Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-DAAM2-9:9
Sequence Length
1204 nt
GC Content
0.5349
CUAACGGGAUAACUGCCAGAGCAGAAGACAGUUGGCAGUUAUUUCGCAACCUUCAUCUGUUCCUGGAAGAUACCCGUAGCCUGCCUUCCUUCUUGACAGGCUGAUUUAGGGGUGCUCCCCAAGAAGAUCAGGACUGCUGAAAGAAUGAAGAAGAACUUACUUGGCCUAGGAUGUGGCUAGAGAACGGAGCGCACUUUCACUUACCUGGCAAGGUGGUUUUGGAAGUUUCCACGGAAGCCUUCCCAGGGCCGCUGCUGCCCGUCCUCGCCUAGGUGUGGAGCUUCCCGACCGGCUGGGGAGGGAAUGUCCUGCGGGAGCCGCCGAGGACCCUCUUUAGCCUCUUCCCUGGCUUGGCUGCAGCUGCAGUCUGGUACUCGCCCAUUCUGCUCUUCUUCACCUCCGUAUUUUCUCUCUCACGGAAGAAGAAUUCCAUUCUCCCAUCCCAGGAAGGAGAGUGCCCUGCGUGCCACGAAAGAGCCCAGGACCCACAGGACAAAUACGUCACUGGCAGACCUGCCUUCGCCAGCGCCAGCCCAUCUCUGAAACCUCCAGCAUUUGUGCCCCGGUCCGGCCCCUCCCAGGCCUGACUCUUUCCGAACGGUCACUGCGCAGGAUCAAGCUACAAUGAAGAGGAGGGAGGCAGUCUGCGCGCACCGCCAUUUUCUAGGAACUGGGAAGCCCCCCCACCCCUUAGGAAGAUCCAUCCCUGUGGAACCUUGCCCAGGCUUACCAGCCUUUGCUGAGGUUGAUCUAUUGUCCCUCCUUGUCCCCAUCAAAAUAUCCAGCACUCCACCUUCAGGGAGUAGACUUGACCCUCAAAUAGCAAGUUCAGCCUUCCCAGGUCUAGGUUCCCUGGGAGGUCAAGAUUCGUCUGGUUCCUUAGUACAGAGGGCUAGCUGUGAGUUGGAAUCCCCCUAUGAGCUUUAGAAUCAGUCAAGAGGAAUUGGGCCCCUUCCCUUCAUCCCUCUUCUUUUCCCUUUUUGUCCCAGAGCUCAGCUCUGACUCAAAAGUUUUUCCAUUUACCAUCAACAUGGAAACUUGGCUCCUCACGUAGGUAUAUUAUCCCCCUUUUGUACAUGGUCUUGUUGAUCCAAACUCCCUUUCUGUGAAAGAGGCCUGUGGGGCUCAAGAAGCCUGGUCAGCCAGCCAGGCUAGUCCCACAUACCUCAGAACCAGUUUAAUAAAGGCUCUAUGUCAUUCUUUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-407.9 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -431.75
Frequency: 0.0000
Diversity: 403.21
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((.((.((.((((((((((.((..((((............))))..)).)))))).)))).)).)))))))((((((.(.........).))))))......((((....)))).......((((.....))))((((((((...(((.......(((((........)))))(((.((((.(((((..........(((((.(((((..((.((((....)))).))..))))).))))).....))).)))))).)))(((((.(((.((((((....((((((((((((((((....((((.(((......))))))))))))))))))).....(((((...(((((.((((((((..(((.......)))..))))..((((((...(((((............))))).))))))......(((....((((..(((((.((((((((((((((((.((((((((....(((((((((((((......))).(((((.(.(..((....))..))))))).......(((.......)))...)))))....)))))((((.......))))...)))))).))...)))....))))))).............((.((((((((((((.((........)).)))..((((((((...((((.......))))...))))))))...((((....))))((((((((..(((((....)))))..)).)))))).........))))))))).))................))))))..))))).))))..))).((((...))))......)))))))))...)))))((((((...)))))).)))).......(.(((((((...(((.((.((((((((((...)))))).....)))).)).)))...))))))).)((((((.((.(((......)))...)).))))))........((((((...((((((...))))))...))))))..(((((((...........)))))))...)))))).))).)))))..........(((((..((..((((((.(((......)))....((((...))))((((..(((((((((.....((((((((......)))))))))))))))))..)))))).))))...))..))))).)))...))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
....(((((((((((((({.((....,...|))))))))))))))},,.|{{|.,|||{{({{((({{({(,||{{(((,((({({{{{{{{{{,.||||||{{{{{.((((....))))..,.,|,|{|||..||},|{(((({(((,,.(({.......{((((..{{,.,.|||||(((,,(((.(((({..........,{{{{,{|{(((((((((((((((((,,..)}})}})),}})))}}}}}}}},))}}))|)}|(((,{,((|.(({{{{}}}.{|||((((((((((({...,((((,(((......)))))))))))))))))))...,,{{{((||,((((({{{,.((((..(((,....,,)))..)))),,((((({...(((((............))))).))))),...((((((((..((....)).)))))))).{|||||{|||.,{{{{{||,,,,||{{{..{{((((......}}}.|||((,{,.,,||},,.)}}}}.},|||.......{{|.......}}}.,.,)))}}...)}))}{({{.......)))).}.})))))}.}...))),...)}})}))}}},,}}}....}}..||||||||}}}}}},}}))|,{...,)).}}||||||||,,,{(((.......))}}...},}}))}}|,,({{{.,,.}})){(((({((..(((((....)))))..}}.|)))}|{,.,,...,||,||||||{....................,,,,......}}))))),.}||{{{|...,,,....}}})})}}})}|,,,|||||.,.,||...))))))))))}..},...{.(((((((...,((,(({((((((((((...)))))).....}}}|.||,|||...|}}}}}}.}((((((.,,.(((......)))...,}.))))))........{(((((...((((((...))))))...)))))}..{((((((.,.......,.))))))),,.)))))).}}),))))}..........|||||}}}|}.(((((..,,,}}.},,,,,...,,{{{...}},,((((..(((((((((.....((((((((......)))))))))))))))))..)))),)})))))...,..,}))).}},...)),}}}}},.
Back