Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-DLK1-35:143
Sequence Length
1634 nt
GC Content
0.4009
CACAGAUCAUGGAGGACUGUUUUAUCUGUUUGUGAUCUGCCGUCCUCUGUGAGCCUCAGGAUGGAUGUUUGCCAGCCGAUUCCAUGGUUACAAGCUCUAUAGCUGCAUCUAUGUGUUAGGAGCAUGAAGACCAAUAAUGGAUGCACUGAGCUGAUUAUGAAUUUAGCCCUGAUGAAGACUUGUGUUGCUGUCAUGAUAUGAAAGAUUCCAGUAAUGAACGCACUUGAGUUGAUUCAAGCACGCUUCCAUGGUCAUGAGCUCUGUGGUUGCAUCUGUGUGUUAGGAGCAUGCAGACCAAUAGUGAUAAUCUCGAGGUGAUUUAUGCAUUCUUCCAUGGCCACCAGCCUUAUGAUUGCAUCUGUGCGUCACAGCUUAGAGAUCAAUAAUGGAUGCAACAAGCUCUUUGAAUCAUUCUGUUGGGAUCAAGAUUGUUGUGUUCCCUCUGUUUGGAAAGAGACCAAGAAUGGAUACGCUCAGGUGAUUUAAGCAGUCUUCCAUGGCCACGAGCUCUGUGGUUGCCUCUGUAUAUUAAGAGCACAGAGAUUAAAAAUGGGUGCACUUGAGCCGAUUGAAACAUUCCUCCUUGCAUCUUUCUUCUGUGAUUGCAUCUAUUUGUUAGUAGCAUAGAGACCAAUAAUAGAUGGCUUGUGCUGAUGGAAGGAUUCCUCCCUGGUGACAUGCUGUGUCUGCCUCUUGAUUGGGAGCACGCAGACCUACAAUGAUGCACUUUUUAUGAUUUGAGAAUUCCUUCAUGGUCACGUGCUCUGUUUUUAUCAUGGUUGGGAGCCUGCAGAGCAAUAAGGGACAUGCCUUUGCUGAUUUGAGGAUUCCUCUGAGGUUGGGAGCUAAGUUUGCAUCAUGCUUAGAAAGGAGUGUGCAGACCUGUAAUGAUUGCACUUUGCUGAUUGAAGGAUUCCUUCAAGUCCAUGUGCUCCACUUGCACCAUUUUUAGGAUGGAGCCUGGAGACCUAUAAUGAACAACUUGUGCUGUGUUAAGGAUUCCUCCAUGAUCACGCGCCCCAUUUGUACACCAUGCUUGGGAAGGUGCAUGCAGACCAAUGUUAGUAAUAGUCAAAAUUCCUGUGUCGGUUUGUGUGGUUUGCUAAACAGGACUCAAUGUAUCAUGAAACAGUGUAUUAUAUAGUCAACUAUGGUCAACUAUGUCCCAGUGAUAUUUAUGAGAGGGAUCUGAAGUAUUUAUUGAUAAUGCAUAUAUGAAAAACGGAGAAGAAUUAAUGAAACAGAUAUAUCUGUGUUAGAAUGAUUCUGUAUAAAGAUAGGGAAUAUCAAGUCUGUUCUUAGUGUUUUGUGAAUCACAGAGUGUAAAAUUAUUCCCAGUGAAUUAAUGAAUAAAUUUAAAGACAACAUAGAAAUGAAUGCAGAAAAAGAGGGUCAACCCUGGAUCGAUGAUGAGCACUGGUGGAGUAUGAGUCACAUACGAUGAAUACGUGUCUGGAACUCUGAGGUCCAUCGCAGAAGUCAGUUUCCUCUGUUUCAACUAACUCUGUAGAUAGAUGACAAGAAUAGAGAAUGAAUUUUUUUUGUUUAUGAGUUUUUAUUUUAUAAUUGGUUCAAUGAAAGAAUAAAACAUAUAUGAAUAAAUAAAUAAGUUAUGCAUUGUCCAAUUAUAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-442.7 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -475.78
Frequency: 0.0000
Diversity: 641.49
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((((((((((.((...(((.......)))..)).)))))))))))...((((((((((.(((((..((((........)))).))))))))))((.(((((((((.((((.((..........)))))))))))))))))..(((((........))))))))))(((((((((((..((((((((.(((((...(((((((.(((.(((((((.((((((.....(((.....((..((((((.........))))))..)).((((((((((...)))))))))).......)))....))))))))).)))))))((((((((((.(.(((.((((((((.((((..((((((((((((((...(((((((((....(((((((((((..((((.((.(((......)))..))))))))))))))))).((((........)))).....((((((((..(((((((((.............(((((.........(((((((.....((((........))))))))))).......)))))..)))))))))..)))....)))))....))).))))))...))))))).(((......))).....)))))))...)))).))))..)))).))).).))))))))))...((.((((.((((((.(((((((.