((((((((((((.((((((....((((....))))(((((((.(((((..((((((((..(((((...((((.((((((.(((((((........(((...(((((.((((((((....(((((..((((.(.(((...........))).).)))))))))...(((((.((((((((.(((......)))..))))))...))))))).((((((...)))))).....))))))))...))))))))........))))))).((((((((.((((..((((((.((....)).))))))(((((....)))))((.(((((...(((((((((..(((((((.......)))))))......((((((....))))))....((((((..((((.........(..((((((.....))))))..))))).))))))..)))))))))...))))).))...........))))))))))))......((((.((....)).))))...........(((((((..(((((.(((((...))))).))))).(.((((.......))))).....((.((((((.(((((((....(((......))).))))))).)))))).))...........(((......)))(((((............))))).))))))).))))))..)))).)))))...........))))))))..)))))......))))))))))..(((((.....((((((...(((.....)))...))))))))))))))..))))))))))).))))))))).))).)).....))))))))))))))...)))).))))(((...((((....))))))).))))).)).)))).))...)))))))))....(((((....)))))...((((...)))).)))))).))..)))))....)))).))))))))))).).))))))(((((....((((((....)))))).....)))))).))).))))))))...)))))))).))))..............)))))..)))))))).........................((.((((((.(((.(((((..((((((.(((((((...(((((....))))).((.(.......).))..))))))).)))).)).....((((((...))))))....)))).).))))))))).))
Thermodynamic Ensemble Prediction
....................,,...{(((,.,(((.,((((({({{(((,,,(({{((((({.{{{{{({{((((..(((({{{{..{{{((((...|||||}|{{{.,||||{,.,,||{...{||||,,,.}}}}|,}||,,,((((((,,...........)))))){(({{............,,,.......}}}}||,{............,}}....||,||}}}}||}}.,,}}}}.,{||||,{{(({({.....((({{,,||||,,{{{{,{,...,,}|}}}|}}}.}|}}|(((,..,,,,||}|..,||}||,......))}))})}....((((.(((...{((((((((((((((((..(((..{{(,.{.....,,.)))...)))..))))))}}))),..,))))))..))))))).,}}}}}}}.....))))),.,}))||}.}}|}}||,|||,,,|||}}}}..,||||||,{,|||,...|||.|.||||{(((((,,{((((((((({{.,{.,,.{{{{{,...,}}}}}|{{{{{{|,((((((.,(((((.(((...))))))))))))))||,,(((,((,,{.||.}}|(((({((((((((((,{{{{|{,,(({,,{|,}}.))}.)))},|,}|||{{,.{{{{||.,{{||,|{...)}.}}}||((({..........)))),.|.{((((((.(.{(((....................)))}.}.)))))))))})}},,.,}}}}.}},}.,((({..((((.,,.((.(((.(((((({,,(,..|||,.....,(((((..((((.(((.(({...})).)))..))))..)))))|{{....))),,,...{{((((((((((((.({{,({,.{{((...{{{|{((((((((({(((((..((((((((..(((({.,.((((.((((((.(((((((........(((...(((((.((((((((.,.,(({({..,{{(,(.{{{...........}}}.},||}}}}}}|...(((((,{{((((((.(((......)))..))))))...}}))))).{(((({...)))))),,}..))))))))...)))))))).....,,.))))}}),((((((((.((({....((((,...,)))).||(((((((((....))))))))}|||{...(((((((({..(((((((.......)))))))......((((((....)))))}..,,(({{{,.,|||{,......,.(..((((((.....))))))..}}}},.}})))}..))))))))}.,{|||....}},},..}}},.})))))))))))......(((,,((,,,,||.}|||........,}}||||{||,.{((((,(((({...})))).))})),|.((((.......)))),.....((.((((((.(((((((....(((......))).))))))).)))))).)).......,{{,,{,......})}{{|||,...........}}}},.,}))})).))))))..)))),)))))...........))))))))..))))),}....)))))))))}.{(((({,....||||}|,,,|||,....}}}...))),,.))))})))..)))))))))))}.}))))))).))).))...,,))))}}))}),))))),.,||.}}|||||,,|((((....))))}}}}|||}|}})}}|}.}))))))}))),.......(((((....)))))...||||,,,|}}}|}}.})},.,..,..,,,.,..|||}))||}}}},})},,}||}|.(((((,...{(((({....}))))),,,,,})))))))))}}}.})}|||||{{{,,}}..}}}),)))}|},,..,..))))),.)))))))),,.......................{(.((((((.(((.(((((..((((((.(((((((...(((((....)))))|({.,....,,}).},..))))))).)))).)).|,..((((((...))))))..,,)))).).))))))))).)}
Back