Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-DAD1-2:27
Sequence Length
4311 nt
GC Content
0.4259
GCAUUUCUGGCUUGUCCUCCACAGCCUCCACAUUCAUGGCCAGAAAGUCAAAGUCAUCUUCAGGGUUGCUGGGAUUUUCAGCGAGUGGUGUCCAGCAUGUUGGCGUGACUGCCUAGGAGAUAUAGGGUCACUUCUGCUCUGCAUUUGGGAAGGGGCUUACCCAUGUCUUUGAAACUGUGCACACACUCAAAAAGAGAUAAUAAAGCACAAGGUGGCAAAAAGAAUGAACAUAAAUUCCUUAUACAACUCAAUGACAACCUCGCUCACCCUGGAAGGAGCUUGGAUUUGCAGCUGUAACAGCUCCCUCUUGUGACUGUAUAUGUGAACUCCUUUACAUAGAACUAGGAACCAAGUCAGUUAGCAAUCUUUCAGGGUUUGUGUUUCAGGUCUAAAGAUAGAUUAUUUUGGAUGUGCUACCUCCCUCUAGUGACAAGGCUCAGCAAAGAGCUUCCUACCAUAAUUCUCUAAGAAAGAUCAAAUUAUUUUCAGUCACUUUGGGGUUUUAGAAUUAUUUCCUAAAAUUCAUAAGGAAACAAAAAAGAGCCCACAUUGCCAAAGCAAGACUAACCAAAAAAGAACAAAUCUGGAAGCAUCACAUUACCCAACUUCAGGCUAUGCUCUAAUGCCAUAGUCACCAAAACAGCAUGGUACUAGUAUAAAAAUAGGCACCUAGACCAAUGGAACAGAAUAGAGAAGCCAGAAAUGAAGCCAAAUUCUUACAGCCAACUGAUCUUUGACAAACCAAACAAAAACAUAAUGUGGGGAAGGGACACCCUAUUCAAUAAAUGGUUGUGGGAUAAUUGGCUAGCCACAUGUAGAAGAAUUAAACUGGAUCCUCAUCUCUCACCUUAUGCAAAAAUCAACUCAAGAUGAAUCAAGGACUUAAAUCUAAGACCUAAAACCAUAAAAAUUCUAGAAGAUACCAUCAGAAAAACCCUUCUAGACACUGGCUUAGGCAAAGACUUCAUGACCAAGAACCCAAACGCAAAUGUAACAAGAACAAAGAUAUAUAGAUGGGACCUAAUUAAACUAAAAAGCUUCUGCACAGCAAAAGAAACAAUCAGCAGAGUUGACAGACAACCCACAGAGUGGGAGAAAAUCUUCACAAUCUAUACAUCUGACAAAGGACUAAUAUCGAGAAUCUAACUCAAUGACUCAAAUCAGCAAGAAAAAACAAACAAUCCCAUCAAAAAGUGAGCUAAGGACAUGACUAGACAAUUCUCAGAAAAGAUAUACCAAUGGCCCACAAGCAUCUGGAAAUGCUCAACCUCAUUAUUUAUCAGGGAAAUGCAAAUCAAAACCACAAUGUGAUACCACCUCACUCCUGCAAUAAUGGUCAUAAUAAAAAAAUUUAAAAAAAUACCCAUUGGUUUGGAUGCAGUGAAAAGGGAACACUUUUACACUGUUGAUGGGAAUGUAAUCUAGUACAACCACUAUGAAAAACAGUGUGGAGAUUCCUUAAAGAACUAAAAGUAGAUCUACUGUUUGAUCCAGCAAUCCCACUACUAGGUAUUUACCCAGAGGAAAAGAAGUCAUUGUACAAAAAAGAUACUUGCACAUGCAUGUUUAUAGCAGCACAACUUGCAAUUGCAAAAAUAUGGAACCAGCCCAAAUGCCCAUCAAUCAAUGACAGAAUAAAGAAAAUGUGGUAUAUAUAUACCAUGGAAUACAACCCAGCCAUAAAAAAGAACAAAAUAAUGGCAUUUGCAGCAACGUAGAUGGAAAUGGAGAUUAUUAUUCUAAGUGAAGUGUAUUCAUCUGUUUUCACGGUGCUGAUAAAGACACACCCGAGACUGGGCAAUUUACAAAGAAAGAGGUUUAAUUGGACUUAUAGUUCCAUAUGGCUGGGAAAGCCUCUCAAUCAUGGCGUAAGGCAAGAAAGAGCAAGUCAUGUCUUACAUGGAUAGUGGCAAGCAAAAAAUGAGAGAGAGCUUGUGCAGGGGAAUGCCUCUUUUUAAAACCAUCAGAUCUUGUGAGACUUAUUCACUAUCAUGAGAACAGCAUGGGAAAGACUUGCCCGCAUUAUUCAAUUACCUCCCACUGGGUCCCUCCCACAACACAUAGGAAUUCAAGAUGAGAUUUGGGUGGGGACACAGCCAAACCAUAUACUUCCACCCCGACCCUUCCCAAAUAUCACUUCCUUGCAUUUCAAAACUAAUCAUACCUUCCCAACAGUCCCCCAAAGUCUUAACUUAUUUCAGCAUUAACUCAAAAGUCCACAGUCUAAAGUCUCAUCCGAGACAAGGCAAGUCCCUUCCACCUAUGAGCCUGUAAAAUCAAAAGCAGGUUUGUUACUUCCUAGAUACAGUGAGGGUACAGACAUUGGGUAAAUACAGCCAUUCCAAAUGGGAGAAAUUGGCCAAAACAAAGGGGCUAUAGACCCCAUGCGAGUCCAAAAUCCAGCGGUGCAGUCAAAUCAUAAAGCUCCAAAAUGAUCUCGCUUGACUCCAUGUCUCACAUCCAAGUCACACUGAUGUAAGAGGUGGGCUCCCAUGGUCUUAGGCAGCUCCACCCCUGUGGCUUUGCAGGGUACAGCCUCCCUACUGGCUGCUUUCAUAGGCUGGCAUUGAGUAUCUGUAGCUUUUCUAAGUGUGUGGUGUAAACUGUCAGUGGAUGUACCAUUCUGGGGUCUGGAGGAUGUUGGCCCUCUUCUAACUGCUCCACUAGGCAGUGCUCCAGUAGAAGCUCUGUGUGGGGGUCCAAUCCCACAUUUCCCUUCAACACUGCCCUAGCAGAAGUUCUCCACGAGAGCCCUGCCCCUGCAGCAAACUUCUGCCUGGACAUCCAGGCGUUUCCAUACAUCUUCUGAAAUCUAGGUGGAGGUUCCCAAACCUCAAUUCUUGACUUCUGUGCACUUGCAGGCUCACCACCAAGUGGAAGCUGCCAAGGCUUGAGGCUUGCACCCUCUGAAGCCAUGGCCUGAGCUCUAUGUUGGCCCCUUUCAGCCAUGGCUGGAGCAGCCAGAAUGCAGAGCACCAAGUUCCUAAGCUGCACACAGCAUGAGGACCCUGGGCCCAGCCCAUGAAACCACGUUUUCCUCUGAGGCCUUCAGGCCUGUGAUGGGAGGGGCUGCUGUGAAGACCUCUGGCAUAACCUGGAGACGUUUUCCCCAUUUGUCUUGAGGAUUAACAUUUGGAUCUUCAUUAUGGCUUGAAUUUCUCCUCAGAAAAUGGGAUUUCCUUUUCUAUUGCAUUGUCAGGCUGCAAAUUUUCCAAACUUUUAUGCUCUGCUUCCCUUAUAAAACUGAAUGCUUUUAACAGCACCCAGGUCACCUCUUGAAUGCUUUGGUGCUUAGGAAUUUCUUCUGCCAGAUACUGUAAAUCAUCUCUCUCAAGUUCAAUGUUCCACAAAUCUCCAGGGCAGGGGCAAAAUGCCAACAGUCUCUUUGCUAAAACAUGACAAAGUCACCUUUGCUCUAGUUCCAAGCAAGUUCCUUAUCUCCACCUGAGACCACCUUAUCCUGGAAGAUGAUAUUGUUUACAUCACUAUCAGCAUGUUUGUCAAAGCCAUUUAACAAGUCUCUAGGAAGCUCCAAACUUUCCCACAUUUUCCUGUCUUCUUCUGAGCCCUCCAAACUGUUCCAGCCUGCACCUGUUACCCAGUUCCAAGGUCACUUCCACAUUUUCAAGCAUCUUUUCUUCAAUGCUCCACUCUGCUGGUACCAAUAUGCUAUGUUAGCCCAUUUUCAUGCUGCUGAUAAAGACAUACCAGAGACUGGGCAAUUUACAAAAGAAAGAGGUUUAAUUGGACUUACAGUUUCACCUGGCUGGGGAAGUCUCACAAUCAUGGCAGAAGGCAAGGAAGAGCAAGUCACAUCUUGCAUGGAUGGUGGCAGGCAAAAAAUGAGACAGCUUGUGCAGGGGAACACCUUUUAAAACCAUCAGAUCUUAUGAGACUUAUUUACUAUCAUGAGAACAGCAUGGGAAAGCCCUGCCCGCAUCAUUCAAUUACCUCCCACCAGGUCUCUCCCACAAGACAUGGAAAUUCAAAAUGAGAAUUUGAUGGGGACACAGCCAAACCAUAUCAUGAAGUAGCUCAGGAAUGGAAAACCAAGCAUCGUACAUUCUCACUCAUAUGUGGGAGCUAAACUCUAAGACACAAAGGCAUGAGAAUGGUACAUUGGACUUUGAGGACUCGGGGGAAGGUGUGGGAGUGGUGAAGGAUAAAAGACAACACAUUGGGUACAGUGAACACUGCUUGGGUGAUGGGUGCACCAAAAUCUCAGAAAUCACCACUAAAGAACUUAUUCAUGUAACCAAACAGCACCUGUUCCCCAAAAACCUAUUUAAAAUUUUUUUAAUAAAAUAAAAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1135.87 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1218.08
Frequency: 0.0000
Diversity: 928.84
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((((((.((.((((..(((...........)))..(((((((..(((.((((...)))).)))..))))))).....(((((((((((..((((((.(((((..((((.......))))))))).))...(((((.(((((.(((((((((.....(((((((......(((....)))......)))))))..........((((((((....((((........))))...................(((((((..(((((((((((.(((..((((((.(((((...))))).......((..((((.((((((((....))))))))..)).))..))))))))....)))..)))))))))))..)))....))))((((((........))))))...))))))))((((..((((((.((((((......))))))......((((((.(((.....)))...)))))).....))))))..))))...........((((((..........)))))).......)))))).).)).))))))).))).............))))...))))..)))))))..............((((((((......).)))))))............((((.((((...............)))))))).))))