Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-DAD1-2:11
Sequence Length
1632 nt
GC Content
0.4743
AUUGGCUGCCCACCCUCUGAAAAGCGACUGAGUCCUUGAGUCUCCUGGGAUGUUCAUAUGAAUCCCCUUGAAGCUUUAAUUUGAUAAGACCUCAGUGGAGACUGCUGAACCCCUGGGAUUUAACAUCAUAUAUUAUUCAUUGUUGCUGUUGCCACAGACGUGCUGAUUUUGCCCCUGCUGAGCAAGGCACUUCUGCACAUGGGAACUUGAUGGCUAACCACACUGCAUGUUCUUCAGGCAGGGCCUAUCCCAGAACGUUCCAAGCUGUCUGCUAGCAAGUCUGCAUUAACUCCCUCAAUGCUGCAUGCACGGUGUCCCUGAGUCCUUCACCACCCGCCCCGCCACCAGAGCCAGUCUUUUUAAGAAUUUUGCCUGGGCUGUGUUUUUCAAAGUGCCUCUCUCUAGUGUGCAUCUCUUCUUAAUCACAGAAAGCAGAUCUGAGAGCUUCUAAUGCACUUCUCUAUUACUUCAAGAACACUGUGUAUAAUAAUAAACUCUACAGAAAUAAACCAAAUCACAAGAAGCUUUCAGGUCUGGAGGCUGACAUUUCUCAAGACAGAUGCAAAAACCCAGGCCCAGAGAGAUGAAGAAACCUGGCUAAGGUAACAUGAUGUCUGAUCUGAAAGCAUGUUGUGGUCCGCUACACACAAGAGCAAAAGAAGAGCAGGAAGGAGCUCAGUGCCAAGACCAUAGCCACAGGAAGAAAACCAGCUCUUAGGGCUGCAGCUCUAAAGACAGGCCAGGUCAUUACAGGAACGUCUGCUCCCUUAGCCUUGCCAGACAGAGGAGGGUUAAGAAAGGAACUGCUGACCCUGAUAUGCAAACUGCCACGAGUGCUUCCUGCCUUUCUAUCAGCAUCAGAUGGCUAGCGAUGGAUGGCUGUAAGAUUGAUGUAAUUAACAUUUUAUUUUCAGGGCCACAGUGCUGGUUGGGUGCACCAGACAAAUCAACCAACAGAUUAAAGAGUGAUGGAGAAAGCUGUGUUUUGGGCCUCAUUUGGGAACAGAAUGGAAGAGCUGAGGGUGGAAGGGACCUCAGCAAGUCUUCUGAUCCAUGUUUCAACCUUCAUUUCCCCGAUAACCUCAAGGAGAGAGUUGCUUUUCCUGUUCUUCAAAUGAGUUCCUUGAAUUCACACUCUAUUUCUUUGAAUUUGCACAGACUGUUGAGGAACAGGCGGCAGGGUCACUCUACCUCUGCUCAGACAAGCCUGGAAAAGAAAAAUUUUACAUAGAAGACUGAGCUGGAAGAGGCCUGGGAACUUGGGAAUUCCCACUUCCACACUGCCCACUCUAGUUCUCAAGAGGCGGCAGCUAUGCUGCAGUACAGACCACUGAAUUUAGAUUCAGGAAUCUGGGUUUAUAUCUCACUCCUCCUCUUACUUGCAAGUCACUUACCACACCAGGCCUCGGUUUCCUGGACAAUAAAAUGGGGAUAACGUUGCCCCAUGUGGUUGUUGGUGGUCAUGAAAUUAUGCACACGAGCACGCCUUGUAAUCUAGGUUAGACCUGCACUAACCUAGAUUAGCUGACCAGGGUGGAAGGUGGGAGGGGCAGGCUUCAGUGUGUGACUUACCUAGAGGCCAAGGGGAGUCACCAUGGAUAGGGCAGCACUUGUAAGUCCUCUGCUCUCUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-516.1 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -545.87
Frequency: 0.0000
Diversity: 447.37
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((.(((..((((((((((((((((...((((((((..((..(((..((((....)))).)))..))..((((((((((...((((......(.((((.(((((((..(((((((.(((((...............)))))..(((.(((((((.(((((....(((((......).))))))))).))))....))).))).....((((.......((((.((.....)).)))))))).)))))))...))))..))).)))).)......))))(((((.........))))).....((((.(((.(((((((..(((((((((((((...((((((..(((((((((((......(((((..(((((((..(((((......(((.(((.((((((((.((((((((((.......))))..(((((((((((((((((.((((((...(((.........))).....))))))..........((....))................))))))))))))))))))))).))))))).....))).))).))))))))...))))))).))))))))))...))))))..)))........(((((((((((..((.(.(((((..........))))).)))...(((((.((((((((..((((.(((.((.((((...