Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-DLK1-35:2
Sequence Length
1608 nt
GC Content
0.5715
AGCCCCUAGCGCAGACGGCGGAGAGCAGAGAGGGAGCGCGCCUUGGCUCGCUGGCCUUGGCGGCGGCUCCUCAGGAGAGCUGGGGCGCCCACGAGAGGAUCCCUCACCCGGGUCUCUCCUCAGGGAUGACAUCAUCCGUCCACCUCCUUGUCUUCAAGGACCACCUCCUCUCCAUGCUGAGCUGCUGCCAAGGGGCCUGCUGCCCAUCUACACCUCACGAGGGCACUAGGAGCACGGUUUCCUGGAUCCCACCAACAUACAAAGCAGCCACUCACUGACCCCCAGGACCAGGAUGGCAAAGGAUGAAGAGGACCGGAACUGACCAGCCAGCUGUCCCUCUUACCUAAAGACUUAAACCAAUGCCCUAGUGAGGGGGCAUUGGGCAUUAAGCCCUGACCUUUGCUAUGCUCAUACUUUGACUCUAUGAGUACUUUCCUAUAAGUCUUUGCUUGUGUUCACCUGCUAGCAAACUGGAGUGUUUCCCUCCCCAAGGGGGUGUCAGUCUUUGUCGACUGACUCUGUCAUCACCCUUAUGAUGUCCUGAAUGGAAGGAUCCCUUUGGGAAAUUCUCAGGAGGGGGACCUGGGCCAAGGGCUUGGCCAGCAUCCUGCUGGCAACUCCAAGGCCCUGGGUGGGCUUCUGGAAUGAGCAUGCUACUGAAUCACCAAAGGCACGCCCGACCUCUCUGAAGAUCUUCCUAUCCUUUUCUGGGGGAAUGGGGUCGAUGAGAGCAACCUCCUAGGGUUGUUGUGAGAAUUAAAUGAGAUAAAAGAGGCCUCAGGCAGGAUCUGGCAUAGAGGAGGUGAUCAGCAAAUGUUUGUUGAAAAGGUUUGACAGGUCAGUCCCUUCCCACCCCUCUUGCUUGUCUUACUUGUCUUAUUUAUUCUCCAACAGCACUCCAGGCAGCCCUUGUCCACGGGCUCUCCUUGCAUCAGGGCUAAUCUCGGGCCUUGUCGAAGGAAGAGGCUGCAGACGUUAAUGAGGUUAGCUGCUGGAUUCCAGUAUUCGUCGCAUAAGGAUCCUUCUUUGUCUGCGAAGGAAAAACACACUGAUUAUCAUAAUGAGGCACGUGGGCCGUGGCCCGGCUGGGUCGGCUGAAGAACUGCGGAUGGAAGCUGCGGAAGAGGCCCUGAUGGGGCCCACCAUCCCGGACCCAAGUCUUCUUCCUGGCGGGCCUCUCGUCUCCUUCCUGGUUUGGGCGGAAGCCAUCACCUGGAUGCCUACGUGGGAAGGGACCUCGAAUGUGGGACCCCAGCCCCUCUCCAGCUCGAAAUCCCUCCACAGCCACGGGGACACCCUGCACCUAUUCCCACGGGACAGGCUGGACCCAGAGACUCUGGACCCGGGGCCUCCCCUUGAGUAGAGACCCGCCCUCUGACUGAUGGACGCCGCUGACCUGGGGUCAGACCCGUGGGCUGGACCCCUGCCCACCCCGCAGGAACCCUGAGGCCUAGGGGAGCUGUUGAGCCUUCAGUGUCUGCAUGUGGGAAGUGGGCUCCUUCACCUACCUCACAGGGCUGUUGUGAGGGGCGCUGUGAUGCGGUUCCAAAGCACAGGGCUUGGCGCACCCCACUGUGCUCUCAAUAAAUGUGUUUCCUGUCUUAACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-660.1 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -687.2
Frequency: 0.0000
Diversity: 478.49
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((....((((((.......(((((((.((.(((.(.(((((..(((..((.(((((((((((((((((..((((((((((((((.((((....((((...))))....))))....))))))(((((....))))).......((((((....)))))).......)))))).))..))))))))))))..))))).)).))).........((((((.((((((((((.....((((((((((......)))..........(((.......)))...(((((.((((((((((((((((...((((((..(((..(((......))))))..)))))).........(((((.((((((((((......))))))))))...)))))......))))))))))(((((((.........)))))))((((......)))).((((((.((........)).))))))(((((((((.......(((.((((((((((((((......))))))).((.((((((((((.......((((....((((((((......(((((..(((..(((((((.....(((((..(((....(((((((...)))))))...)))..)))))((((((.((((.(((..(((.((......))