Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-DLK1-35:101
Sequence Length
2963 nt
GC Content
0.5241
AGACAGCCACAUCCUAGCACCCUGUACAAUCAGUUAGUGGCCUUCCCACCAGCGCAGUCACUCAUUCCUAUUAGAUCCCGAUGAAGCCAGGCCCUGGGGUUUCCAUUUUCCCACCUCUUAGGGGAAUUGGGUUCCCCGCGUCCUGUGAUAUGUCAGCAAAUGUCCUCAGCCCUGGCCUGCACAUGUGGCCUCAGUGGUGGUCUUUGGGGUUUAACUGACGAAUGGAACAUUUUGGAUCAGGACUGAUGGGAGAAUCUCCUUUCAUUUUUCUUCACCUGGGGCAAUUACAUUCUAAGGAGCGGAAUAAAGGGCAUGUUCUGCCCAAAGCAUCAGGGCUCACAGGUCAGUCACAGCCAUUUAGGGAGGGCAUGUCACCCAAGGAGGGCUCGCCCUUCUUUCCAGAGCAUCCUCCGCUCUCAGCAGAGCUGCUUCUGCCCACCCAUCCCUCUACUAUAGCACUGAGCACUGUUUGCCCGUGUCAGAAUCCCUCACCCACAUGUUUAGCUUGGUAUCCGAGUUUGGGAGGCCGGCAAUGACUUUCAACAUGAAUUGCUCCAUCUACCCAUCCAUGCAUUUGGCCUACUUAUCUUGACCCCGUGCUUUUGGCCUUUUCUUCUCCUGAAAGCAAACCCUUUCAUUUUGGGUGGGCUGUGUAGCGCCAUGGGCUGUGGUUAUGAAGCAAACACCCUUUCUUGUAGCUGCCUCCUCCGGGGUUACUGCCCUGAGCACGUCCCAGCUGGAUCUCGUCUGCCACUGUCACCCAUAGCUUCUUCCCCAUGGUGCUUUCCAUGUGUCACACACCACGACUGUGACCCAGGGUCGGGGUCAAGAGUAGCCUGGGGCCAAGCCCUCCCACCCAUGAGCGGAGAAGUCCUCCCCAGGCCUCACCUUGCCUGGCGCAUGGUCCCUCCCAUGAGCUUUGCUUUCAGCCUUUCAGCUUCCUCCACAGGGUGGCAGUGGUUGUAACUCAUCCAUUCAUCCCUUCAUCCCUUCAUUCAUUCACUCACAGCCAACAGACGUUUUUAAAAAAUUAGCCAGUGCUAUACUAGAGCUGGCUCCCAAGGACCCGCUGCCGCAUUGCCUUUUGAAACAAAACAAUGAACACGUUGGUAAAGGGGCCGUGCUUGUGUGUCGGUGACAAGGCGAGAUCCCUGAGUCAGGUCAGGCUUGUAGAUUCGAGUUCUGUUGCGAGUUUGAUUGCCCCUCUGACUUUGUCCCCUGUACAACUAGGUUGAUUAGGAAUCAGCCAACUGUGUUCCCUGGGUGCUCAGAAAUCACAGCCCAUAUCCUCGAGAGGCCAAAAUGAGAGCCAGGGGGUUCCAAGAUGAGUGGCUGCUUCUGGCCGGGAGCAGGUUUUCAAGUCAUUAGAACACUCUGGCCUUUCCUGGAGGUGAUCUUGGAGCCAUUCCUGCCCCUUUCAAGAGGAGUUAAUGCCCAGCUCUGUUUAGAGAAAAUUGGGGGAGAUGAUUGCUCAUGUGGGUGAUAAGAAUCACCUCCCGUGCAGGGGUCUGCAUAGAACACUCCAUAGGCAAACCUGGGUGUCCAAGGCACGUGGCAUUUUGCAAACUCUGGGUGCAGCUCCGAGCUGUCCUGCAGGUCCCAGACCAGGUGAGAACUCCCUGAGUUCCUGCUGCCUGGGUCGGGGGUGAGGCAUAGGUCUUGGGGGUUCAACCUGGAAUUCUGAAUGUCAUUCAUUGCAUUGGAGAGGAAGGAGAGUAGGCAAAGCCAAGACCCUGGAACUGGACAAACUCGUGUGGUUUAAAGUCACUGUGAGAGCUGGAGUUGAGUCUGCCUACGGGGGAGGACUGCGGCACCUACCUCGCAGGGCUGUUGUGAGGAGCAAUGUAACCGUGAUUUUGAACUGUGAUUCUGGAAGGGCGGUGUGCGUGUCCCCGGGGGUGUGCCAGGGGAGUGAGGAGAAAAGGCCAGGGAGACAGCCUCACUCAGGCAGCUGAGUGGGAGAGCAUUUAUCUCUAAACCUGGAGGGGUAUAUGGUGGGACAGGAGGAAUUUGGGCAGGAACUUUCAUGCUAGGGGUUUGGGGGACUCGCUGGACAAUGCCCCUGGACCCCCCGGGGGUACGCGUUCACGCUCACCUCUGAGAGGCUGGAAACGCCUGGCUGUGCUUUCUGAAUGCUGUGUGCUUCCUGCCUCUGUGCCUGGCCUGUGUGCAGCACCUACUUGUGUCCGCCUUCAAAAGGCCCUUCUGGGUGGCGUCCUUUUCCCCAAAAUAUUAGGCACCAGCCAUCAAAGAUACUGCAUUGUUGCCUCCCCCACCCCUCCCCCCAACUGACAACAUUUGGGCUCAAAUGCAGCAGGCUGGGUGCCCAACACAGUGCCUGGCGAGUGGUAGCGCUUACGUUUCUUUUCUGUUGAAUGGAUGGAUAGCUAAUGAAAUUGUAACCAAUGACAAGCCUUGAUGUUUAUAACCUUUACUAAGAGAUUAUUAUUUUGCUCUUCAUGGACCUGUUAACAACCACCAUAUUGUAUCUUACGGACGUUUGUAUGCCACGUUUGAAGAGCAGGAGCCUUGUUUCGGCGUCAUGUUGAUGGAACUUGAGCUGUCUGAUGCGAAUCUGUGUUUUAUGUUAGAAAGCGCGUAGCCUUAGGAUCUGGCAGACCCAGGGGCCACUUAAUUAACCCUUUGCCUCUUUGACCCUCAAUCUCCUUUUCUCUAAGCCAUAGGUCACCUGAAAGCCUACCUCACAGGGCUGUUGUGAGGGCCGAGGGUGGGUGUGUUUCAACAGUGUGCAGAUGCUGGCUUUCCCUGGGAAUGGGCAUAUGUUGGGAUUUGUCUUGAAAGCAUGAGUGAUGGCUUUACUAGUCCUAAGUGAAUAAAAAGUCAGCCCUGACCUUACGCUGGGAUUGCAUUUCCCACAGUCAGUGGCAUGUGCAGACCACUGGCAGAGCAGCCUGCAGGUGCUUAGCGAUGUGGGCCCAGAGUAAAUAUUUGUUUGAUUGAUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1065.1 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1122.37