........)).)))))))))))).((((((..(((((((((((.......((((......))))............((((((........))))))........)))))))))))...)))))).........((((((((((...((((.(((((((((.........................))))))....(((.((((....)))).)))..............((((((((.................))))))))..((.......((((.((((((.(..((.................(((.......)))........(((.(((((....................(((((...................)))))((((.((((((.(((((...)))))....((((((((((.........(((......)))........(((.......)))..(((......)))..............(((.((((((((....(((.((((.((...............................))..)))).))).(((((......))))).....((((((((...(((((......................((((.......))))))))).))))))))...........................(((......)))..(((((((((((......))))).)))))))))))))).)))..((((((......)))).)).......))))))))))......(((.(((....))).)))..))))))...))))..))))))))((.(((....))).)).))..).)))))).)))).......))....(((((..((((.(((...........))).))))..)))))......))).))))......(((((((((.....)))...............(((((((....))))))).........((((((((((.....((((.......((...(((((((((.(((....(((((((((((.(((..(((.....)))..))).)).)))))))))))).))))).))))..))..((((....))))................((((((....))))))...))))..)))))))))).(((((((((..((((.((.....))........((..(((((((((.....))))).))))..)).....))))))))).))))((((.(((.((.(..((((((.....(((((.(.((((((((.............)))))))).).).))))))))))))).)))))))(((((..(((((((((((((((.....)))).........(((((.((((.(((.(((((((.((((..............................)))).))))))).)))....)))).)))))............((((((((...(((((..((((((((..................(((....)))............(((((....)))))..(((..((((((((.....((((((((((..........))))))))))..(((((((((.((.(((((((..(((((((((((.((((.(((((.........(((((((((((((((.......((((.......))))..(((((..((......(((...................)))......))..)))))..((.(((((.(((.(((((..(((...)))))))).))).))))).))(((.((((((.(((((((((.(((..(((((((((.(((((.((((((((((..((((.((((((((.((.(((...(((((..(((((.........(((((.(((.((..((((((((((((.(((.......((((((...........))))))........))))))))).)))))))).)))((.((((....((((((((......))))))))....)))).)).((((....((((..((((((...)))))).))))....))))........(((((((....)))))))........(((((..........)))))((((((....))))))........((....))))))))))))))))))))))..)))))))).)))))))...))))).)).))))).)))))))))((((((((((((...(((((..(((.((((....)))))))..))))).....))))).(((.(.((((..((((....))))...)))).).)))((((((.....(((((...)))))...))).)))..)))))))......))).)))))))))...))))))..))).........((((((...........))))))(((((((........)))))))....)))))..)))))))))).((((((.((.....))))))))............)))))...)))))))).......))).))))...)))))))....(((..((((......))))..)))........(((((((((((((((((..(((((..(((..(..((((..........))))..)..)))......)))))....