Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-DLK1-35:39
Sequence Length
1779 nt
GC Content
0.5734
GCAGACGGCGGAGAGCAGAGAGGGAGCGCGCCUUGGCUCGCUGGCCUUGGCGGCGGCUCCUCAGGAGAGCUGGGGCGCCCACGAGAGGAUCCCUCACCCGGGUCUCUCCUCAGGGAUGACAUCAUCCGUCCACCUCCUUGUCUUCAAGGACCACCUCCUCUCCAUGCUGAGCUGCUGCCAAGGGGCCUGCUGCCCAUCUACACCUCACGAGGGCACUAGGAGCACGGUUUCCUGGAUCCCACCAACAUACAAAGCAGCCACUCACUGACCCCCAGGACCAGGAUGGCAAAGGAUGAAGAGGACCGGAACUGACCAGCCAGCUGUCCCUCUUACCUAAAGACUUAAACCAAUGCCCUAGUGAGGGGGCAUUGGGCAUUAAGCCCUGACCUUUGCUAUGCUCAUACUUUGACUCUAUGAGUACUUUCCUAUAAGUCUUUGCUUGUGUUCACCUGCUAGCAAACUGGAGUGUUUCCCUCCCCAAGGGGGUGUCAGUCUUUGUCGACUGACUCUGUCAUCACCCUUAUGAUGUCCUGAAUGGAAGGAUCCCUUUGGGAAAUUCUCAGGAGGGGGACCUGGGCCAAGGGCUUGGCCAGCAUCCUGCUGGCAACUCCAAGGCCCUGGGUGGGCUUCUGGAAUGAGCAUGCUACUGAAUCACCAAAGGCACGCCCGACCUCUCUGAAGAUCUUCCUAUCCUUUUCUGGGGGAAUGGGGUCGAUGAGAGCAACCUCCUAGGGUUGUUGUGAGAAUUAAAUGAGAUAAAAGAGGCCUCAGGCAGGAUCUGGCAUAGAGGAGGUGAUCAGCAAAUGUUUGUUGAAAAGGUUUGACAGGUCAGUCCCUUCCCACCCCUCUUGCUUGUCUUACUUGUCUUAUUUAUUCUCCAACAGCACUCCAGGCAGCCCUUGUCCACGGGCUCUCCUUGCAUCAGCCAAGCUUCUUGAAAGGCCUGUCUACACUUGCUGUCUUCCUUCCUCACCUCCAAUUUCCUCUUCAACCCACUGCUUCCUGACUCGCUCUACUCCGUGGAAGCACGCUCACAAAGGGCUAAUCUCGGGCCUUGUCGAAGGAAGAGGCUGCAGACGUUAAUGAGGUUAGCUGCUGGAUUCCAGUAUUCGUCGCAUAAGGAUCCUUCUUUGUCUGCGAAGGAAAAACACACUGAUUAUCAUAAUGAGUUCCUGACCUGGCCAUCCCGGGGUGCCCUUGACCAGCCCCGUGUCUCCUCAGGGUGUCCCAGCACCAGCCUGGCACAGAGUGGGGCUCAGUUAGAGUAUGUGGGAUGUUGGUUUCGCCAGGCACGUGGGCCGUGGCCCGGCUGGGUCGGCUGAAGAACUGCGGAUGGAAGCUGCGGAAGAGGCCCUGAUGGGGCCCACCAUCCCGGACCCAAGUCUUCUUCCUGGCGGGCCUCUCGUCUCCUUCCUGGUUUGGGCGGAAGCCAUCACCUGGAUGCCUACGUGGGAAGGGACCUCGAAUGUGGGACCCCAGCCCCUCUCCAGCUCGAAAUCCCUCCACAGCCACGGGGACACCCUGCACCUAUUCCCACGGGACAGGCUGGACCCAGAGACUCUGGACCCGGGGCCUCCCCUUGAGUAGAGACCCGCCCUCUGACUGAUGGACGCCGCUGACCUGGGGUCAGACCCGUGGGCUGGACCCCUGCCCACCCCGCAGGAACCCUGAGGCCUAGGGGAGCUGUUGAGCCUUCAGUGUCUGCAUGUGGGAAGUGGGCUCCUUCACCUACCUCACAGGGCUGUUGUGAGGGGCGCUGUGAUGCGGUUCCAAAGCACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-713.2 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -742.63
Frequency: 0.0000
Diversity: 586.04
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.((((((..((((.(((((((.((.((((..((((....))))..))))))..((((...)))).(((((((..((((((.((((.(((((..(((((((((((((.((((((((....))))).......((((((....))))))(((((.(.(((.((.(((((.((...(((...(((((.((.((((((.....(((..((((((..(((((((......)))))))..)))((((((((........((((.((.(((..((...))..)))))))))......(((((((((..(((..(((...((.(((.........(((.((((((((((..((((((((((......))))))))))(((...............)))..((((((((.........))))))))........))))))))))...))).......))).))...(((((((((.......(((.((((((((((((((......))))))).((.((((((((((.......((((....((((((((......(((((..(((..(((((((.....(((((..(((....(((((((...)))))))...)))..)))))((((((.((((.(((..(((.((......))..)))))).)))).)))))).)))))))..)))..)))))))))))))....))))..))))).))))).))..))))))).))).(((((.((((((.(((((((((((..