Frequency: 0.0000
Diversity: 686.81
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((((((((((((((((((((....(((.((((.....)))).)))((.(((((((((((....((((((((((((...(((((.(.(((((..((((.((((((........)))))).))))..))))).).)))).)...))))((((.((((((....(((.((((.((....))))))......((((.....((((((...((((((((((.......(((..(((((..(((.((((((((........))))))))))))))))..)))...)))))...((.((((((((.......)))))))))).........((((..((((((((((....((....(((((((((.(((......((((((((....))))))))...(((((.......)))))..((((((....)))))).....))))))))).)))..))))))).).))))..))))..)))))))))))....))))......(((((((...))))))).((((((((((((.((.....((...((((..((..(((((((((.((...((....((((.(((((((((((((((.(((((((((((((((.(((....)))(((..((((.........))))..)))(((...))).(((((((((((((..((((........))))...((((..(((((....)))))..)))).(((((((...(((((..((((((((((((((((((((((((.............(((((......((((((((((..((....((((.(((((...))))).))))..(((..((((((((.......(((((........).)))).......)))))))))))....))..))))))))))......)))))((((..(((...))).....)))).........)))))))))))))..................................(((((.((.((((((((((....)))...........(((((((.(((...))).))))))).....((.(((..((((((((((..(((((...)))))))))).......)))))..))).))).)).)))).)).)))))..)))))))))))..((((((((...(((...((((((((..........))))))))...)))..)))))))).(((.((((......))))..)))..((((((((....))).))))))))))))))))).)))))))))))))......)))))))))).....))).)).)))))..))))))))))))))((((((....))))))((((((((......(((((....)))))((......))(((((((((.(((((((((...((.((((....)))).)).))))....)))))(((((((((((((((((((.........((((((.(((((((....)))))))..)))).))((((((((.((((((((((...(((....)))))))))((((((((((((((((...((((((((((((.((((((...)))))))).((((((((((((((((((..((((.(((((((..((((.(((((.(........).))))))))).))))))))))).))))))...))))...((.(((((((.((((.((.((((((((((((((((...((((.(((....((((((.((......)).))))))...))).(((((.(((((.((((...(((.......((((((((((.(((((.(((.......)))))))).))(((((((((((((...(((.((((((.........((((..(((((.......)))))))))((.((((((.((((((.((((.....(.((((((.......)))(((((((....)))))))(((((.......)))))..((((((((((((....((((((((((((((.....((.((((.((..........((((((((((((..((....)).....)))))))))))).(((((((..(((....)))..)))))))((((((.((((.(((.((((..(........)..)))).))).)))).)))))))).)))).))(((.....)))))).))))).))))))........))))))))))))))).))))))))))).........)))).)).)).)))))).)))))))))))).)))).......)))))))).....)))...)))).)))))...)))))...(((((((((........)))))))))...))))...)))))).)))))))))).)).))))))))))).)).................((((..(((...((((...((((.((((....)))).))))))))..)))..))))))))))))..((((........))))......)))).))))))))))))))).....(((((((...)))))))((((.(((.(((.....))).)))))))...(((....)))((((((((.......))))))))..))))).)).))))))))))))((((((.................))))))....)))))))).....)))))))))))...))))))))))))))))).((((((((.....)))))))))).))))))))))).))))))....))..))..))))))))))))..)))...)))))).))))))))))))....))....))))))))).))((((((.......))))))..........((((((((.....(.(((((.......)))))).))))).))).))))))).......