Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-DLK1-35:12
Sequence Length
1478 nt
GC Content
0.5812
AGCCCCUAGCGCAGACGGCGGAGAGCAGAGAGGGAGCGCGCCUUGGCUCGCUGGCCUUGGCGGCGGCUCCUCAGGAGAGCUGGGGCGCCCACGAGAGGAUCCCUCACCCGGGUCUCUCCUCAGGGAUGACAUCAUCCGUCCACCUCCUUGUCUUCAAGGACCACCUCCUCUCCAUGCUGAGCUGCUGCCAAGGGGCCUGCUGCCCAUCUACACCUCACGAGGGCACUAGGAGCACGGUUUCCUGGAUCCCACCAACAUACAAAGCAGCCACUCACUGACCCCCAGGACCAGGAUGGCAAAGGAUGAAGAGGACCGGAACUGACCAGCCAGCUGUCCCUCUUACCUAAAGACUUAAACCAAUGCCCUAGUGAGGGGGCAUUGGGCAUUAAGCCCUGACCUUUGCUAUGCUCAUACUUUGACUCUAUGAGUACUUUCCUAUAAGUCUUUGCUUGUGUUCACCUGCUAGCAAACUGGAGUGUUUCCCUCCCCAAGGGGGUGUCAGUCUUUGUCGACUGACUCUGUCAUCACCCUUAUGAUGUCCUGAAUGGAAGGAUCCCUUUGGGAAAUUCUCAGGAGGGGGACCUGGGCCAAGGGCUUGGCCAGCAUCCUGCUGGCAACUCCAAGGCCCUGGGUGGGCUUCUGGAAUGAGCAUGCUACUGAAUCACCAAAGGCACGCCCGACCUCUCUGAAGAUCUUCCUAUCCUUUUCUGGGGGAAUGGGGUCGAUGAGAGCAACCUCCUAGGGUUGUUGUGAGAAUUAAAUGAGAUAAAAGAGGCCUCAGGCAGGAUCUGGCAUAGAGGAGGUGAUCAGCAAAUGUUUGUUGAAAAGGUUUGACAGGUCAGUCCCUUCCCACCCCUCUUGCUUGUCUUACUUGUCUUAUUUAUUCUCCAACAGCACUCCAGGCAGCCCUUGUCCACGGGCUCUCCUUGCAUCAGGCACGUGGGCCGUGGCCCGGCUGGGUCGGCUGAAGAACUGCGGAUGGAAGCUGCGGAAGAGGCCCUGAUGGGGCCCACCAUCCCGGACCCAAGUCUUCUUCCUGGCGGGCCUCUCGUCUCCUUCCUGGUUUGGGCGGAAGCCAUCACCUGGAUGCCUACGUGGGAAGGGACCUCGAAUGUGGGACCCCAGCCCCUCUCCAGCUCGAAAUCCCUCCACAGCCACGGGGACACCCUGCACCUAUUCCCACGGGACAGGCUGGACCCAGAGACUCUGGACCCGGGGCCUCCCCUUGAGUAGAGACCCGCCCUCUGACUGAUGGACGCCGCUGACCUGGGGUCAGACCCGUGGGCUGGACCCCUGCCCACCCCGCAGGAACCCUGAGGCCUAGGGGAGCUGUUGAGCCUUCAGUGUCUGCAUGUGGGAAGUGGGCUCCUUCACCUACCUCACAGGGCUGUUGUGAGGGGCGCUGUGAUGCGGUUCCAAAGCACAGGGCUUGGCGCACCCCACUGUGCUCUCAAUAAAUGUGUUUCCUGUCUUAACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-613.7 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -638.92
Frequency: 0.0000
Diversity: 445.11
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((....((((((.......(((((((.((.(((.(.(((((..(((..((.(((((((((((((((((..((((((((((((((.((((....((((...))))....))))....))))))(((((....))))).......((((((....)))))).......)))))).))..))))))))))))..))))).)).)))........((((((((.(((.((..(((...(((.....(((.(((((...(.((((..((((.....(((((((((((((((..(((((((((((((...((((((..(((..(((......))))))..)))))).........(((((.((((((((((......))))))))))...)))))......))))))))))(((((((.........)))))))((((......)))).((((((.((........)).))))))..((((.......))))(((((((((((((((((......))))))).....(((((......)))))(((.....)))...))))))))))(((..(((..(((((((.....(((((..(((....