(((((...((((((((...((....((((.(.(((((.((((((.(((.....))).))))).).))))).).))))....))..)))))))))))))..)))))))))))))))))))))))))))))))(((((...(((..(((((((.(((((((....).))))......))..)))))))..)))...))))).........)))..)))....))))))))).(((((((((..((((((.(((((((((((((....)))).........(((((((((((((((((.((....)).))))))...........)))))))))))(((((...))))).(((.(((((((((((....))))))..))))).))).......(((.((((...)))).))).(((((...(((.....((((((...........)))))).)))...)))))(((.((..((....))..))))).)))))))))..)))))))))).))))))))))))).)))..)))...)))))).)))))))))).)).))))))).)))...).)).)))...))).)).))))))))....(((((((.(((....((((....))))......))).))))))).(((.....(((.(((...(((....)))...))).))).....))).))).)))))))))...)))))).))))))))))))))..))))....(((((((((((((.(((((....(((((.(((.((((...)))).)))((((..(((((...)))))..))))(((.(((...(.(((((((.......)))).))).).))).))).((((((...))))))....((((((.((...)).))))))...)))))..)))))((((((.((((.(((....))))))))).))))...((((((..(((((........))))))))))).))))).)).))))))))))))..)))..............
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((.((((((..((((.(((((((,((,,{{,..{|||.{{,||||{{||||||{{(((,.{{||||{({{((((..{{{,,(,((((.{((({..,,,||||||||||,|{{(((((....))))),},,...((((((....))))))||.||.,}|||}|,}|,,||}||}}}|||},,{((({.{{.||||,,.....,(({{((,((({{(((((,{...{{{{||||||..,,,,|||,,,.......{{(,,,.,,.|||..,({{{||{{{((({|((|{,,((.{{((((((,.{((,.{((....,.}||}}}..}}}}}}.....,{{{((((..((((((((((......)))))))))){{...,|}}.....,}}}}))},|(((((((.........)))))))|,,,.....,)))),||{(((.(({.......)).))))},(((((((((.......(((.((((((((((((((......))))))).((.((((((((((.,,..,.((((,...{(((((({.....,(((((..(((..(((((((.....(((((..(((.{{.(((((({...}))))))}}.)))..))))){(((((.((((.(((..(((.({......})..)))))).)))).)))))}.)))))))..)))..))))))))))))),.,)))},,}))))).))))).))..))))))).))).{((((.(((((,,(((((((((((..(((((..,((((((((...((...,((((.({(({((,(((({{.{{|,,,,.}}},|}}}|.}.}}))).},))))..,,})},)))))))})))))..)))))))))))))))))))))))))))))))(((((...(((..(((((({.,,{{{{(...,||,,,)},...,),.})))))))..)))...)))))|{,,{,{{,.{{..|||....|||||||||.{({{{(((({,({({{{.({{{{{{{{,{{|||,|}}||{{....,||{(({{(((((((((({{.{(...,)).)))))),,.........})))))))))|(((((...))))),{((.(((((((((((....)))))),.})))),|||,......(((.((({...}))).)))}||||{|{,{({,,.,|||||{(||,|,,....|||||||,}|,,,,|||||{(((.,..||,,,.,}}))),}),))))))))),.})))))}))),)))))}))}|}}}.,||||}||,..}}}|||,}}}}||||||,))}))))))),})}...}.))}})),,}})).))|||||||||,{{.(((((((.(({....((((....))))......))).))))))))))},,,}.|||}|||}}}||,}}}})))..,,))})),})}}}.))}))).,|||,||||....}}))}.))))})))))))))..))))....,((((((((((((.{((({...}||||,.(({.{(((...|||},}}}((((..(((((...}))))..))}}(((.(({,..{.(((((((.......))))},)).}.))}.}}},((((((...)))))).|,,{{((({,((...}|.}|||}|.,,|||||..,}|||{|||||,|||,.{||.,,,})))}}))).)))),}.||||||..{{|||........}}}}}}}}}}},)))))},).)))))}))))))..))),,|,.....,,...
Back