Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-DCTN5-2:2
Sequence Length
1024 nt
GC Content
0.4365
GCUGGGCGUGGUGGCGGGCACCUGUAAUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAGGCAGGAGAACUGCUUGAAUUGCUUGAACCUGGGAGGCGAAGGUUGUAGUGAGCAGAGAUCGUGCCACUACACUCCAGCCUAGGUGACAGAGACUCUGUCUCAAAAAACAAACAAAAAAACAAAACAAAAAAAAACAGUUGGACUUGAAUGUUUUUAACUGGGCCCCAUCACUCCUUUUUGAAUAGUUUGUGUUGCCAGUCACACCCUGUAGGGUUUGUAGCCUGACUUUUCAAGCAGUGUGGUGGUAGGGAGUCCAAGGAAGUUGAGUGGACUGUUUUGGACGUCUUUGGAGGAAUUGGUGUGGAUGGGUAAUGACUUAGUAUUUCAUUGAAAUGUUCAUUUCUCUCGAGUUAUUUCUGGCAGAGGAUAGCUCUAGUAGUCCCCUUCUCUUUUCCAAACACCUUUACCUUUGUCCUAAUGAAAGUACUUAGUUAUCUCUUUGGGCAGAUGCUAUUUCUCUAGCUAAAUUAACAUGUCAUCAUUCACAGUUGGAAAACUGUGGCUGUGCUUUUUCAUUUUUAGAGAAAUGUUUUUAAAAUACAGAAAAGAGGCUGGGCGCAGUGGCUCACACCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGUGGGUGAGUCACUUGAGGUCAGGAGUUUAAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCUGUCUCUACUGAAAAUACAAAUAUUUAGCUGGGCAUGGUGGCGCGCACCUGUAAUCCCAGCUACUUGGGAGGCUAAGGGAGGAGAAUCGCUUGAAAGUGGGAGGCGGAGGUUGCAGUGAGCUGAGAUUGCACCGCUGCACUCCAGCCUGGGCAACAGAGAGAGACUCCAGCUCAGAAAAAAUAAAAAUAAAAUACAGAAAAGAAAGAGAAUAACUGUCACAAACCCAUAUAUCCAUCACUGAGAAGUGGCAAUUGUAAAUAUUUUGUAAUUUGCUUUAAUUUUUUUAAAUAAAAGAAAUAAAGUUUAUUCACAGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-311.8 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -332.73
Frequency: 0.0000
Diversity: 240.7
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((...((((.....))))......))))))..(((((....)))))((((.....))))...(((((((..(((((.........)))))((((((.(((.......))))))))).((((((((((((.((((((...)))))).).(((((((..(((...(((................)))....)))..)))))))..)))))).(((((((..((.((((((.((((.(.(((((.((....((((....)))))))))))).)))).)))))).)).))))))).((((.((((((((.((((.....)))).)))))))).)))))))))...(((((((((((((((..((((..(((..(((...(((((....)))))......(((.((((((((.(((..(..((((.((.((((.....((((((((.............((((.(((((.((.(..((...))..).)).)))))))))...(((((((((((..((((......(.((.((.((((((((....)))))))).)))))......)))))))))))))))...........(((...((((((.((((((((((((((((((((....((((((....)))))).....))))..))))))))))...(((((((.(((...)))...)))))))......)))...))).)))))).)))..............((((((((((.((((.....))))))....))))))))(((((....))))))))))))).(((((....))))).((((((((..(((((((.((.......))..))))))))))).)))))))).))))))..)..)))..)).)))))).))).........................)))..)))))))...)))))....)))).)))))).....))))))).........(((((((..((((((.(((((((....))))))).))))))..))).)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((({,,((((.....)}})|,...,|||||}..{(((({.,,||,||((((.....))))}}.|,{{||}},,,|||}|},.|,..,||}{((((((.(((.......)))))))))){{{{{{|||{{|.((((((...)))))).}.,,,,,,,..,,,....,,..............{{|||,...,}}..}))))))..)))}}}.(((((((..((.((((((.((((.(.(((((.({....((((....))))}))))))).)))).)))))).)).))))))).{(((.((((((({.((((.....)))).)))))))).)))}))))}...,((({((((((((((..((((..{{(,{(((..,|||,{,{{,,|{{{{.,...{((.((((((((.(((..(..((((.((.((((..,{{((((((((.....{{{,..,.(((({((,{{.((.,..{,...,}..}.)).}}))))))).,.{((((((((((..((((.,,...(.((.((.((((((((....)))))))).)))))...,,.))))))))))))))),..........(((...((((((.((((((((((((((((((((,...((((({....}))))).....)))),.})))))))))...(((((((.(({...}))...)))))))......}}}...))).)))))).)))...........,..(((((((({(.((((.....))))}}....)))))))).,||}}}}}.,,,))))))))).,((((....))))|,(((((({(,.(((((({.{{....,,,)),,)}))))})))).))}})))).))))))..)..)))..)).)))))}.,}}..............,,...,,,,},))},,}}}))))...))))),..,)))).||||,,..}}})||||}}.........||||{{{..((((((.(((((((....,)))))),))))))..}}}.}))),
Back