(((......(((....((((((...))))))....))).......)))..))))....((((...(((.((((((((((((((.((.......)))))))))))...)))...)).)))))))..........)).))))))).)))))))).))))).)))).))))))))))..)))..)).))).)).)))...(((((.....))))).....))))))).))).))))(((((((.(((....).))..))))))).))))))))))(((((.((.((((..((.((((((..(((.....)))..))))))(((((((((((((..........)))))))...))))))....))..))))..)).)))))...........))))))))...)))))))))))(((((((((((...((((...((((((((.............))))))))....)))).)))))))))))((((((((((..((((.((...((((((.......((..(((......)))..)).......)))))).)).)))))))).((((..((((....)))).))))...(((((..((((........))))..)))))...))))))(((.((.((.((((((..(((((((((....))))))))).......((.((((((((((((...........(((((.((((((....)...)))))........((((((.........)))))))))))((((.(((..((((....))))..))).))))((((((((((((((((((((.......)))))))))))))......)))))))..)))))))))))).))..)))))))).))))).....)))))....))).))))).....((.(((((((.(((....)))...))))))).)).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,((((((((..(({(({,..{{({((({{{{,{(((((({((,.(((..((((,...}}}|||}|.,||.||||,........}}},|,}}}}||}{{{(.({{((((..(((((({.{{{{{...............})))},,(((.(({(({(.(((((...,{(((,...||.}.))}}))))}.))}),...}}|,|||.,{.{((,,..,,,,.((((.{{.....)).))))})}}.}))))))...)))},.}||.}|||.|{{((,{{{{||{........((((((({(((...((((.(((.(((((({,.{({((((((((((...((((((..((((((,.(((({....{((((..((((((({.(((((,......{{.{{,.,,,,|,{{{((((({,({{,,,,..{||,...(((((((((((((((((.((((((,,,(.,.........))),....))))))..........{,....},................))))))))))))))))),,,,})).,))}....}))).)))))))))))).}}))))))).))))),})))},.))))))..)))........(((((((((((..((.(.((((({,.....,}.))))).)))...(((((.((((((((..((((.(((.,,.((((.,.(((...{{.,,....}|,{,(({{{||||,,..}}))),,,},..))).,))))....((((...(((.((((((((((((((.((.......)})))))))))...)))...)).)))))))....{,....))}))))))).)))))))).))))).)))).))))))))))..)))..)).))).)).}}),,.(((((.....))))).....,)))))).))).))))(((((((.({,....,.)}..))))))).(((((({{((({.{((((((.....(({({{(,(((.((((((((((((((,...((((((((((((((({(((.(((..((((........)))))))...)))).})))))){{{{,,.,,....,}}..))})),,,,,)))))))))))))||)))))))).}))..})},.)))}))))))),))))}))))))..))).}.)))))))..(((((((((((((......))).))))).......))))).,{{{......}}}}.....,.,}}}}{{|||||,,|,||{,{(((({..((((....)))).}))).},,,|||,.{|||}}}}}.,.})))|,||||},..,}|||},{,.{(((...{(((({.,,,||||||...})))||}}},.,,....,,.{{{({{{{{({{.,..,......(((((,((((({....}...)))))........{(((((.......,,)))))))))))((((.(((..((((....))))..))).))))((((((((((((((((((((.......)))))))))))))......)))))))}.))))))))))))}))}}}||}|||,({{{{{,.{{{.|,,,.,.))),,)))))}}},,|{.{||||||,{{{....}}}...)))))}}.}}.
Back