(((((((...)))))))...)))..)))))((((((.((((.(((..(((.((......))..)))))).)))).)))))).)))))))..)))..)))....))).)))))))))...(((.(((((...(((...(((((((((((((((.((((((.(((((((((((..(((((...((((((((...((....((((.(.(((((.((((((.(((.....))).))))).).))))).).))))....))..)))))))))))))..))))))))))))))))))))))))((((((((((((...((((((((((.((((..(((.(((((...(.(((((.(((.((((((((((((((((..((...(.((((...(((((.(((.(.(((.....((((((((((..((..((.(((..(((........))))))))....(((.((((((((...((((((....(((.....))).))))))..)))))))))))...))..))))).))))))))).))).)))))....)))))))..))))).(((((...)))))(((((.((((...)))).))).))))))))).....))))..))).))))).).))))))))))))))))............))))))..)))).)))))))).......((((((.((...)).)))))).((.((((...)))).)))))))))).)))))))).))))))))).)))).)))))...))))).)))...)))...)))..)).))).))))))))(((.(((((..............))))).))).))))).)))).)).)))))))......))))))....))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{,....{(((((.......(((((((.((.(((.(.(((((..(((,.{(.(((((((((((((((((..((((((((..((((.,.,,..({((((,.((|......))))}}))),}},,(((((....))))).}.....((((((....))))))}}.))..)))))).))..))))))))))))|||||||,||.}||{,,.....{(((((((,(((.(({{(((...(((,,|,,(({.((({{.....,,,,..((((.{{{{..((((((((((((,,{(({((((((((((...((((((..(((..(((......))))))..)))))).......,.{{{{,.((((((((((......)))))))))),,.,}}})},....)))))))))|(((((((.........)))))))|{{{......}))}.{(((((.(({......,)).)))))}(((((((((.......(((.((((((((((((((......))))))).((.((((((((((.,,..,.((((,...{(((((({.....{(((((..(((..(((((((.....(((((..(((.{{.(((((({...}))))))}}.)))..))))){(((((.((((.(((..(((.({......})..)))))).)))).)))))}.)))))))..)))..))))))))))))),,})))},,,))))).))))).))..))))))).))).(((((.(((((,{(((((((((((..(((((...((((((((...((...,((((.({(((((.((((({.{({.....}}}.})))).}.})))).},))))..},})},)))))))})))))..))))))))))))))))))))))))))))))),{((((...{,(({{{{|{{{.,,.{((..,,,)}}.|.|||||}|||||{|||||||{||((|,..,..{{{|((|,,,.{||||,||,,({((({{,,,,(((((((,({{,,..(({(,,..||},......})),)))))}},}|||,||,|||||||.,|||{|,..}}}...,}),)),,}}}},}|||||,|||||,.{{{{.,|,|||.,},,,,,}}}}}},))}})}}}..)))})},.}}|||.{((({...}})||,.{({.,{{{...))}}.))){{((..(((({...}))))..)))}|||,|||,,.|.|||{{{|....,..}}}},,)).),))}.)})}))},))})))))))).,,,{((((({((...||{||}}}}.,,}||||...))}}.))},},}))},|||},,.)))}},}}))).)))}.})))}}..))))),)))...,}}..,|||,{||.}}}.))))))))(({.(((({.,|,,....}...,))))).))).))))).)))).)).)))))))......))))))....}}........
Back