Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-DLK1-35:16
Sequence Length
1630 nt
GC Content
0.5767
AGCCCCUAGCGCAGACGGCGGAGAGCAGAGAGGGAGCGCGCCUUGGCUCGCUGGCCUUGGCGGCGGCUCCUCAGGAGAGCUGGGGCGCCCACGAGAGGAUCCCUCACCCGGGUCUCUCCUCAGGGAUGACAUCAUCCGUCCACCUCCUUGUCUUCAAGGACCACCUCCUCUCCAUGCUGAGCUGCUGCCAAGGGGCCUGCUGCCCAUCUACACCUCACGAGGGCACUAGGAGCACGGUUUCCUGGAUCCCACCAACAUACAAAGCAGCCACUCACUGACCCCCAGGACCAGGAUGGCAAAGGAUGAAGAGGACCGGAACUGACCAGCCAGCUGUCCCUCUUACCUAAAGACUUAAACCAAUGCCCUAGUGAGGGGGCAUUGGGCAUUAAGCCCUGACCUUUGCUAUGCUCAUACUUUGACUCUAUGAGUACUUUCCUAUAAGUCUUUGCUUGUGUUCACCUGCUAGCAAACUGGAGUGUUUCCCUCCCCAAGGGGGUGUCAGUCUUUGUCGACUGACUCUGUCAUCACCCUUAUGAUGUCCUGAAUGGAAGGAUCCCUUUGGGAAAUUCUCAGGAGGGGGACCUGGGCCAAGGGCUUGGCCAGCAUCCUGCUGGCAACUCCAAGGCCCUGGGUGGGCUUCUGGAAUGAGCAUGCUACUGAAUCACCAAAGGCACGCCCGACCUCUCUGAAGAUCUUCCUAUCCUUUUCUGGGGGAAUGGGGUCGAUGAGAGCAACCUCCUAGGGUUGUUGUGAGAAUUAAAUGAGAUAAAAGAGGCCUCAGGCAGGAUCUGGCAUAGAGGAGGUGAUCAGCAAAUGUUUGUUGAAAAGGUUUGACAGGUCAGUCCCUUCCCACCCCUCUUGCUUGUCUUACUUGUCUUAUUUAUUCUCCAACAGCACUCCAGGCAGCCCUUGUCCACGGGCUCUCCUUGCAUCAGGUAGGGGCUUUGCAGAGACCAUCGACGGGCUGACUUGACCAAGCUUCUUGAAAGGCCUGUCUACACUUGCUGUCUUCCUUCCUCACCUCCAAUUUCCUCUUCAACCCACUGCUUCCUGACUCGCUCUACUCCGUGGAAGCACGCUCACAAAGGCACGUGGGCCGUGGCCCGGCUGGGUCGGCUGAAGAACUGCGGAUGGAAGCUGCGGAAGAGGCCCUGAUGGGGCCCACCAUCCCGGACCCAAGUCUUCUUCCUGGCGGGCCUCUCGUCUCCUUCCUGGUUUGGGCGGAAGCCAUCACCUGGAUGCCUACGUGGGAAGGGACCUCGAAUGUGGGACCCCAGCCCCUCUCCAGCUCGAAAUCCCUCCACAGCCACGGGGACACCCUGCACCUAUUCCCACGGGACAGGCUGGACCCAGAGACUCUGGACCCGGGGCCUCCCCUUGAGUAGAGACCCGCCCUCUGACUGAUGGACGCCGCUGACCUGGGGUCAGACCCGUGGGCUGGACCCCUGCCCACCCCGCAGGAACCCUGAGGCCUAGGGGAGCUGUUGAGCCUUCAGUGUCUGCAUGUGGGAAGUGGGCUCCUUCACCUACCUCACAGGGCUGUUGUGAGGGGCGCUGUGAUGCGGUUCCAAAGCACAGGGCUUGGCGCACCCCACUGUGCUCUCAAUAAAUGUGUUUCCUGUCUUAACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-663.3 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -690.6
Frequency: 0.0000
Diversity: 438.07
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((....((((((.......(((((((.((.(((.(.(((((..(((..((.(((((((((((((((((..((((((((((((((.((((....((((...))))....))))....))))))(((((....))))).......((((((....)))))).......)))))).))..))))))))))))..))))).)).)))........((((((((.(((.((..(((...(((.....(((.(((((...(.((((..((((.((((..((((((((.(((..(((.((((((((((...((((((..(((..(((......))))))..)))))).........(((((.((((((((((......))))))))))...)))))......))))))))))(((((((.........)))))))((((......)))).((((((.((........)).))))))(((((((((.......(((.((((((((((((((......))))))).((.((((((((((.......((((....((((((((......(((((..(((..(((((((.....(((((..(((....(((((((...)))))))...)))..)))))((((((.((((.(((..(((.((......))..)))))).)))).)))))).)))))))