((((((((((.(((((((...))))....(((((((((((..(((..(((((((....))))).))..)))...))))))................)))))..)))..)))))).))))((((.((.......)).)))))))))......))))).)))))))...)).))))))))).................(((((((((((((((((((.........(((.((((((((((.((((..............))))))..................((((((......(((.(((.(((.((((((......((((.(((((((.(((....)))..))))))).)).))))))))))).))))))......))))))...((((..(((((......)))))..)))))))))))).))).......))).)).))))))).)))))))(((((......))))).(((((((((((((((.............))))))((((((......(((((....(((((.(.((((((((.............)))))))).).).)))))))))))))))...)))))))))...........(((.((((........)))).)))((((((.......)))))))).))))))...)))...((((.((.(((......))).)))))).............(((((((((((..(...((((((((.....))))....))))...)..))))))).))))...)))))))).)))))...))))))))))))))..))))).))))).............))))))((((....)))).(((((.(((((((((..........(((((...................))).))..........))))))))).)))))............))))))))))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((((((((.((.,,,...(({.........,,|||..(((((({..(({.{{{{...}))}.))),.))}}))).,,,.(((((((((((..((((((.(((((..((((.......))))))))).,,.,,(((((.(((((.(((((((((.....{{((((({,...{((((....,{((.....)))........))))}((((((((....((((........)))).,,............},..,{{,(((..(((((((((((.(((..((((((.(((((...))))).......((..((({.((((((({....})))))))..}}.))..))))))))....)))..)))))))))))..)))....}}|{((((({,,,...,,))))))},.))))))))((((..((((((.((((((......))))))......,{,,{{.({,..,,,}}}...,}}}}}.....))))))..)))),{{{{{,....,{|{||,,,.......))))}}.,.....)))))).).)).)))))))},)}.............}})}...)))),.})))))).....,,.......||{{{(({.....,|||}||||},{{,........||||,|||{..........,,,..}))))}},.))),........)).)))))))))))).((((((..(((((((((((.......,(((......|},|,,.........,||{{({.,{{,...)))),},,......)))))))))))...)))))).......,,(((((((((({{{..((,{{((((((({{{.,{{{,{{,.....,,.......},)}}....(((.((((....)))).)))..............((((((((.................))))))))...{|{{{|.{{{{..{,,{{{.,,.||..}...,,.........{||...........,{,|.|,{{{||{{{{,|,.............,,{|{{(((...................}}})}|||,,..,.,..(((({...|||||{{...,{{{{{{{,.,,,,,...|{{......}|,........(((.......}}}.,{{{,|,...,|,....,.........(((.((((((((....(({.{({,.{{...,..||,{.....|||.,....,,.,..,||{{|||,.,,,.(((((......))))).....{(((((((...(((((.........,,...........{{{{.......})}}})))).)))))))}..............,,,..........|||}}}}}.}},..(((((({((((,.....))))).)))))))))))))).)))..{{((((.....,||}},|,....,}.}))))}|}||,,,...,{{.{{,..,{|||.||}..|}}}}},},.}),..}}}}}}}}||,|||....}||.,}.)}....},}|||||||,........,....{((((..((((,(((.......,.,.}}}.))))..)))))..,,{(((,.,.,,.,,,..||{||||,...},,}}},..............(((((((....))))))){,.......