((((......)))).))))).))).)))))))...((((.......))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....,((((((((((((((((((((...((.((((((((......,.{{(((((.(((((((((((....((((((((((({..((((..(((.((((..((((.((((((........)))))).))))..))))|{{{{{{{{{,..{((,{(((..{{{{(({,{(((((((((.((((..,(((((..{.(((((.((((.((({.....,(((..((((.....,..(((..((((.(((.(((((...))))).)))..........((((((((.....,..{(({(((((((((((({.(((((.....))))).(((((((((((((,,,{((,.(((((((({{((((((((((.(((.(((....{(((((((,...))))))}},,,{{|||.,|||||(((((..,,|}})){.((((((((((((.((((((((((((..{.{((((({.(((({..((((.(((((((..............,...(((((((...))))))}{((((((..((((((............,.))))))...})).)))}.....{,....{(((.(((((((((((((((.(((((((((((((((.{((....))}(({..((((.........)))).,||}....,|}}},(((((((((((((..{{((........,,},...((((.,(((((....)))))..)})).(((((((...,((((..((((((((((({.(((((,(((,({..{{,,...,,.(((((.,....}}}||{({{{{|,,....{{{|,||||({|,|}}||{|||}.,{|{..{{{{((((....||.((({{......,.).))))..,,...))||||||,,,,}}}})))))).(((((((((((.{{,.(((({..{||...|||.....}))),{{{....}))((((((((((,{{............................................,,,..,,....}}|...........(((((((.(((...))).))))))),,...}),.}})))))))},{{{..{{(({...}})},|||||....,}})))...))))))))))).}).))).))))).},))))))))))),.((((((((...(((...((((((((........,.))))))))...)))..}))))))).|,,.{{,{.,,,..,,||{{||{,.,{||||||},..,}),))}}})))))))))))).)))))))))))))......)))))))))}....,)))},).)))))..))))))))))))))},})))))))))))))))}},}}},}))}..)})....(((((((((((((((((((((((((((..(((....((.(((((((({({.((((((.......)))))).,)).)))).....)))).))((((....)))),..)))..)))),,)))))))).((((((....))))))....((((((...((((.,(((((({((((((((..,.((((..(((((..(((((.....(..((((((.((((...)))).)).((((((((((..(((({(((,(((..((((.(((((.(.,....,.).))))))))).))))))))))).))))))...))))((((,{{.....})))))))))..)....)))))..))))))))).,..))).,...}|}||,..},,|,.|{|{{{{{(((({({(({({.(,,((.(((((((((.(((....))).))))).)))).))..|||||||||,,,,||||,,,,})),||,,.|||||}}|||}||}}}.....}|{{|,,{,|||,,.,,},)})}))))))}}}.))))...)))))))))),..}))))))))).......({(((((((....)))))))))((({......,)))).....)))))))))....)))))).)))))).}...,,|(((,({....)).)))).((((((((((((..,{....)}....|)))))))))))),(((((((..(((....)))..))))))).}||{{.|,...}))}))))))).)))))))))))))))).))).}|||((.((.((((.(((((((((...(((((((((((.....(((({...})))).,,{.(((,(((.(,(((...............)))}.)}},))),,.,})...(((((((...(({{...............,,,,.,|....,,.,,))))...))))))))))).)))))))...)))))).))).)))))).))}}|,|,{{,((((((,,{{({{{{,|,.,}}},}}}}),.},.},}||||},,,),.),,,.))))))))))))).,,,.((({....)))).,},)))))))))))))..}))}{{(({,.{(({........}|||.((((.(((((((.........))))))))))))))||.({{..|,,,{|||,||,.||||||||}}}.|}.|||}||||||||||,.,,(((({{{.....,,)})))))}..))))))))....(((((....{(((.............)))))))))...{{({...}))}..))))..)))..},,))))..))))))).)))).))))).}...))))),.)))).))))).)))))))),,|}},...)))...})))}})))}}|}..,||,.)))..}})))...,)))))))))))....)),...})))))))).))((((((.......)))))}......((({....}))).,,..)))))|,.{((((.,.((((.....))))...)))))).)))))))).))......)))))))))},)).))))))).,.{{{{.,,.....,,}}}},.......
Back