Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-DLK1-35:10
Sequence Length
1752 nt
GC Content
0.5776
AGCCCCUAGCGCAGACGGCGGAGAGCAGAGAGGGAGCGCGCCUUGGCUCGCUGGCCUUGGCGGCGGCUCCUCAGGAGAGCUGGGGCGCCCACGAGAGGAUCCCUCACCCGGGUCUCUCCUCAGGGAUGACAUCAUCCGUCCACCUCCUUGUCUUCAAGGACCACCUCCUCUCCAUGCUGAGCUGCUGCCAAGGGGCCUGCUGCCCAUCUACACCUCACGAGGGCACUAGGAGCACGGUUUCCUGGAUCCCACCAACAUACAAAGCAGCCACUCACUGACCCCCAGGACCAGGAUGGCAAAGGAUGAAGAGGACCGGAACUGACCAGCCAGCUGUCCCUCUUACCUAAAGACUUAAACCAAUGCCCUAGUGAGGGGGCAUUGGGCAUUAAGCCCUGACCUUUGCUAUGCUCAUACUUUGACUCUAUGAGUACUUUCCUAUAAGUCUUUGCUUGUGUUCACCUGCUAGCAAACUGGAGUGUUUCCCUCCCCAAGGGGGUGUCAGUCUUUGUCGACUGACUCUGUCAUCACCCUUAUGAUGUCCUGAAUGGAAGGAUCCCUUUGGGAAAUUCUCAGGAGGGGGACCUGGGCCAAGGGCUUGGCCAGCAUCCUGCUGGCAACUCCAAGGCCCUGGGUGGGCUUCUGGAAUGAGCAUGCUACUGAAUCACCAAAGGCACGCCCGACCUCUCUGAAGAUCUUCCUAUCCUUUUCUGGGGGAAUGGGGUCGAUGAGAGCAACCUCCUAGGGUUGUUGUGAGAAUUAAAUGAGAUAAAAGAGGCCUCAGGCAGGAUCUGGCAUAGAGGAGGUGAUCAGCAAAUGUUUGUUGAAAAGGUUUGACAGGUCAGUCCCUUCCCACCCCUCUUGCUUGUCUUACUUGUCUUAUUUAUUCUCCAACAGCACUCCAGGCAGCCCUUGUCCACGGGCUCUCCUUGCAUCAGGGCUAAUCUCGGGCCUUGUCGAAGGAAGAGGCUGCAGACGUUAAUGAGGUUAGCUGCUGGAUUCCAGUAUUCGUCGCAUAAGGAUCCUUCUUUGUCUGCGAAGGAAAAACACACUGAUUAUCAUAAUGAGCAGGUUCCCAGUGCCCCCGACAAGCCCCUGCUGGUGUCUCCAUCUCCUGCCAAGCAUCCUCCAGUGCCUCCUCCUGUGGGCCUGGCCUCAGGGCUAUGGACAGACUCCUGUCCCAUCCCAGAGACCCCUCGUGAUCGUGCCCUGGCACGUGGGCCGUGGCCCGGCUGGGUCGGCUGAAGAACUGCGGAUGGAAGCUGCGGAAGAGGCCCUGAUGGGGCCCACCAUCCCGGACCCAAGUCUUCUUCCUGGCGGGCCUCUCGUCUCCUUCCUGGUUUGGGCGGAAGCCAUCACCUGGAUGCCUACGUGGGAAGGGACCUCGAAUGUGGGACCCCAGCCCCUCUCCAGCUCGAAAUCCCUCCACAGCCACGGGGACACCCUGCACCUAUUCCCACGGGACAGGCUGGACCCAGAGACUCUGGACCCGGGGCCUCCCCUUGAGUAGAGACCCGCCCUCUGACUGAUGGACGCCGCUGACCUGGGGUCAGACCCGUGGGCUGGACCCCUGCCCACCCCGCAGGAACCCUGAGGCCUAGGGGAGCUGUUGAGCCUUCAGUGUCUGCAUGUGGGAAGUGGGCUCCUUCACCUACCUCACAGGGCUGUUGUGAGGGGCGCUGUGAUGCGGUUCCAAAGCACAGGGCUUGGCGCACCCCACUGUGCUCUCAAUAAAUGUGUUUCCUGUCUUAACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-720.3 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -749.54
Frequency: 0.0000
Diversity: 484.64
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((....((((((.......(((((((.((.(((.(.(((((..(((..((.(((((((((((((((((..((((((((((((((.((((....((((...))))....))))....))))))(((((....))))).......((((((....)))))).......)))))).))..))))))))))))..))))).)).)))........((((((((.(((.((..(((...(((.....(((.(((((...(.((((..((((.((((......(((.(((((...(((.((((.((((((...((((..(((...(((..((((((......((((.....))))......((((((((((......))))))))))......((((((((....(((...(((((((.........)))))))((((......)))).((((((.((........)).))))))(((((((((.......(((.((((((((((((((......))))))).((.((((((((((.......((((....((((((((......(((((..(((..(((((((.....(((((..(((....(((((((...)))))))...)))..)))))((((((.((((.(((..(((.((......))..)))))).)))).)))))).)))))))..)))..)))))))))))))....))))..))))).))))).))..))))))).))).