..)))))).)))).)))))).)))))))..)))..)))))))))))))....))))..))))).))))).))..))))))).))).(((((.((((((.(((((((((((..(((((...((((((((...((....((((.(.(((((.((((((.(((.....))).))))).).))))).).))))....))..)))))))))))))..))))))))))))))))))))))))))))))).(((((...((((((((.(((....((.((((((((((((((((((((((.((....)).))))))...........)))))))))))(((((...))))).(((.(((((((((((....))))))..))))).)))........)))))...))....))).).)))))))...(((((....)))))))))).....((((((.......))))))..(((((...((.(((((((.(((....((((....))))......))).))))))))))))))...))))))))))).)))))))....))))).))))).))))))..(((..(((......)))..))).(((((((..((((((...(((((....((((..(((((...)))))..(((.((((...)))).)))((((..(((((...)))))..))))(((.(((...(.(((((((.......)))).))).).))).)))))))....)))))((((((.(.(((((.(((..((.(((...((.((((...)))).))....))).))..))).))))).).).)))))..((((((..(((((........)))))))))))))))))....)))))))(((.((.(((.........))))).)))..))))).)))).)).)))))))......))))))....))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{,....{(((((.......(((((((.((.(((.(.(((((..(((,.{{.(((((((((((((((((..((((((((..((((.,,,,..({((((,.((|......))))}}))),}},,(((((....))))).}.....((((((....))))))}}.))..)))))).))..))))))))))))|||||||,||,}||{,,.....{(((((({{(((,(({{({(...((({||||((,.{{{{|.....,,,,..((((.{,{{..{{{{{{(((((({((((((,(({,,{(({,{((((((.{(((.,(((.{{{{.||||||..||||||.......,.{{{{..((((((((((......)))))))))),,..,,||||,,,,,,,,|||,,|(((((((.........)))))))|,{{......)))}.{{((((.(({......,)).))))),(((((((((.......(((.((((((((((((((......))))))).((.((((((((((.,,..,.((((,...{(((((({.....,(((((..(((..(((((((.....(((((..(((.{{.(((((({...}))))))}}.)))..))))){(((((.((((.(((..(((.({......})..)))))).)))).)))))}.)))))))..)))..)))))))))))))..,)))},,,))))).))))).))..))))))).))).{((((.(((((,{(((((((((((..(((((...((((((((...((...,((((.({(((((.((((({.{({.....}}}.})))).}.})))).},))))..},})},)))))))})))))..))))))))))))))))))))))))))))))),,{(({{..{{{..{||}||{{{{{{,|,,|||||||..,,,..||||||},{.,,})).)))}))}.,}}.,.....)))),))))}|||||...})))).{((.(((((((((((....)))))),.})))).})),.......{{,{{{,.,.,}}},)),,.,,|(((({.{,|(((((({,,({{,((,,.....,,|},|}}...}}))).))..|.|||||,{{,((||||,.|||}}}}||,|},..}))},,.,,,}}}|))}))}))))}}}}}.|||}|}|,|,||{||,,}}},,,,}}})),,}|}}.||||||,{((({..((({.,{.||{..,.....}}|||,,}},,}}}}..)))}},,...{{{.{((({...}|||||.{({.,{{|.,.))}}.))){{((..(((((...)))))..))}}(({.|||,,.{.{{(((((.......)))),,)).).))}.}))}||||||}}})))))).,,.{(((((,((...||,||}}}}.,,}||||..,))}}.))},,,}))},|||},,.)))}},}}))).}))}.})))}}..))))),)))...,}}..{|||{{||.}}}.)))))))){({,(((({.,|,,....}...,))))),))).))))).)))).)).)))))))......))))))....}}........
Back