Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-DLK1-35:108
Sequence Length
1600 nt
GC Content
0.4988
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Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-568.4 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -599.16
Frequency: 0.0000
Diversity: 381.66
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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