(((((.((((((.(((((((((((..(((((...((((((((...((....((((.(.(((((.((((((.(((.....))).))))).).))))).).))))....))..)))))))))))))..)))))))))))))))))))))))))))))))..(((((........)))))......)))))))))))......(((.(((((((..((..(((.((((...(((((.(((.(((((.((((((...))))))(((.(((((((((((....))))))..))))).)))........)))))..)))))))).)))).)))......))..))))))).))).))))))))))))...))))......))))))....)))))))))))).)))(((((((((((((....((((((....)))))).(((...(((....)))..)))(((((....))))).(((((.(..(((((((..(((.((.........)).)))...))))).))..).))))).((.(((((((.(((....((((....))))......))).)))))))))((((((.(((.(((...(((....)))...))).))).......((((..(((((..((((.((.((((..........))))))..))))..)))))))))......))))))..(((((.(((.((((...)))).)))((((..(((((...)))))..))))(((.(((...(.(((((((.......)))).))).).))).))).((((((...))))))....((((((.((...)).))))))...)))))..)))))))))).)))((((((....)).)))))))).)))).)))))...))))).)))...)))...)))..)).))).))))))))(((.(((((..............))))).))).))))).)))).)).)))))))......))))))....))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{,....{(((((.......(((((((.((.(((.(.(((((..(((,.((.(((((((((((((((((..((((((((..((((.,,,,..({((((,.((|......))))}}))),}},,(((((....))))).}.....((((((....))))))}}.))..)))))).))..))))))))))))},}}})}.}}.|||,.......((((((((,(((.((,{(((...({{.,,.,(({.(((({...,.{{{{..((((.{{{{,.{{{.{((,(((({..{(((.((((.((((((..,((({..(((...(((..(({{({.|....|{{{.....,})}......((((((((((......)))))))))),.,,,.((((((((....(((..{(((((((.........)))))))|{({......}))}.{(((((.(({......,)).)))))}(((((((((.......(((.((((((((((((((......))))))).((.((((((((((.,,..,.((((,...{(((((({.....,(((((..(((..(((((((.....(((((..(((.{{.(((((({...}))))))}}.)))..))))){(((((.((((.(((..(((.({......})..)))))).)))).)))))}.)))))))..)))..))))))))))))),,})))},,}))))).))))).))..))))))).))).(((((.(((((,{(((((((((((..(((((...((((((((...((...,((((.({(((((.((((({.{({.....}}}.})))).}.})))).},))))..},})},)))))))})))))..))))))))))))))))))))))))))))))),.(((((........))))),.....))})))))))),,....(((|{((((((..((..(((.((((...((((,,((({(((((.((((((...)))))}(((.(((((((((((....)))))),.})))).})),.......))))),.)))))))).)))).)))....,.))..)))))))})),.))))))}}}}})...)))).,....)))))}....)))))))))))).)))(((((((((((((....((((((....)))))),{{{.{{(((....}}},,}..(((((....))))),{((({,..||||{{{.|||||||||.,.,..{{{{((|,|,.{{||||||..({((({{,{,,(((((((.({{....(({(....}}}}......})).)))))}},}|{|,{{.(((.(({..,(((....)))...})).))}.||||,|{|||||{((({..(({{.,|,|||.,..,.,.},}}}},)),,))}}..)))))}}.},||},|(((|...}||||,.{{,.,|||,,,)}},.)))|{((..(((((...)))))..))))|||}||{,,.{.(((((((.......))))},)).).)),.}}},{{{{||.,,)))))).,,,((((((.((...)).)))))).}}))))}..)))))))))).))){{,(((....)))}})))))).)))).})))},..))))).)))...}))..,))),,}).))).)))))))){({,(((({.,|,,....}...,))))),))).))))).)))).)).)))))))......))))))....}}........
Back