Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-DLK1-35:4
Sequence Length
1622 nt
GC Content
0.5869
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Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-676.9 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -702.72
Frequency: 0.0000
Diversity: 472.46
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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