{{{{((((({.....,,,,.......|||,.(((((((((.(({...{(((((((((((.(((..(((.....)))..))).)).)))))))))))).))))).}))}..}...((({....}))),...............{{{{{,...,}}})},...))))},)))))))))}..||||,,,,..,,.,}))|||||||{.{{....{{..{||,|||||}}}.,|||||{||||,,||......,}||||||,||,},{{{.{{{.,,.|}}||||||.....(((({.{.((((((((.............)))))))).}.).))))}}}})})))}))}}})}}}}||,.,,,,|||||||||||,,,,,)}}}.........(((({.((((,(((.(((((((.((((............................,.)))).))))))).)))..},)))).)))))........,{{{((((((((...(((((..(((((((,..,,|,......,......{{..,,|||,....,,,,...(((((....)))))..(({..((((((,{{,...{{((((((((..........))))))))}}..(((((((((.((.(((((((..(((((((((((.((((.(((((........,(((((((((((((((.......((((,....,.))))..({(((,,((......(((,{,,.,.....,,|,,...}}}......)),.))))),.||.{((((.(((.(((((..{({...}))))))).))).))))).}}{{{.((((((.(((((((((.(((..(((((((((.(((((.((((((((((..((((.((((((((.((.(((...(((((..((((({,.,,,,.{{((((((((.{...((((((((((((.(({.......((((((.,,,,......}}}))),.......})))))))).)))))),,..,.((.((((....((((((((......))))))))....)))).)).((((....((((..((((((...)))))).))))....))))........{((((((....))))))}...))))))),}}}..|||.,{.|{{,.((((((....))))))...,}}.}}..,,.,,,},.,)))))))))))))))..)))))))).)))))))...)))))},).))))).}))))))))((((((((((((,{.(((((..{{((((((....)))))))..))))}.,,..)))))..,,.(.((((..((((....)))).,.)))).,.}|(((((((.....(((({...}}))),..))).)))),)))))))......))).)))))))))...))))))..})).....{{{,(((({{...........))))}|{|||{{{.....,,,))}))))}...)))))..)))))))))}.{(((((.(({....))))))))....,,,,,...)))))...)))))))),......})).))))...)))))))....{((,,((((,.....||||,,}||{,......,{|{,{||||{||||||..(((((..,,,{{{..(((...{{.....,},,}.,,...}}......)})}}....{(((((((((.(((((({...})))....({{{(((((((..(((..(((((((....))))).))..)))...))))))........,,,.....))))}..)))..))))))},)))((((.((.......)).))))}}}},...|||}))))},))))),...)).))))))))).,,,,............(((((((((((((({((({.........(((.(((((((({(.(((({..,,...},..,.})))},..................((((((......(((.(((.(((.(((((,.....{((((.(((((((.(((....)))..))))))).)).))))))))))).))))))......))))))...((((..(((((......)))))..)))))))))))).))).......})}.)).))))))),,))))))(((((......))))).}}}}((((((,(((,....,{{{{....|{.,|.((((((......{{{{{....(((({.{.((((((((.............)))))))).}.}.))))}}}}})))))),,}},))))),.....}}}.}}}|||.((((........)))).}))|{{{((.......)))))))}.))))))...)))...((((.((.(({......))),)})))).............(((((((((((..{...((((((((.....))))....))))...}..)))))))}})))..,)))))))).)))))...))))))))))))})),))))},))))...........{{{||,,,.|||},....}}}.{((((.(((((((((..........,,,,,............|,.....})}.||,......,,,))))))))).))))}...}}..}}},.,})))))))}............
Back