((........)).)).)))))((((....((((((((((((((((((((((((...((((.((((....))))..........(((((((..(((((((((((.((((.((((((((...((((.........))))(((((((((((..(((..((.......)).)))..))))))..)))))..(((((..(((((...))))).)))))...(((((((...)))))))))))..((.(((((...((.((((((...)))))).)).))))))).............)))))))).)))..))).))))))))))))...(((((((....(((.....)))...))..)))))..((((((((......(..((((.........))))..)........)))))))).....)))))))))...))))))))).))))))))))((((....))))))))...)))))))))).))...........)))))))...)))))...)))))..)))..........((((((.....(((.(((((((((....((((((((......(((((.(((....))).))))).....((((........(((((..(((.((((.(((((......)))))...)))).)))..))))).......)))))))))))).................((((....))))(((....((((......(((((((....((((..((((((.......))))..))..)))).....))))))).....))))...))))))))))))..))))))))).............((((((((((......)))))))))))))))))))))((((((((((((..(((((...........((((..(.............)..))))))))).)))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,(,(((((((((((.((...(((.....,,))}..)}.))))))))))}.,,{(((({((((.(((((..(((({...,,,|||||.}}}||||}}|((.(((((((((,{(((.({.,,.....,.)))}},))))))))}}},.(((((........)))))}}|||{((((((((((({((({(((({,{{{{,..,,{{{{|,||,||||{{||,((((({,,..,|||,}...((..((((((.,....,..))))))..)).((((((((({...}))))))))),,,.,,{|||,.,,|||||||||.|||||{{(((({((((({({{{{.{{|{,{{{.((((..((((((({{{{{{|...{{{{{||{{....((({(((((({..({{{{({.(({......)))..)))))}})))))))})),((((........)))).||,.{,,||},{.|(((({{(({,,,,,.,,,,,||{{{{{|{{{{{{,.{{{{|||}|,,.((((,,......}}}}})))))).......,}||||,|}}}}||}}.||.,,...}},)),,,.,)),))))}}...)))))}},{{{.,,,..},},,,,,}}))))),..)))}.}))}..)))),)))}).)))))))|||,{{((,((((.((((({{{((((((,((,,......)),)).)))))|{{{....((((((((((((((((((((((((...{{({.{{(({{{.||||{|{{{{{{,.{{(((((,.(((({((({((,((({.{(((({.....}}}}}}||{,{||||||{|{|||{{{{{||{{{,.{{...{{{{||{|||..|||}}..}))}})||||||}}.,{,,....,}||||,||,},..{((((((...)))))))}|||{.{,{(((((,,,({.{{{{{...,))}))),)).))))),},......,..,..,,,||||},|||{,,||,,}}}}))})))}}}}||||{{{{...{{,...,,}),.)))),,))}))}}|{{|||||,,,,{{(.,({,,.,......,|}},..,}},,},},})}})))),,,,,)))))))))...))))))))).)))))))))){{{(,...}}}}}}},...}))))))))).},.........}}))))))}...|||||...,}}}),}))},,........{{({((,{{,,({,.(((.(((((....|)))},|}}...},|||||.{{{....|}}.}}}}},||,.,((({{{{{|.,{{{{{,,{,|,{{(({((((|,,,,.{|||||...||,,.,,...)))))}.}}},..,,,..,,|||...{{{{.|||{{.....((((....))))(((....((((...,..{((((((.{..((((,.{({(({.......))))}.))..))))...,.))))))),....))))...)))))))))))).,},})))))).}))}}}},}}}}|||||||{{{,,,.,,)))))))))),}}}}}}}}}}{(((((((((((..(((((.....,{....,,{,{,{......,,,.....,}),},))))).)))))))))))}.
Back