Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-DAAM2-9:7
Sequence Length
1473 nt
GC Content
0.5506
CCCACCUAAAUUCUGGAAGGCCCCACCUCCCUUAGCCCCAACAGGCAGUGCUCAUCAUCAACGACUUUCCUCCAAGCCCCCGCCCUCUGCAUACUGCAUGGACUCCAGGAGUCCCCUGCCCCCACUCCCACCCAGGAAAGCUGGUCUAGGACCAAUCAGAGGCUGUGGAACUUUCUGGAAGGCCCAGGGCUUCUCCCUGGGUGGGGCAGGGCCUCUGAUUGGAGGAGGCCUGCCAGAAGGGUGGGGCGAUGGGCGUGGCUAACGGGAUAACUGCCAGAGCAGAAGACAGUUGGCAGUUAUUUCGCAACCUUCAUCUGUUCCUGGAAGAUACCCGUAGCCUGCCUUCCUUCUUGACAGGCUGAUUUAGGGGUGCUCCCCAAGAAGAUCAGGACUGCUGAAAGAAUGAAGAAGAACUUACUUGGCCUAGGAUGUGGCUAGAGAACGGAGCGCACUUUCACUUACCUGGCAAGGUGGUUUUGGAAGUUUCCACGGAAGCCUUCCCAGGGCCGCUGCUGCCCGUCCUCGCCUAGGUGUGGAGCUUCCCGACCGGCUGGGGAGGGAAUGUCCUGCGGGAGCCGCCGAGGACCCUCUUUAGCCUCUUCCCUGGCUUGGCUGCAGCUGCAGUCUGGUACUCGCCCAUUCUGCUCUUCUUCACCUCCGUAUUUUCUCUCUCACGGAAGAAGAAUUCCAUUCUCCCAUCCCAGGAAGGAGAGUGCCCUGCGUGCCACGAAAGAGCCCAGGACCCACAGGACAAAUACGUCACUGGCAGACCUGCCUUCGCCAGCGCCAGCCCAUCUCUGAAACCUCCAGCAUUUGUGCCCCGGUCCGGCCCCUCCCAGGCCUGACUCUUUCCGUGAACGGUCACUGCGCAGGAUCAAGCUACAAUGAAGAGGAGGGAGGCAGUCUGCGCGCACCGCCAUUUUCUAGGAACUGGGAAGCCCCCCCACCCCUUAGGAAGAUCCAUCCCUGUGGAACCUUGCCCAGGCUUACCAGCCUUUGCUGAGGUUGAUCUAUUGUCCCUCCUUGUCCCCAUCAAAAUAUCCAGCACUCCACCUUCAGGGAGUAGACUUGACCCUCAAAUAGCAAGUUCAGCCUUCCCAGGUCUAGGUUCCCUGGGAGGUCAAGAUUCGUCUGGUUCCUUAGUACAGAGGGCUAGCUGUGAGUUGGAAUCCCCCUAUGAGCUUUAGAAUCAGUCAAGAGGAAUUGGGCCCCUUCCCUUCAUCCCUCUUCUUUUCCCUUUUUGUCCCAGAGCUCAGCUCUGACUCAAAAGUUUUUCCAUUUACCAUCAACAUGGAAACUUGGCUCCUCACGUAGGUAUAUUAUCCCCCUUUUGUACAUGGUCUUGUUGAUCCAAACUCCCUUUCUGUGAAAGAGGCCUGUGGGGCUCAAGAAGCCUGGUCAGCCAGCCAGGCUAGUCCCACAUACCUCAGAACCAGUUUAAUAAAGGCUCUAUGUCAUUCUUUUUUGCUUGGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-534.3 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -561.39
Frequency: 0.0000
Diversity: 363.31
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((....((.((((((((((((((..((...........(((((.(((...............((((((((......(((((..((.....(((.((((((...))))))..))).......((((((((((.....(((((...)))))...(((((((.(((..((((...))))..))).))))))).)))))))))))))))))......))))))))))))))))))..)))))))))((.(((((.(((((.((((.((.((.((((((((((.((..((((............))))..)).)))))).)))).)).))))))))))))))))))))))).)).)))(((((((.((((....))))....)))))))....((.((((((((((...(((.......(((((........)))))(((.((((.(((((..........(((((.(((((..((.((((....)))).))..))))).))))).....))).)))))).)))(((((.(((.((((((....((((((((((.(((((...(((((.(((......)))))))).((((((((((........))))(((((((((..((((..(((.......)))..))))..((((((...(((((............))))).))))))...((((((((..((....)).))))))))..))))).))))..))))))..((((.....((((((......))).))).....))))))))).)))))....((.((...(((.......)))....)).))..))))).((((.......))))....(((((((.((((.(((....(.((.((((...........((.((((((((((((.((........)).)))..((((((((...((((.......))))...))))))))...((((....))))((((((((..(((((....)))))..)).)))))).........))))))))).))...........)))).)).)...))))))).)))).)))(((((((........((.......))..(((((((.........))))))))))))))....(.(((((((...(((.((.((((((((((...)))))).....)))).)).)))...))))))).)((((((.((.(((......)))...)).))))))........((((((...((((((...))))))...))))))..(((((((...........)))))))...)))))).))).)))))..........(((((..((..((((((.(((......)))....((((...))))((((..(((((((((.....((((((((......)))))))))))))))))..)))))).))))...))..))))).)))...))))))))))..)).))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((.......(((((((.....,.......(((......|||,,,(((((((......{,...,,,||.,,{{{{{{(((((((({.....{{{.((((((...))))))..}}}.......((((((((((.....(((((...)))))...(((((((.(((..((((...))))..))).))))))).))))))))))||||||(((((.......))))))))))))),,))))))))))})))))|.((((,{((((.((.((.((((((((((.((..((((.,,,....,,.,))))..)).)))))),}))).)).))))))))))).))))))).....,..||}(((((({.((((....))))....}))))))..,,{{.((((((((((...(((.......(((((........)))))(((.((((.(((({,.........,{{||.|||(((((((((((((((((....))))}})),)}))))))}}))).)))))).)))(((((.(((.((((((....{{,,((((((((((((...,((((,(((......)}})))))))))))))))).....(((((({(((((((((..((((..(((.......)))..))))..((((((...(((((............))))).)))))}...((((((((..((....)).))))))))..|}|}|.}}}|....,||}}},}||,,,..{{((((,.....}}}.|||(({{{..{{||,,.||}}|.},|,||.,,...{{{.......}}},|.,}}|}}...||||}((((.......)))).}|}|||||{{,{{{,.|||,...|,||,|||{,..,,......|,.{(((((((||||,|||}|,{{{..,}))}.,((((((((...((((.......))))...))))))))}.,((((....))))|(((((((..(((((....)))))..)).)))))},........))))))))}.,}...........,,,,.}},},,.,}}}})},)))).,}|{((({,,........|},}}}},,}}|.,{{{{||...,,,...))))))))))),,}....(.(((((((...(((.((.((((((((((...)))))).....)))}.)).)))...))))))).)((((((.,,.(((......)))...,}.))))))........,{{(((...((((((...))))))...))))}|..{((((((.,.......,.))))))),,.)))))).))).)))))..........{((({,,,{,.((((({.{{{......}}}...,,{{{...}},,((((..(((((((((.....((((((((......)))))))))))))))))..))))}),})))},.,,..})))).)))...))))))))))..)).))))
Back