Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-DLK1-35:129
Sequence Length
924 nt
GC Content
0.4405
GAUGAGGAGUGUGAAGCAUGUCCACUCAAUGUAAAUGGUGAGACAACAGAAAUCAUUAAAAUGUAUUGAAAAUAUGAAUACCAUUUAAAAAACGAACAAUUCAAGUGUAAUCUUUGACUACGGAUGACAUAAGCAGUAUAGUGAAGUUUCUUAUUUUGCAUCAGAACAAGUGUGCUGUUGUUCAUUUUUUUAAAAGAAAAUUGAUAAGUAUUACCACAAUUAAUAGAUACCUGAAUGACUAAGAGAAGGGUCAAAUGAAUGAAUCCGUGAAAAAUAUUUCAAUCCUGUUACCUUCUCUGCUUUGCACUUCCCAGAAUGGACACACCUGGGCUGGCAGAACAUCUUGCCUUGAUCUGGAGCCCCAUGUCUGCCCCUCUGUAGAGGUGCACAUGGGCCAAUGAUGGAUGCAAUGAGCUGAUCAUUUUGCUGUGAUCAAGGCUAUGUUGCCUCUGUGUUAGGCCAAUGGUUGAUGUUCAUGGGUGAUUGAUCAUCCUGUAGCGACGGUGGUAUUGACUGUUCCCCAGAGGACAAGGAGUGUGUUCUUAUAAUGGACAUCAUGAUUGGGAUUGUCUUUAUUAAACUUUGUCAGGAGAGUAAAGAUCAAUGUGGCCACAUGUUGUGGCUCAUGCCUGUAAUCCCAACACUGUAAUCCCAGCACUGUAAUCCCAGCCUGUAAUCCCAGGCUGAGGUGGGCGGAUCACCUGAGGUUGGGAGUUCGAGACCAGCCUGACCAACAUGGAGAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUACAAAAUUAGCCGGGCAUGGUGGCGCAUGUCUUUAAUUCCAGCUACUCAGGAGGCUGAGGCAGGAGAAACGCUUGAACCCGAGAGGCGGAGGUUGCAGUGAGCUGAGAUUGCGCCAUUGCACUCCAGCCUGGGCAACAAGAGUGAAACUCCAUCUCAAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-283.8 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -300.19
Frequency: 0.0000
Diversity: 210.26
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.((((((((((((.(((((((.((.......))))).)))).(((..((((((((..(((..(((...(((.(((....(((((((((.(((((......((((.((((........)))).))))..(((((((((((((((.....)))))))...........)))))))))))))..))))))))).....))).)))....)))..))).))))).)))..)))........((((((((..((...((.((((..............)))).)).))...))))))))))))))))))))(((...))).....((((((((((((((.((........)).))))....(((((((..((.((((....)))).)))))))))(((....))).(((((((.(((((((((......)))))))((((......))))..(((((.(((((((.((.(((((((((((((((....))))))......((((((.......)))))).....(((((((.......)))))))...))))))))))).))))).((((((((((((...((.....))...)))))))).))))(((((((((...)))))).))).........)).))))).((((((.(((((((((((((((.((((.(..((((((.((.((((((.....)))))).)).))))))(((((((.....((((.((....((((((.......))))))............((((((..(((((((......))))))))))))).(((((........))))).)))))).......)))))))...).)))))).)))))))))..)))).)))))))))))))))..))))))))))......((((...)))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.((((((((((((.(((((((,{,.......))))).)))).{{{..,{{{(({{,.{(((((.{.....|.|||}},.|||{{{{{,.(({{,..,,..((((.{(((........)))).)))).,((((((((.(,..{,,{{{.||.,,,....}}}}}.}.))))))))))))),,}}||}},}}.},.,}||,}|..,|,,|...,,..})}}}.)))..}))........((((((((..{{...((.((((....,.........)))).)).}}...))))))))))))))))))))(({...||}.....(((((((((({(({.{,,.,,|||,,|,{{|{,,{,(((((({.,((.((((....)))).)))))))))|||..,|||{{{((((((.(((((((((......))))))){|||...,,,))})..{{{{{,{{{((((,({{(((((((((((((((....))))))....,.((((((.......)))))).,..,(((((((.......))))))}...))))))))))}.}||||,((((((((((((...(({,...,)},,)))))))),}}||({(((((({...)))))),)))......,,,))}))))}.((((((.(((((((((((((((.((((.(..((((((.((.((((((.....)))))).)).))))))(((((((.....((((.((....((((((.......))))))............,,{{{|.,{((((((......))))))},},,}|,({(({.{...,..))))),)))))).......)))))))...).)))))).)))))))))..)))).))))))))))))))},)))))))))))......((({...}))))))).......
Back