..)))..)))))))))))))....))))..))))).))))).))..))))))).))).(((((.((((((.(((((((((((..(((((...((((((((...((....((((.(.(((((.((((((.(((.....))).))))).).))))).).))))....))..)))))))))))))..)))))))))))))))))))))))))))))))((((....(((((.((((((......(((((((((.((((((((((..((((((..((((((((..(..((.......))..)...)))))))).......((.(.(((((.(((.((............((((((.((...(((((((..................))))))).((((((........))))))...(((((....))))))).))))))..)).))).)))))).))(((((((((...((.(((((((.(((....((((....))))......))).))))))))))))).)))))))))))..)).)))))).)))))).)))))....((((..(((((..((((.((.((((..........))))))..))))..))))))))))))).)).)))))..)))).(((.((((...)))).)))((((..(((((...)))))..))))(((.(((...(.(((((((.......)))).))).).))).))).))).))))))))))).(((.((((((((...(((((.......)))))...))...)))))).))).(((....)))....)))).)))).)))))...))))).)))...)))...)))..)).))).))))))))(((.(((((..............))))).))).))))).)))).)).)))))))......))))))....))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{,....{(((((.......(((((((.((.(((.(.(((((..(((,.{(.(((((((((((((((((..((((((((..((((.,.,,..({((((,.((|......))))}}))),}},,(((((....))))).}.....((((((....))))))}}.))..)))))).))..))))))))))))|||||||.||.}||,,......{(((((((,(((.((,{(((...(({.,,,,(({.(((((...,.{{{{..((((.((((..((((((((((((..(((((.((((.,((.{((((((({..(({,.,({.,{{{,||,||{..,||||.....,}},......((((((((((......))))))))))(({..{((((({.{(((.(((..|(((((((.........)))))))|(((......)))}.{(((((.(({......,)).)))))}(((((((((.......(((.((((((((((((((......))))))).((.((((((((((.,,..,.((((,...{(((((({.....,(((((..(((..(((((((.....(((((..(((.{{.(((((({...}))))))}}.)))..))))){(((((.((((.(((..(((.({......})..)))))).)))).)))))}.)))))))..)))..))))))))))))),.,)))},,,))))).))))).))..))))))).))).(((((.(((((,{(((((((((((..(((((...((((((((...((...,((((.({(((((.((((({.{({.....}}}.})))).}.})))).},))))..},})},)))))))})))))..))))))))))))))))))))))))))))))),.(((((........))))}......)))..)))}.})))))|})).,{,,,..,,((((((((..{..,,.,,,,..,),,)...)))))))).,}}}}.}}})}|||||.|||.|,.........}}}||||||.|||..|||||}}}|....(((((((...))))},)),.((((((........)))))},{{(((((,,,.|||||}|||}}}|}.,||,||},}}}}}}|)}||{,(((((,,,({.(((((((.(((....((((....}))}......))).)))))))}}||||||,|||,|||,,.{||,,,,)))...})),))},}}|,.,{{{(|,{((((..((((.,{,(((........},}}}},)),,))))..)))))},.},||}.|(((|...}})|},.{{{.,|||...)}},.)))|{((..(((((...)))))..))))|||,|||,,.{.|||{{{|.,,,,.,}}}}..}}.).)),.)))}),}.))))))))))).,,,{((((({((...||{||||,,.{{,||||...))}}.))},},}))}.|||},,.)))}},}}))).)))).})))},..))))),)))...}}}..,|||,,||.}}}.))))))))(((.(((((.,|.,....}...,))))).))).))))).)))).)).)))))))......))))))....}}........
Back