Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

lnc-DLK1-35:115

Sequence Length

1176 nt

GC Content

0.3997

CAAAAGAUCAUGAUUAAUCCAGUUCUGCACAAAACACUGAGGUCCAUUAGAAGACAAUAGGUCUUGGCUGUUUCAUUCCUUUUAAGAGCUGUUUAAUAUUCCACGGAGCCCUGGGCUCCCCCAGUGUUGCCUGGGUCUGACUUUGCCUCAGUGAAAACUGCCUCGAAUUCUUUCUUGCACCGAUGGGCAGAUGGGCAGUGUCGGAGGAUCGUGUCAUCUGUCCCGUGGCGCUGGUUGGCUUGGUCAAGUCAGUGUUCAAACUAUCUCCUGCUCUUUCAAGGGGAUCUGGGGCUCUAGAAGAUUAGAGGACUUGGAGAGGUUAGUGACUUGCUCGAGGUCGGCUAGGAAGCAAGACCCAGGAUUCCAACUCAGGUCUGUGUGAUUCCUCUGCAAAAUGGAGAGGUGGAAGGAUGGAUGUCAGGUCUGAUGGAUGGAUGGAUGCCUACAUCAAGAUACAUGCAUAGAUGGAGAGAUGGCUGGCUACCUCAUGAAUGCUGGACUGUUGUGAGAAUCAAACGAGAUAAUGUAUGCUGAGGCAUGCUGUGAACACUACGUGCUGGGUACAGGAGAAUGGAGGCUCCAGAGUGAAAUUAAUGACACUUUGUCGAUGAAGAUCUUGAUUGUGACCUCUGUGGAAAAUGAGCCAUGAACCAACCAAUAUGAAAAAUAAAAGAAAUCUACAUGGAUCCCACUUUGGACAAAGUGCGUGUCAACAGUUGCAUGAAAUGGUAUUUCACUUCUUGAUUAUUGUUUGUUUUUAUUCUUUUUUUAGAAAAAAUGAAUAAAUGAUCAAAUUAUUUUGGGGGUAAUUAAAUAAAAGAAAGAACACAAGUGAGUCAGUAAAUGCUUAAAUUAAGGUAGAUCUUGGAUCAUUGCUUCAUGGCACACUCUCAGAAAUGCUCAAAUAUGGUGCCUUAAAAAAAUUAAUGAGGUUUGGGUGUUGAUGUGGUUAGGGAGUAUACAGAUAGAUAGUUGUUAGUGGUUACAUUUAUUACUCUUGCAUUGGGUGGAUUUAAGGGUUCAUUAUAUUAAGAAUUAAACAGUAAGUAAAUUCAUACAUAAAAGGUAUGGUUAUUCUUGAGUCAAUAAUGAGAAUGUGUUAGGAACCAAGGUUUAUGAUUAAUCUAAAAUAAUUUCUAAAAGAAGUUAAGUCUUUGCUGUUUCGUUCUUUCUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-318.3 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -342.93

Frequency: 0.0000

Diversity: 319.62

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.......(((((((...((((((....((.......((((.(((((((..(((((.....)))))((((.((...........)).))))........((((((((((((...)))))).((.(.(((((((((((((..(((((((.((((....)))).(((....(((((...((.(((((((((((((((.((..(((....)))..))))))))).)))))(((((((((((((...))))).))))))))......(((((((.........))))))).))).))....)))))...)))(((((.((((((((...))))).))).))))))))...))))..)))))))))....)))).).))............((((.((...)).)))))))))).))))))).))))(((((.((.(((....((((....))))......))).)))))))...(((.(((....))).))).))...))))))..)))))))..(((...(((((((((((((.(...((((((..((....))..))))))).)))).((((........)))).(((((((((......((((((((((((....)))...............((((.....((.(((((..........(((.....)))...........))))).))))))....)))))))))(((((........))))).......))))))))).(((((((((((((((((((..(((......))))))))))))).))))))))))))))))))..)))...........(((((((((......(((.(((((((.(((((.....((((.((((.((((((.(((.(((.(((((((.(((((....(((((((..((.(((((((........(((((((.(((....(((.((.((((..(((((((.........((((.(((........))).)))))))))))..)))).)).)))...))).)))))))......(((((..((.....)).)))))........))))))).)).....))))).))....))))).))))))).))).))))))))).)))).))))......((((((...))))))))))).))))))).))))))))))))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

..........((((({.(((,(((((.(({{...,.((((.(((((((..{((((.....))))|((((.{{...........)),)})),.......{(((({((((((...)))))).{{,{.({{{(((((((((..(((((((.((((....)))),(((,,{.,{,|||,.((.((.(((((((((({((((..(((....)))..))))))))).)))))|{(((((((((((...))))).))))))}},.....(((((((.........))))))).,})})|,{{|},,,,,}})))(((((.((((((((...))))).))).))))))))...))))..)))))))))....)})).}.||{{.....}},.{((((.({...}).)))))))))}.))))))).))))(((({(((.{{({...,,,,,,..))))..,},.||},|||,}||,,,{,{.|{{,,,,}}},}))}},.,}))})},,}}})))))}}}},...(((((((((((((,(...{|||{{..((....})..))))))}.)))),((((........)))).(((((((((...,..(((((((((,(,...{|{{,....,,.|}.,||,((((.....{,.||||{..........,{{.....,,,...,....,..))})),))}}}}..}.)))))))))((((,{,....,,)))))...,...))))))))).((((((((((((((((((,.,(((......)))))))))))))})))))))))})))))))),})})}}))}......(((((((((......(({.(((((((.(((({..,,.((((.((((.((((((.(((.(((.(((((((.(((((....{((((((((((,(((((((,,.....,((((({{.{,,{{{{({{{(({(((({{(,((,(({.......,||}.}}.}}}}...,}))))),),)))))}}.})))),}}.}})}}}))).}}))))),}}}..{{{{{..,,.....|}.}}}||,|{{....}}})))),)},}},.})))),}}....))))).))))))).))).))))))))).)))).)))).....,((((((...))))))))))).))))))).})))))))))))...