Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-DAD1-2:23
Sequence Length
1162 nt
GC Content
0.4819
GACAGCCUCAGACUCAGGGCUGGGACCCUUGGGACUCAAAAGAGAGAAAAGGUGGAGAAAAGAGAAAGCUACUAUUUUCUUCAUUUUGCCCCUGCUAACAUCCAAUGCACUUAGGAGCCUCGAUGUCUGCUCUCCAAGAGAUGUCUGAUCUGAAAGCAUGUUGUGGUCCGCUACACACAAGAGCAAAAGAAGAGCAGGAAGGAGCUCAGUGCCAAGACCAUAGCCACAGGAAGAAAACCAGCUCUUAGGGCUGCAGCUCUAAAGACAGGCCAGGUCAUUACAGGAACGUCUGCUCCCUUAGCCUUGCCAGACAGAGGAGGGUUAAGAAAGGAACUGCUGACCCUGAUAUGCAAACUGCCACGAGUGCUUCCUGCCUUUCUAUCAGCAUCAGAUGGCUAGCGAUGGAUGGCUGUAAGAUUGAUGUAAUUAACAUUUUAUUUUCAGGGCCACAGUGCUGGUUGGGUGCACCAGACAAAUCAACCAACAGAUUAAAGAGUGAUGGAGAAAGCUGUGUUUUGGGCCUCAUUUGGGAACAGAAUGGAAGAGCUGAGGGUGGAAGGGACCUCAGCAAGUCUUCUGAUCCAUGUUUCAACCUUCAUUUCCCCGAUAACCUCAAGGAGAGAGUUGCUUUUCCUGUUCUUCAAAUGAGUUCCUUGAAUUCACACUCUAUUUCUUUGAAUUUGCACAGACUGUUGAGGAACAGGCGGCAGGGUCACUCUACCUCUGCUCAGACAAGCCUGGAAAAGAAAAAUUUUACAUAGAAGACUGAGCUGGAAGAGGCCUGGGAACUUGGGAAUUCCCACUUCCACACUGCCCACUCUAGUUCUCAAGAGGCGGCAGCUAUGCUGCAGUACAGACCACUGAAUUUAGAUUCAGGAAUCUGGGUUUAUAUCUCACUCCUCCUCUUACUUGCAAGUCACUUACCACACCAGGCCUCGGUUUCCUGGACAAUAAAAUGGGGAUAACGUUGCCCCAUGUGGUUGUUGGUGGUCAUGAAAUUAUGCACACGAGCACGCCUUGUAAUCUAGGUUAGACCUGCACUAACCUAGAUUAGCUGACCAGGGUGGAAGGUGGGAGGGGCAGGCUUCAGUGUGUGACUUACCUAGAGGCCAAGGGGAGUCACCAUGGAUAGGGCAGCACUUGUAAGUCCUCUGCUCUCUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-388.1 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -408.83
Frequency: 0.0000
Diversity: 199.45
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((........))))))....((.((((((((...........(((((((((((((.((.......)).)))))))))))))((((((.((..(.(((..((((..((((((((((((((((((((((...))))..(((((((((((..((.(.(((((..........))))).)))...(((((.((((((((..((((.(((.((.((((...(((......(((....((((((...))))))....))).......)))..))))....((((...(((.((((((((((((((.((.......)))))))))))...)))...)).)))))))..........)).))))))).)))))))).))))).)))).))))))).(((((((.((..(((((.((((((.(((((.....)))))..))))).).))))))).)))))))(((.....)))..............((((((..((((.(((((((.....((((..(((((.((((((((((((((....(((((((((((((((((((.(((..((((........)))))))...)))).)))))))(((((..((.....))..))))).....))))))))))))).))))))))).)))...))..))))))))))).)))).))))))..))))).)))))))..(((((((((((((......))).))))).......)))))...........................((((((((...(((.((((((..((((....)))).)))).))..)))...))))))))....((((.((((((...)))))....((((...((((((....))))))...))))(((....)))...).))))))))))..))))........(((((.((((((....)...)))))........((((((.........)))))))))))((((.(((..((((....))))..))).)))).(((((((((((((((((((.......)))))))))))))......))))))))).)..)).)))))).((((((((.(((.....))))).)))))).....))))).))).))..(((((((.(((....)))...)))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
,.{(((((....,,,,|||}}}...,||.||||,(((....,,},,..{((((((((((((.((.......)).))))))))))))|((((((.(({.(.(((..((((..(((((((((((((((((({(((,..,))),.(((((((((((..((.(.((((({,.....,}.))))).)))...(((((.((((((((..((((.(((.,,.((((.,.(((...{{.,,....}|,{,(({{{||||,,..}}))),,,},..))).,))))....((((...(((.((((((((((((((.((.......)})))))))))...)))...)).)))))))....{,....))}))))))).)))))))).))))).)))).))))))),(((((({.({..(((((.((((((.(((((.....)))))..))))).).))))))).))))))){((.....})},.............(((((({{((({.(((((((.....((((,{(,(((.((((((((((((((....((((((((((((((({(((,(((..((((........)))))))...)))).})))))){(((,,.,,.....||..)),))}....)))))))))))))}})))))))).}))..}))..)))))))))))})))),))))))..))))).)))))))..(((((((((((((......))).))))).......))))).,,{{......}}}}........,...((((((((.,.(((.((((((..((((....)))).)))).))..)))...))))))))....{{{({((((,,..})))))....((((...((((((....})))))...))))|||.....,,...,.}},,))))))..))))........(((((,((((({....}...)))))........{(((((,......,,)))))))))))((((.(((..((((....))))..))).)))).(((((((((((((((((((.......)))))))))))))......))))))))).).})).)))))))||||{(,({(,({{{{{|,|||.},,,,}.}}}.}))))}))),}|{.(((((((.(((....)))...))))))).}}.
Back