Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-DLK1-35:40
Sequence Length
1645 nt
GC Content
0.5848
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Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-679.5 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -704.97
Frequency: 0.0000
Diversity: 470.37
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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