Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-DLK1-35:144
Sequence Length
1237 nt
GC Content
0.3929
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Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-339.7 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -363.66
Frequency: 0.0000
Diversity: 402.52
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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