Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

lnc-DAAM2-9:10

Sequence Length

1015 nt

GC Content

0.5261

AGUUAUUUCGCAACCUUCAUCUGUUCCUGGAAGAUACCCGUAGCCUGCCUUCCUUCUUGACAGGCUGAUUUAGGGGUGCUCCCCAAGAAGAUCAGGACUGCUGAAAGAAUGAAGAAGAACUUACUUGGCCUAGGAUGUGGCUAGAGAACGGAGCGCACUUUCACUUACCUGGCAAGGUGGUUUUGGAAGUUUCCACGGAAGCCUUCCCAGGGCCGCUGCUGCCCGUCCUCGCCUAGAAGAAUUCCAUUCUCCCAUCCCAGGAAGGAGAGUGCCCUGCGUGCCACGAAAGAGCCCAGGACCCACAGGACAAAUACGUCACUGGCAGACCUGCCUUCGCCAGCGCCAGCCCAUCUCUGAAACCUCCAGCAUUUGUGCCCCGGUCCGGCCCCUCCCAGGCCUGACUCUUUCCGUGAACGGUCACUGCGCAGGAUCAAGCUACAAUGAAGAGGAGGGAGGCAGUCUGCGCGCACCGCCAUUUUCUAGGAACUGGGAAGCCCCCCCACCCCUUAGGAAGAUCCAUCCCUGUGGAACCUUGCCCAGGCUUACCAGCCUUUGCUGAGGUUGAUCUAUUGUCCCUCCUUGUCCCCAUCAAAAUAUCCAGCACUCCACCUUCAGGGAGUAGACUUGACCCUCAAAUAGCAAGUUCAGCCUUCCCAGGUCUAGGUUCCCUGGGAGGUCAAGAUUCGUCUGGUUCCUUAGUACAGAGGGCUAGCUGUGAGUUGGAAUCCCCCUAUGAGCUUUAGAAUCAGUCAAGAGGAAUUGGGCCCCUUCCCUUCAUCCCUCUUCUUUUCCCUUUUUGUCCCAGAGCUCAGCUCUGACUCAAAAGUUUUUCCAUUUACCAUCAACAUGGAAACUUGGCUCCUCACGUAGGUAUAUUAUCCCCCUUUUGUACAUGGUCUUGUUGAUCCAAACUCCCUUUCUGUGAAAGAGGCCUGUGGGGCUCAAGAAGCCUGGUCAGCCAGCCAGGCUAGUCCCACAUACCUCAGAACCAGUUUAAUAAAGGCUCUAUGUCAUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-325.3 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -342.63

Frequency: 0.0000

Diversity: 247.16

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.....(((((((..........(((((((((((((....((((.((((((((((((((..(((((((((...((((....))))..((((..((((.((((......................(((((.((....((((((......(((.((.((((((((.(((.(((((...(((((...((((....)))).((((..(((((.(((((.((....))..))))).)....))))..))))......))))))))))))))))))))).)).)))))))))....)).))))).....((((((......))).))))))).)))).)))).((.((((..((.((...(((.......)))....)).))...((((.((((.......)))).))))......((((....)))).)))).))))).))))....))..)))))))))))))).))))(((...))).)))))))))))))((((.......)))).......(((...))).((((.(.(((((((.(((.(((((....)))))..((((((.(((..((((((((.(((((((..............................)))))))..)))..........)))))))).)))))).......)))..)))))))).))))(((((((....(.(((((((...(((.((.((((((((((...)))))).....)))).)).)))...))))))).)((((((.((.(((......)))...)).))))))........((((((...((((((...))))))...))))))..(((((((...........))))))))))))))..........(((((............))))).(((((.....)).)))...........)))))))((((..(((((((((.....((((((((......)))))))))))))))))..)))).................(((.....)))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

.....,{{{{{{..,,,.....(((((((((((((...{((((.((((((((((((((..((((((((({,.((((....))))..((((..((((.((((..........,,,.....}}}.(((((,((....((((((......(((.((.((((((((.(((.(((((,,.((((({{{((((((((((....)))),}))}),}||||}}}}..})),,|,,,|,,....||{|{,|...}}))}.},,,,}))))))))))))))).)).))))))))}....}).)}))).....((((((......))).))))))).)))).)))).{{.((({,,({,,,...({(,......,,|,|..}}}))...((((.((((.......)))).)))).,,}}.|{||..}})},}.)))).))))),,)))....))..)))))))))))))).))))|,{...,)}.))))))))))))),(((.......}||,.......||,.,.,{|.{,||.|,||(((((,((,.(((((....)))))..||,||||||(,,{,,,.{{{.{{{{(((..............................}}))))),.|||{((,,..,,.....})})}}},,||{|{{{{{||....,,,,,)))))))))}},,|....{.(((((((...{((,((,((((((((((...}))))).....}}}|.||,|||...|}}}}}}.}((((((.,,.(((......)))...,}.))))))........{(((((...((((((...))))))...)))))}..{((((((.,.......,.))))))),,,))))},,,,,},}}|,,,,.......,}},,))))).{((((.....)).)}}.......,...,}})))}((((..(((((((((.....((((((((......)))))))))))))))))..)))).||,||,}.........||{,....,,,...